Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  15  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3465495--3465531
11
3.2
12
88
11
60
67
0
0
32
0.91
3465492--3465560
6
11.5
6
74
22
65
63
0
1
34
1.03
3465471--3465561
11
7.4
12
71
18
55
60
0
1
38
1.04
3465492--3465560
30
2.3
29
82
7
84
63
0
1
34
1.03
3467067--3467092
10
2.6
10
100
0
52
30
19
15
34
1.93
3467878--3467950
20
3.6
20
92
1
110
19
27
30
23
1.98
3467996--3468020
10
2.5
10
100
0
50
8
0
0
92
0.40
3468247--3468280
11
2.9
12
86
8
52
20
0
0
79
0.73
3468596--3468668
31
2.4
31
88
4
103
23
26
23
27
2.00
3468720--3468763
19
2.3
19
88
0
61
27
31
20
20
1.97
3468983--3469037
5
10.6
5
77
14
58
20
41
36
1
1.63
3469056--3469114
17
3.5
17
72
6
50
13
3
8
74
1.17
3469118--3469722
157
3.8
157
93
2
1025
29
14
17
38
1.90
3472969--3472998
1
30.0
1
100
0
60
100
0
0
0
0.00
3473405--3473455
8
6.9
7
81
14
50
80
0
15
3
0.86
3473408--3473455
24
2.0
24
84
4
62
79
0
16
4
0.89
3474653--3474975
40
7.9
40
83
11
392
22
17
20
39
1.92
3474653--3474975
81
4.0
79
83
9
411
22
17
20
39
1.92
3474984--3475047
1
64.0
1
85
0
83
92
6
0
1
0.45
3474983--3475047
19
3.4
19
87
4
94
90
7
0
1
0.50
3474984--3475047
25
2.6
25
89
0
101
92
6
0
1
0.45
3481882--3481910
2
15.0
2
92
7
51
48
0
0
51
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3484627--3484652
13
2.0
13
100
0
52
76
7
0
15
0.99
3484689--3484913
61
3.7
61
87
7
307
32
12
6
48
1.67
3484976--3485017
16
2.6
16
88
3
57
83
2
2
11
0.84
3484976--3485016
11
3.7
11
86
0
55
82
2
2
12
0.86
3485043--3485085
22
2.0
22
86
4
61
79
4
2
13
1.00
3485888--3485979
17
5.3
17
71
13
64
67
3
7
21
1.31
3486030--3486077
3
15.7
3
87
12
71
66
0
0
33
0.92
3486029--3486077
16
2.9
16
93
6
80
67
0
0
32
0.91
3486030--3486097
22
3.0
22
83
16
70
61
2
0
35
1.11
3486128--3486160
11
2.9
12
86
13
52
84
0
15
0
0.61
3486127--3486159
10
3.2
11
91
8
52
84
0
15
0
0.61
3487664--3487704
21
2.0
21
90
0
64
48
7
2
41
1.44
3488542--3488586
4
11.2
4
90
0
72
51
22
0
26
1.49
3495506--3495555
11
4.5
11
75
9
57
86
2
2
10
0.75
3495506--3495541
10
3.6
10
84
0
54
88
2
0
8
0.59
3495506--3495557
21
2.6
21
87
6
72
86
1
1
9
0.72
3495505--3495557
20
2.7
20
85
8
74
84
1
1
11
0.77
3496248--3496300
27
2.0
27
85
7
72
41
0
7
50
1.30
3496320--3496356
11
3.2
12
88
11
60
67
0
0
32
0.91
3496320--3496386
11
5.6
12
75
19
52
62
0
1
35
1.04
3496317--3496385
6
11.5
6
74
22
65
63
0
1
34
1.03
3496317--3496385
30
2.3
29
82
7
84
63
0
1
34
1.03
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3496798--3496828
15
2.1
15
93
0
53
35
6
0
58
1.24
3500975--3501012
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
3503250--3503292
21
2.0
21
86
13
61
44
0
2
53
1.13
3504079--3504110
7
4.7
7
96
3
57
84
0
0
15
0.63
3508964--3509015
24
2.3
22
80
6
59
42
0
0
57
0.98
3512279--3512316
20
1.9
20
88
0
58
52
0
5
42
1.24
3521937--3521989
25
2.1
26
82
10
65
49
0
0
50
1.00
3522227--3522278
16
3.2
16
76
7
52
32
3
13
50
1.60
3522797--3522835
2
19.5
2
100
0
78
48
0
0
51
1.00
3527239--3527271
17
1.9
17
93
0
57
6
6
0
87
0.65
3528703--3528739
16
2.2
17
90
4
58
51
0
0
48
1.00
3528664--3528724
25
2.5
24
86
5
79
54
1
3
40
1.27
3543744--3543901
78
2.0
77
95
1
280
27
14
21
36
1.93
3547222--3547261
14
2.7
15
85
14
57
55
0
2
42
1.13
3553726--3553836
31
3.6
31
96
0
195
54
18
18
8
1.68
3555206--3555245
3
13.3
3
83
