genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  203  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21279302--21279801	158	3.2	155	73	8	429	24	31	26	18	1.98
21280152--21280204	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21278508--21281215	876	3.1	857	81	6	2940	22	29	27	20	1.98
21280177--21280537	158	2.3	158	76	7	356	24	30	25	19	1.98
21280652--21280703	26	2.0	26	92	0	86	25	19	26	28	1.98
21280469--21281158	353	2.0	353	84	4	901	21	30	27	19	1.98
21280847--21281294	183	2.4	184	81	7	509	23	28	28	20	1.99
21281189--21281241	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
21280847--21281313	184	2.5	183	80	4	539	23	28	29	19	1.98
21281913--21281964	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
21283137--21283189	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
21289738--21289790	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
21289764--21290264	158	3.2	154	76	9	476	22	28	27	21	1.99
21290238--21290290	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21290619--21290671	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
21290644--21291425	159	4.9	160	75	8	591	22	29	28	19	1.98
21290644--21291434	329	2.4	322	81	6	936	22	29	28	19	1.98
21291449--21291499	26	2.0	26	88	7	77	31	17	23	27	1.97
21291114--21292050	500	1.9	501	82	4	1210	23	28	27	20	1.99
21291949--21292001	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21292672--21292724	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21292697--21293112	158	2.6	157	77	6	437	23	29	28	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21293171--21293223	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
21293891--21293943	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
21294416--21294467	25	2.0	26	88	3	79	30	19	23	26	1.98
21294440--21294869	159	2.7	157	79	7	433	24	31	27	16	1.96
21294917--21294969	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21295402--21295451	26	1.9	26	95	0	91	34	20	22	24	1.97
21295741--21295792	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
21296371--21296395	11	2.3	11	100	0	50	8	32	32	28	1.86
21296474--21296523	26	1.9	26	92	8	84	30	18	24	28	1.97
21297025--21297077	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21303429--21303486	26	2.2	26	84	0	71	31	18	22	27	1.97
21304525--21305014	158	3.1	156	75	6	353	23	30	26	19	1.98
21304988--21305040	26	2.0	26	89	7	81	26	22	26	24	2.00
21305855--21305910	26	2.2	26	87	6	78	30	17	21	30	1.96
21306588--21306640	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
21306924--21306975	25	2.0	25	88	3	77	26	19	28	25	1.98
21307289--21307341	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
21307315--21307812	157	3.2	157	77	8	514	21	32	27	18	1.97
21308424--21308476	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21308450--21308952	159	3.2	157	76	5	480	22	30	27	19	1.98
21308926--21309030	26	4.0	26	88	2	149	25	20	26	27	1.99
21308426--21309534	553	2.0	554	86	2	1539	22	29	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21309479--21309531	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21310201--21310253	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
21310457--21310751	158	1.9	158	82	2	376	23	29	26	20	1.99
21310861--21310913	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21311228--21311280	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21311423--21311926	158	3.2	157	78	6	509	22	28	27	21	1.99
21311900--21311952	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21318558--21319060	159	3.2	156	79	5	519	23	30	26	18	1.98
21319034--21319086	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21319740--21319792	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
21320095--21320147	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
21319572--21320219	355	1.8	353	81	4	811	23	26	28	21	1.99
21319925--21320384	196	2.3	196	82	2	521	24	26	27	21	1.99
21320667--21321073	159	2.6	158	78	6	410	24	29	26	19	1.99
21320805--21321383	318	1.8	317	80	4	709	23	30	26	19	1.98
21321503--21321904	159	2.5	158	77	4	369	24	28	26	20	1.99
21321981--21322030	26	1.9	26	95	0	91	26	20	30	24	1.98
21322694--21322746	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
21323273--21323728	159	2.9	157	79	4	459	22	32	26	18	1.97
21323742--21323794	26	2.0	26	85	7	72	24	20	28	26	1.99
21324110--21324160	26	2.0	26	88	7	77	29	13	25	31	1.94
21324136--21324533	160	2.5	158	79	6	417	24	30	27	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21325849--21325901	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
21327190--21327745	159	3.5	157	71	7	432	23	30	28	18	1.97
21328330--21328375	25	2.0	25	87	12	71	28	17	30	23	1.97
21329040--21329092	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
21329607--21330069	158	2.9	159	75	7	449	22	31	27	18	1.97
21330082--21330134	26	2.0	26	85	7	72	24	20	28	26	1.99
21330451--21330501	26	2.0	26	88	7	77	29	13	25	31	1.94
21330477--21330872	159	2.5	158	80	4	456	24	30	27	17	1.97
21330477--21330922	159	2.8	158	78	5	443	24	30	26	18	1.98
21330108--21331397	514	2.5	515	80	5	1379	24	29	26	19	1.98
21331466--21331518	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
21332189--21332241	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
21332532--21332584	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
21332675--21332704	12	2.5	12	94	0	51	3	23	30	43	1.70
21333272--21333634	159	2.3	157	78	6	376	26	30	24	18	1.98
21333747--21333799	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
21334467--21334519	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21334492--21334795	158	1.9	158	83	2	396	23	32	26	17	1.96
21334492--21334835	158	2.2	158	80	3	379	24	30	25	19	1.98
21334809--21334861	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
21335202--21335254	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21334650--21335622	393	2.5	393	84	1	1268	24	29	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21335437--21335939	159	3.2	158	76	6	437	24	30	25	20	1.98
21335913--21335965	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
21335596--21336394	354	2.3	343	81	4	879	24	28	27	20	1.99
21336108--21336573	184	2.5	184	80	2	488	25	26	27	20	1.99
21336451--21336503	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21337481--21337539	26	2.3	26	91	5	95	23	15	28	32	1.95
21337734--21338218	159	3.1	158	76	5	485	23	29	26	20	1.99
21338199--21338251	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
21338921--21338973	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
21344201--21344253	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21344369--21344421	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
21344518--21344897	160	2.4	161	74	8	355	21	30	26	21	1.98
21344871--21344923	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21345250--21345302	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21345079--21345863	196	4.0	196	83	2	923	22	28	26	21	1.99
21345079--21345863	391	2.0	392	84	1	1029	22	28	26	21	1.99
21345641--21345693	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
21346154--21346206	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
21347061--21347113	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21347181--21347572	171	2.3	170	80	5	459	21	30	26	21	1.98
21347086--21347563	171	2.8	171	80	6	454	23	29	27	20	1.99
21347086--21347626	171	3.2	171	79	6	422	22	28	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21347600--21347652	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
21348103--21348152	26	1.9	26	87	0	73	28	18	30	24	1.97
21348823--21348875	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
21349140--21349620	159	3.0	158	76	4	446	22	29	27	19	1.98
21349594--21349646	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
21351182--21351234	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
21352049--21352101	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21352810--21353236	159	2.7	158	77	7	393	24	30	27	17	1.97
21353262--21353314	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21353907--21353959	26	2.0	26	85	0	70	24	18	30	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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