genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  300  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28342372--28342424	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28348333--28348385	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
28354720--28354772	26	2.0	26	89	7	81	30	16	24	28	1.97
28355037--28355571	170	3.2	170	75	9	413	22	31	26	20	1.98
28355078--28355568	159	3.0	166	74	10	484	22	30	27	19	1.98
28355601--28355651	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
28356310--28356362	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
28356677--28356729	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
28355740--28358161	867	2.8	866	84	2	3043	22	29	26	21	1.99
28356702--28357065	157	2.3	157	78	6	385	24	29	26	20	1.99
28357177--28357232	26	2.2	26	90	0	85	25	17	25	32	1.97
28358044--28358096	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
28358779--28358831	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
28359016--28359443	159	2.7	158	80	3	491	24	30	27	17	1.97
28359712--28360071	156	2.3	156	78	4	357	23	29	27	19	1.98
28358777--28360263	695	2.1	704	82	3	1800	23	28	27	20	1.99
28360185--28360236	26	2.0	26	85	7	70	28	17	25	28	1.97
28361248--28361300	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28361469--28361776	159	1.9	159	79	3	343	22	28	28	20	1.98
28367110--28367162	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
28367231--28367641	159	2.6	157	75	7	379	20	28	27	23	1.99
28368281--28368333	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28368477--28368529	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
28368503--28368845	159	2.2	158	82	3	422	19	25	30	24	1.98
28368821--28368870	26	2.0	25	88	4	73	30	20	16	34	1.94
28369850--28369902	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
28370389--28370784	157	2.5	158	75	5	386	20	27	28	23	1.99
28369984--28371415	671	2.1	669	81	4	1682	19	28	29	22	1.98
28370927--28371413	158	3.1	156	77	4	535	18	28	30	21	1.97
28372103--28372155	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
28372129--28372630	158	3.2	156	74	6	490	21	25	28	24	1.99
28372604--28372656	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
28372932--28373473	158	3.4	158	75	7	497	18	27	28	24	1.98
28380040--28380092	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
28380066--28380557	159	3.1	156	79	6	526	18	28	31	22	1.97
28380542--28380592	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
28380382--28380751	184	2.0	184	85	1	490	20	26	28	24	1.99
28380899--28380951	26	2.0	26	88	0	79	33	28	13	24	1.93
28380982--28381586	159	3.8	159	80	4	648	18	28	30	22	1.98
28381559--28381611	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
28382279--28382331	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
28382782--28382832	26	2.0	26	84	7	68	31	23	15	29	1.95
28383188--28383217	11	2.7	11	100	0	60	20	26	36	16	1.93
28383805--28383854	26	1.9	26	87	0	73	30	28	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28383828--28384476	158	4.1	157	76	6	535	20	27	29	21	1.98
28384645--28384697	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
28385128--28385180	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
28386217--28386276	26	2.3	26	88	0	84	28	30	18	23	1.98
28386524--28386573	26	1.9	26	83	0	64	26	24	20	30	1.98
28387243--28387295	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
28387269--28387770	158	3.2	158	75	8	491	20	27	29	22	1.99
28387744--28387796	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
28388573--28388993	159	2.7	159	78	5	408	19	28	28	23	1.98
28389687--28389739	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
28390977--28391029	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
28391104--28391514	159	2.6	159	77	5	416	17	26	30	26	1.97
28392897--28392947	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
28392962--28393290	171	1.9	170	82	4	412	21	27	29	21	1.98
28393263--28393315	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
28393232--28393657	183	2.3	184	84	2	534	20	26	28	24	1.99
28393947--28393999	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
28394671--28394723	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
28394800--28394835	11	3.3	11	92	0	63	22	25	36	16	1.94
28395399--28395451	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
28396122--28396174	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
28396251--28396286	11	3.3	11	92	0	63	22	25	36	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28396815--28397183	159	2.3	157	78	7	406	18	27	31	22	1.97
28397855--28398223	159	2.3	157	79	5	413	18	27	31	22	1.97
28398922--28398974	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
28400634--28400686	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
28401015--28401066	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
28406621--28406673	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
28406647--28407142	157	3.2	156	79	5	511	18	28	31	21	1.97
28407116--28407168	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
28406859--28407833	340	2.8	335	77	8	937	20	29	28	21	1.98
28407469--28407521	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
28407551--28408146	155	3.8	158	80	7	619	18	28	30	22	1.97
28408815--28408868	26	2.0	27	92	3	92	29	24	20	25	1.99
28409725--28409754	11	2.7	11	100	0	60	20	26	36	16	1.93
28410344--28410393	26	1.9	26	91	0	82	28	28	18	26	1.98
28410367--28410955	159	3.7	156	75	7	530	21	27	29	21	1.99
28410367--28411016	316	2.1	316	79	6	690	21	27	29	22	1.99
28411185--28411237	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
28411667--28411719	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
28412757--28412816	26	2.3	26	88	0	84	28	30	18	23	1.98
28413064--28413113	26	1.9	26	83	0	64	26	24	20	30	1.98
28413782--28413834	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
28413808--28414309	158	3.2	158	75	8	473	20	26	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28414283--28414335	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
28415004--28415056	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
28415799--28415851	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
28415825--28416155	158	2.1	159	83	3	418	20	26	29	22	1.99
28416252--28416304	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
28416364--28416823	158	2.9	158	76	4	478	17	26	31	25	1.97
28416569--28417027	250	1.8	250	83	1	607	19	25	28	25	1.99
28416852--28417211	184	2.0	184	81	5	433	20	26	28	25	1.99
28417470--28418199	159	4.6	157	73	6	416	19	26	28	25	1.98
28417384--28418199	316	2.6	317	81	2	861	20	26	28	24	1.99
28418175--28418225	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
28418541--28418593	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
28424640--28424692	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
28425364--28425416	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
28425493--28425528	11	3.3	11	92	0	63	22	25	36	16	1.94
28426093--28426145	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
28426815--28426867	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
28426944--28426979	11	3.3	11	92	0	63	22	25	36	16	1.94
28427791--28429481	880	1.9	879	87	4	2451	25	23	22	27	2.00
28431033--28431476	158	2.8	157	78	7	447	19	27	30	22	1.98
28431450--28431502	26	2.0	26	82	7	63	28	18	20	32	1.97
28431804--28431856	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28432499--28432551	26	2.0	26	88	0	79	32	28	13	26	1.93
28434225--28434276	26	2.0	25	88	3	77	32	28	17	21	1.96
28434406--28434459	26	2.1	26	89	6	83	25	22	24	27	2.00
28435134--28435186	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
28435319--28435371	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
28435395--28435506	36	3.1	36	85	0	161	31	19	35	13	1.90
28435397--28435501	12	8.8	12	82	0	129	32	20	34	12	1.90
28435780--28435832	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
28436278--28436330	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
28436488--28436540	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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