0
53
30
30
0
40
1.57
3561132--3561260
69
1.9
69
91
0
213
41
11
21
25
1.87
3562132--3562231
51
1.9
52
93
2
175
62
7
6
25
1.44
3562281--3562365
43
2.0
43
93
4
145
52
5
11
29
1.61
3562932--3562982
23
2.1
25
85
7
70
68
0
25
5
1.12
3564968--3565049
32
2.5
33
80
4
94
54
3
1
40
1.26
3565446--3565488
17
2.4
18
88
7
61
46
0
4
48
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3565614--3565671
24
2.4
23
82
8
62
60
1
1
36
1.17
3567654--3567679
10
2.6
10
100
0
52
19
0
0
80
0.71
3575342--3575374
10
3.4
10
83
8
50
12
0
0
87
0.53
3592350--3592493
71
2.0
71
97
0
270
29
7
18
45
1.77
3592924--3592977
26
2.0
25
83
16
65
53
5
1
38
1.35
3599932--3599973
22
1.9
22
85
9
59
40
0
2
57
1.12
3599954--3600008
28
2.0
27
85
3
74
52
0
1
45
1.11
3599985--3600025
19
2.1
20
86
4
57
70
0
0
29
0.87
3600183--3600207
12
2.1
12
100
0
50
32
0
0
68
0.90
3607700--3607733
15
2.3
15
90
10
52
35
0
0
64
0.94
3610765--3610803
15
2.6
15
75
0
51
33
0
0
66
0.92
3610767--3610831
22
3.0
22
77
6
62
38
4
0
56
1.20
3611263--3611295
15
2.3
15
89
5
50
36
0
0
63
0.95
3611546--3611599
27
2.0
27
100
0
108
14
25
18
40
1.89
3612518--3612599
31
2.6
30
73
9
74
47
1
1
50
1.16
3613258--3613300
21
2.0
21
82
8
52
48
0
0
51
1.00
3618166--3618195
15
2.0
15
93
0
51
50
0
0
50
1.00
3618720--3618752
15
2.3
15
94
5
59
33
0
0
66
0.92
3619976--3620028
18
2.9
18
75
8
54
52
1
1
43
1.23
3625645--3625708
33
2.0
33
84
3
85
46
3
1
48
1.27
3625764--3625810
22
2.1
22
84
0
58
38
2
0
59
1.09
3627025--3627050
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3627079--3627108
16
1.9
16
93
6
53
46
6
0
46
1.29
3627834--3627861
7
4.0
7
100
0
56
0
42
0
57
0.99
3629761--3629806
14
3.3
14
81
0
56
60
0
2
36
1.09
3635577--3635602
3
8.7
3
100
0
52
30
0
0
69
0.89
3643794--3643823
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
3652533--3652570
15
2.5
16
83
12
53
42
2
7
47
1.46
3652886--3652915
2
15.0
2
92
0
51
50
3
0
46
1.18
3662527--3662597
19
3.8
19
72
10
65
50
0
0
49
1.00
3662560--3662603
23
2.0
23
86
4
63
47
0
0
52
1.00
3663109--3663150
18
2.3
19
88
8
61
45
0
0
54
0.99
3663154--3663209
30
1.9
30
82
10
71
51
3
0
44
1.18
3665785--3665929
18
7.8
18
62
20
57
62
1
1
35
1.13
3665822--3665967
27
5.3
25
67
20
94
63
1
2
33
1.15
3665787--3665974
57
3.3
57
100
0
376
61
1
1
35
1.15
3665794--3665949
27
5.7
26
67
14
98
59
1
1
37
1.17
3666047--3666076
15
1.9
16
93
6
53
66
0
0
33
0.92
3669745--3669786
14
2.8
16
79
20
54
50
0
0
50
1.00
3673810--3673855
14
3.6
13
80
11
51
43
2
10
43
1.51
3684949--3684999
22
2.3
21
83
12
59
43
0
1
54
1.11
3689134--3689186
5
10.2
5
80
8
61
26
1
0
71
0.96
3689128--3689195
32
2.1
33
88
2
102
35
2
0
61
1.11
3689478--3689525
25
1.9
25
95
0
87
25
18
12
43
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3692893--3692922
2
15.0
2
100
0
60
50
50
0
0
1.00
3692911--3692997
39
2.3
39
89
2
131
44
28
8
18
1.78
3693215--3693250
2
18.5
2
94
5
65
52
0
0
47
1.00
3695038--3695076
21
2.0
20
90
10
62
51
0
2
46
1.14
3697299--3697360
8
8.0
8
71
20
51
58
0
1
40
1.08
3698818--3698866
27
1.9
24
84
12
62
28
4
6
61
1.38
3707206--3707275
12
5.3
12
73
18
59
12
72
1
12
1.18
3707214--3707279
30
2.2
30
91
0
105
13
72
0
13
1.12
3708025--3708064
16
2.5
17
76
15
50
17
12
5
65
1.44
3725147--3725197
25
2.0
25
85
7
68
47
3
0
49
1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402