genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  158  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17930227--17930279	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
17930971--17931790	316	2.6	317	85	0	1077	18	27	31	22	1.97
17931006--17931791	159	5.0	159	79	4	764	17	27	31	22	1.97
17931763--17931815	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17931604--17932333	189	4.0	185	72	11	516	19	26	29	23	1.98
17932125--17932176	26	2.0	26	92	0	86	30	23	19	26	1.98
17932151--17932649	159	3.2	158	76	7	519	19	26	30	23	1.98
17933000--17933052	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
17931298--17933556	861	2.6	858	83	4	2824	19	27	30	23	1.98
17933026--17933528	159	3.2	158	77	7	464	19	26	30	23	1.98
17933502--17933554	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17933852--17934381	159	3.3	158	79	4	550	19	26	30	24	1.98
17934355--17934407	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
17934551--17934604	26	2.1	26	92	0	90	25	29	18	25	1.98
17935020--17935072	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17935228--17935279	26	2.0	26	92	7	88	26	26	19	26	1.99
17935897--17935949	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17935978--17936426	159	2.8	159	81	5	491	18	27	30	23	1.98
17936400--17936450	26	2.0	26	84	7	68	31	21	17	29	1.96
17936778--17936832	26	2.1	26	96	0	101	27	29	20	23	1.99
17937290--17937342	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
17937455--17937505	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17938151--17938763	158	3.9	158	77	6	551	18	26	31	23	1.98
17938142--17938762	317	2.0	317	83	4	788	19	26	31	22	1.97
17938940--17938992	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
17939996--17940047	25	2.0	26	92	3	88	26	25	21	26	1.99
17940494--17940546	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
17940690--17940742	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
17940425--17940913	196	2.5	195	81	3	536	21	26	27	24	1.99
17941566--17941621	26	2.2	26	90	6	87	30	23	16	30	1.96
17941924--17941976	26	2.0	26	85	7	72	33	24	13	28	1.93
17941327--17942005	355	1.9	352	82	5	861	22	24	26	26	2.00
17942230--17942282	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
17942576--17942625	26	1.9	26	88	8	75	26	24	20	30	1.98
17947429--17947481	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
17948614--17948666	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
17948636--17949141	158	3.2	157	79	5	446	20	27	29	22	1.98
17949117--17949167	26	2.0	26	88	7	77	29	21	19	29	1.98
17949482--17949534	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
17950400--17950692	159	1.8	158	83	3	383	18	29	29	22	1.97
17950667--17950719	26	2.0	26	86	13	74	28	24	16	30	1.97
17951614--17951906	159	1.8	159	80	0	352	19	26	29	23	1.98
17952270--17952322	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
17952771--17952823	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17954868--17954920	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
17955567--17955956	159	2.5	157	80	4	426	22	24	28	25	1.99
17955886--17956180	154	1.9	154	79	5	328	22	23	29	25	1.99
17956234--17956286	26	2.0	25	82	13	63	30	26	16	26	1.97
17956260--17956756	159	3.2	158	76	8	404	21	27	28	22	1.99
17956730--17956782	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
17957523--17957942	159	2.6	160	81	4	483	18	27	29	24	1.98
17957916--17957968	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
17958707--17958759	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
17959221--17959273	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17959601--17959653	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17958987--17959838	367	2.3	356	79	8	876	19	26	30	23	1.98
17959627--17960128	158	3.2	155	73	8	433	19	24	30	25	1.98
17960102--17960154	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
17960804--17960856	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17961172--17961224	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
17960471--17961409	368	2.6	353	77	7	920	20	26	29	23	1.99
17961673--17961725	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
17962348--17962397	26	1.9	26	100	0	100	24	30	20	26	1.98
17962714--17962766	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17962908--17963243	158	2.1	159	78	6	358	20	28	27	22	1.99
17963217--17963267	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17963316--17963755	159	2.8	159	82	3	514	17	26	30	25	1.97
17963316--17963755	158	2.8	158	80	5	496	17	26	30	25	1.97
17963319--17963911	158	3.7	158	77	6	402	17	26	30	25	1.97
17964551--17964603	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
17965235--17965598	158	2.3	159	78	5	378	20	26	27	25	1.99
17965096--17965596	159	3.2	155	75	8	449	19	26	28	24	1.99
17965570--17965622	26	2.0	26	89	7	81	30	20	16	32	1.95
17966791--17966843	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17967172--17967224	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
17967198--17967697	158	3.2	157	77	6	504	19	26	31	23	1.98
17966266--17968241	880	2.2	881	85	1	2669	20	26	29	23	1.99
17968052--17968104	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
17968998--17969383	158	2.4	156	79	4	389	20	26	27	25	1.99
17968999--17969436	159	2.8	158	78	3	407	21	26	27	24	1.99
17970775--17970827	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
17971118--17971170	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
17971955--17972007	26	2.0	26	88	0	79	26	20	20	32	1.98
17972455--17972533	26	3.0	26	94	3	133	27	18	21	31	1.97
17972835--17972890	26	2.2	26	86	0	76	33	23	16	26	1.95
17973338--17973390	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
17972787--17974096	496	2.6	496	82	6	1431	20	26	29	24	1.99
17973371--17973860	158	3.1	155	75	9	451	19	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17974712--17974763	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
17975985--17976037	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17976398--17976758	183	2.0	184	81	3	424	21	26	28	24	1.99
17976574--17977072	159	3.2	158	80	5	490	18	27	30	23	1.97
17977342--17977367	11	2.4	11	100	0	52	19	38	30	11	1.87
17977957--17978009	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
17978458--17978510	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17978838--17978890	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
17979180--17979232	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
17978787--17979551	354	2.2	343	79	5	761	19	27	29	23	1.98
17979293--17979718	158	2.7	159	78	8	395	17	27	29	25	1.97
17979694--17979743	26	1.9	26	92	8	84	26	24	20	30	1.98
17980583--17980635	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
17981332--17981360	12	2.4	12	100	0	58	34	27	31	6	1.83
17981452--17981504	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
17981793--17981845	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
17981947--17982323	159	2.4	160	79	5	415	19	28	29	22	1.98
17982295--17982347	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17982675--17982727	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17983176--17983228	26	2.0	26	82	7	63	32	20	16	30	1.95
17981746--17983801	881	2.3	882	81	5	2361	20	26	29	23	1.99
17983556--17983608	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17983924--17983976	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
17984294--17984343	26	1.9	26	95	0	91	24	28	22	26	1.99
17984412--17984840	159	2.7	159	76	7	388	19	28	27	24	1.98
17985104--17985507	159	2.5	159	77	5	404	19	28	28	23	1.98
17983958--17985506	686	2.3	685	82	4	1789	19	27	29	23	1.98
17985479--17985531	26	2.0	26	92	7	90	26	18	20	33	1.96
17985931--17985963	11	2.7	13	86	13	52	51	9	0	39	1.34
17986202--17986254	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
17986474--17986682	111	1.9	111	83	2	276	17	29	22	30	1.97
17986656--17986708	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402