genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  125  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15542293--15542345	26	2.0	26	92	7	90	28	28	20	22	1.99
15542319--15542818	158	3.2	158	76	6	510	19	26	30	23	1.98
15543497--15543546	26	2.0	24	84	7	64	32	30	12	26	1.92
15543513--15544014	158	3.2	157	77	8	523	19	26	29	24	1.98
15543837--15544256	184	2.3	183	82	3	502	22	24	27	25	2.00
15544172--15544223	26	2.0	25	88	3	77	26	23	19	30	1.98
15544867--15544919	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
15546801--15546853	26	2.0	26	82	7	63	30	24	16	28	1.97
15546835--15547328	158	3.1	158	75	6	471	18	25	31	24	1.97
15547304--15547353	25	2.0	26	84	11	68	28	28	18	26	1.98
15547328--15548011	159	4.2	171	76	9	516	19	28	31	20	1.97
15547984--15548036	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15548106--15548138	11	3.0	11	95	0	57	18	30	36	15	1.91
15548717--15548769	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
15547826--15549783	906	2.1	907	89	2	2982	25	24	24	25	2.00
15549623--15549675	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
15555673--15556028	159	2.2	159	78	3	385	19	26	30	23	1.98
15556059--15556382	171	1.9	171	83	1	416	19	26	31	21	1.98
15556443--15556836	159	2.5	159	83	3	463	15	28	32	22	1.95
15557011--15557063	26	2.0	26	89	7	81	24	28	20	26	1.99
15557703--15558227	159	3.3	159	82	4	621	19	28	29	22	1.98
15558482--15559079	159	3.8	157	77	8	480	19	28	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15559055--15559105	26	2.0	26	92	7	86	27	21	21	29	1.99
15559829--15560301	158	3.0	160	76	3	499	18	27	31	22	1.97
15560273--15560325	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15561180--15561229	25	2.0	26	92	4	84	28	22	18	32	1.97
15560978--15561374	182	2.2	182	88	2	566	20	26	28	23	1.99
15561210--15561589	152	2.5	153	76	6	390	19	25	31	23	1.98
15562383--15562435	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15562409--15562910	159	3.2	158	76	6	478	18	26	31	23	1.98
15562884--15562936	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
15563250--15563302	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
15563276--15563777	158	3.2	154	76	7	472	19	26	30	23	1.98
15571861--15571912	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
15572044--15572096	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
15573695--15573752	26	2.2	27	81	12	75	29	20	18	31	1.97
15573702--15573752	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
15573884--15573936	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
15573541--15573968	184	2.3	185	77	3	452	21	24	28	25	1.99
15574604--15574661	26	2.2	27	78	12	66	31	27	17	24	1.97
15572742--15575542	909	3.1	905	87	2	3874	21	25	27	25	1.99
15574524--15574867	184	1.9	184	83	3	451	21	26	27	24	1.99
15575674--15575726	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15576376--15576428	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15576402--15576903	158	3.2	157	76	7	496	19	27	28	23	1.99
15577257--15577309	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15577600--15577650	26	2.0	26	92	0	84	23	25	19	31	1.98
15578842--15579193	59	5.9	59	83	8	428	33	12	7	45	1.71
15578842--15579181	119	2.9	115	88	5	466	34	13	7	44	1.72
15578842--15579180	178	1.9	179	88	4	515	34	13	7	44	1.72
15579208--15579280	22	3.3	21	78	16	67	75	4	6	13	1.15
15580213--15580328	14	8.1	14	70	14	58	70	1	2	25	1.09
15580148--15580245	22	3.6	27	68	26	71	68	2	6	23	1.23
15580252--15580290	8	5.4	7	85	14	53	84	2	0	12	0.72
15580252--15580290	15	2.7	15	92	4	62	84	2	0	12	0.72
15580256--15580291	8	4.6	8	89	6	56	86	2	0	11	0.68
15580369--15580407	8	4.9	8	84	12	53	82	2	0	15	0.79
15580369--15580408	16	2.5	17	88	12	66	80	2	0	17	0.83
15580574--15580620	6	7.8	6	79	6	51	0	2	14	82	0.75
15580629--15580894	44	6.1	42	81	11	270	38	22	15	23	1.92
15582979--15583031	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
15583054--15583501	155	2.9	156	77	8	408	17	28	31	22	1.97
15583720--15584149	159	2.7	157	82	5	524	19	28	30	22	1.98
15584132--15584184	26	2.0	26	85	7	72	24	26	18	30	1.98
15584468--15584987	158	3.3	154	75	10	450	20	27	28	23	1.99
15584222--15584998	315	2.4	324	78	9	820	20	27	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15585762--15586222	158	2.9	158	76	5	487	18	27	30	23	1.98
15586194--15586246	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15586897--15587299	183	2.2	184	84	2	515	21	26	27	24	1.99
15587596--15587648	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15588327--15588379	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15588388--15588688	159	1.9	159	80	2	354	17	29	31	21	1.96
15588828--15588880	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
15589193--15589245	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
15589219--15589720	158	3.2	156	79	5	560	18	27	31	22	1.97
15596987--15597039	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
15597803--15597854	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
15597986--15598038	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15598718--15598770	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
15598842--15599277	158	2.7	157	76	5	421	20	27	28	23	1.99
15599386--15599437	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
15599753--15599805	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
15599887--15600280	157	2.5	157	77	5	409	18	27	29	24	1.98
15600253--15600305	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15599716--15600989	514	2.5	513	84	3	1549	19	27	29	23	1.99
15600351--15600792	159	2.8	158	80	3	471	17	28	29	24	1.97
15600767--15600819	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15600964--15601015	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15601700--15601752	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15601760--15602376	158	3.8	159	77	6	571	20	27	30	21	1.98
15602858--15602908	26	2.0	26	84	7	68	31	25	15	27	1.96
15603579--15603630	26	2.0	26	88	0	77	26	25	19	28	1.98
15603541--15605277	906	1.9	904	86	2	2464	21	25	27	25	1.99
15605669--15606029	184	2.0	185	82	3	442	21	25	28	24	1.99
15606598--15606933	184	1.8	184	82	5	428	20	28	27	23	1.99
15606852--15606904	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
15605198--15607607	907	2.6	905	87	2	3361	21	25	27	25	1.99
15607739--15607791	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15608439--15608491	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15610716--15611174	159	2.9	157	78	2	490	22	29	28	19	1.98
15611770--15611822	26	2.0	26	86	13	74	30	16	24	28	1.97
15612994--15613496	159	3.2	159	72	8	441	23	29	26	20	1.99
15613470--15613522	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
15614413--15614465	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
15614768--15614820	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
15615141--15615193	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
15616063--15616525	159	2.9	158	77	6	477	22	31	27	18	1.97
15616886--15616938	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
15616735--15617329	176	3.3	176	85	4	696	25	25	27	21	1.99
15617062--15617114	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15617247--15617299	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
15617050--15617398	185	1.9	185	83	3	452	22	26	27	22	1.99
15617062--15617458	185	2.1	185	80	4	426	22	27	26	22	2.00
15617536--15617607	36	2.0	36	94	0	126	15	40	20	23	1.91
15617626--15617678	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
15617823--15617875	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
15617849--15618346	158	3.2	156	75	6	468	23	29	26	20	1.99
15618715--15619018	159	1.9	159	82	5	382	25	28	25	19	1.99
15620604--15620657	27	2.0	26	89	3	81	29	18	24	27	1.98
15621106--15621158	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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