genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.370.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  370  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33738263--33738715	159	2.9	158	76	6	344	23	28	27	20	1.99
33739963--33740013	26	2.0	26	88	0	75	27	13	27	31	1.94
33741531--33741583	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33741753--33742568	158	5.2	157	76	5	649	24	29	26	19	1.98
33741753--33742568	317	2.6	317	81	4	838	24	29	26	19	1.98
33742387--33742749	184	2.0	184	83	2	469	23	28	26	21	1.99
33742571--33742944	158	2.4	157	77	6	344	25	29	25	18	1.98
33742070--33743127	501	2.1	500	80	3	1121	24	29	26	20	1.99
33743396--33743448	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
33745510--33745562	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33746377--33746429	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
33747633--33748036	159	2.5	160	79	5	444	25	28	25	19	1.99
33748110--33748162	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
33748294--33748346	26	2.0	26	88	0	79	24	13	28	33	1.93
33748759--33749273	196	2.6	196	89	0	742	23	26	27	22	2.00
33749127--33749178	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
33750212--33750262	26	2.0	26	88	0	75	27	19	23	29	1.98
33750397--33750452	26	2.2	26	86	0	76	32	21	19	26	1.97
33750584--33750636	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33750159--33750845	185	3.7	183	81	5	680	23	28	25	23	2.00
33752114--33752166	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
33752614--33752665	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33752468--33752817	184	1.9	184	83	2	461	23	28	27	21	1.99
33753591--33753643	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
33754611--33755039	159	2.7	160	77	6	442	26	29	26	17	1.97
33755098--33755150	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
33755190--33755214	13	1.9	13	100	0	50	24	16	48	12	1.79
33755466--33755523	26	2.2	26	84	0	71	24	18	31	25	1.98
33756160--33756212	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
33757024--33757287	131	2.0	131	100	0	528	29	15	25	30	1.95
33758160--33758530	158	2.3	158	79	5	401	25	27	25	21	1.99
33758160--33758577	159	2.6	159	79	5	443	24	26	27	20	1.99
33758635--33758686	26	2.0	25	85	3	68	30	19	23	26	1.98
33757794--33758875	512	2.1	510	78	10	1090	24	28	25	21	1.99
33758792--33759259	160	2.9	158	75	8	428	23	29	27	18	1.98
33759215--33759476	134	2.0	134	86	3	375	20	28	27	24	1.99
33759443--33759494	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
33759822--33759874	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33759847--33760348	158	3.2	158	75	5	408	24	29	25	20	1.99
33760322--33760374	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
33761055--33761107	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
33761557--33761609	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
33763101--33763153	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
33763600--33763652	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33764255--33764307	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
33764646--33764698	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
33766433--33766485	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
33766275--33766701	184	2.3	183	83	2	518	25	27	26	20	1.99
33766617--33766669	26	2.0	26	85	7	72	28	16	26	28	1.97
33766642--33767158	159	3.3	158	73	3	464	24	29	26	19	1.99
33766729--33767204	158	3.0	158	74	6	449	24	30	26	18	1.98
33767276--33767328	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
33767999--33768050	26	2.0	26	85	7	70	28	17	26	26	1.97
33769365--33769415	26	2.0	26	92	0	84	25	15	31	27	1.96
33771134--33771186	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
33771169--33771972	159	5.1	159	74	7	543	22	29	27	20	1.98
33771159--33771972	314	2.6	319	79	5	787	22	28	27	20	1.99
33771792--33772151	182	2.0	183	81	6	426	23	28	27	21	1.99
33771478--33772525	496	2.1	496	80	5	1161	24	28	26	20	1.99
33772800--33772852	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
33772963--33773495	158	3.4	155	77	7	543	23	31	26	18	1.98
33774931--33774983	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33775786--33775838	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
33777021--33777073	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
33777046--33777454	160	2.6	159	79	5	443	24	29	26	18	1.98
33777047--33777549	158	3.2	155	75	7	483	23	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33777523--33777575	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
33778173--33778686	195	2.6	196	88	1	744	23	26	27	22	2.00
33778539--33778591	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33778564--33779021	156	2.9	155	74	9	412	24	29	26	19	1.99
33779620--33779670	26	2.0	26	88	0	75	27	19	23	29	1.98
33779805--33779860	26	2.2	26	86	0	76	32	21	19	26	1.97
33779535--33780260	185	3.9	184	80	3	684	23	27	26	22	2.00
33779990--33780042	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33781820--33781849	12	2.5	12	94	0	51	3	50	30	16	1.62
33782030--33782082	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33781884--33782233	184	1.9	184	88	1	531	22	29	26	20	1.99
33782193--33782582	147	2.6	146	77	10	329	23	31	27	17	1.97
33782334--33782896	158	3.6	156	75	6	467	22	32	26	18	1.97
33782068--33782629	305	1.8	305	83	2	734	23	31	27	16	1.96
33782383--33782830	159	2.8	158	77	3	400	22	32	26	18	1.97
33783682--33783731	26	1.9	26	88	8	75	34	18	20	28	1.95
33783713--33784529	158	5.2	157	75	4	618	24	29	26	19	1.98
33783711--33784529	316	2.6	318	83	3	999	24	29	26	19	1.98
33784503--33784555	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
33785566--33785618	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
33787130--33787436	170	1.8	169	80	3	375	22	31	26	19	1.98
33788129--33788579	160	2.8	159	74	8	380	24	30	27	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33788531--33788785	134	1.9	134	89	1	395	20	26	27	25	1.99
33788752--33788803	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
33789131--33789183	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33789631--33789683	26	2.0	26	85	0	70	26	20	24	28	1.99
33790270--33790295	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
33790365--33790417	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
33790400--33790891	158	3.1	158	75	6	368	24	28	27	19	1.99
33790866--33790917	26	2.0	26	85	7	70	26	15	26	30	1.96
33791241--33791445	112	1.8	112	81	4	252	28	22	27	20	1.99
33792391--33792443	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
33792890--33792942	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33793543--33793595	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
33793936--33793988	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
33794633--33794683	26	2.0	26	88	7	77	33	15	23	27	1.95
33795248--33795666	158	2.7	156	75	8	384	25	27	27	19	1.99
33795563--33795988	184	2.3	182	80	5	484	25	27	25	21	1.99
33795942--33796441	158	3.2	158	74	5	429	24	28	26	19	1.99
33796004--33796471	156	3.0	158	73	5	444	23	30	27	19	1.98
33796559--33796611	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
33797281--33797332	26	2.0	26	85	7	70	28	17	26	26	1.97
33797303--33797806	159	3.2	157	74	8	412	24	30	25	20	1.98
33797781--33797832	26	2.0	26	85	3	70	28	21	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33799085--33799135	16	3.3	16	81	5	52	62	0	0	37	0.95
33799088--33799141	12	4.3	12	79	9	63	62	0	0	37	0.95
33800491--33800543	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
33800991--33801042	25	2.0	26	92	3	88	30	21	21	26	1.98
33801504--33801555	26	2.0	26	88	0	77	26	19	25	28	1.98
33802239--33803067	158	5.2	156	71	11	498	23	30	27	18	1.98
33803041--33803092	25	2.0	26	92	3	88	26	21	25	26	1.99
33803673--33803698	11	2.4	11	100	0	52	15	42	23	19	1.89
33803775--33803827	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33803800--33804304	159	3.2	160	76	6	436	23	29	27	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402