genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  237  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23768819--23768854	18	2.0	18	94	0	63	22	41	16	19	1.90
23769043--23769092	26	1.9	26	83	0	64	34	16	24	26	1.95
23769383--23769435	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
23770094--23770147	26	2.0	27	92	3	92	27	20	24	27	1.99
23770557--23770609	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23770582--23771204	159	3.9	157	78	4	590	23	31	27	17	1.97
23772100--23772152	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
23772700--23772752	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23772882--23773276	184	2.1	184	82	1	470	24	27	27	21	1.99
23773253--23773302	26	1.9	26	88	8	75	32	20	22	26	1.98
23773596--23773647	25	2.0	26	92	3	88	26	21	25	26	1.99
23774315--23774370	26	2.2	26	90	6	87	30	19	21	28	1.98
23775537--23775586	26	1.9	26	88	8	75	30	16	24	30	1.96
23776258--23776309	26	2.0	26	88	0	77	32	19	23	25	1.97
23776727--23777259	159	3.4	157	76	6	423	22	30	27	20	1.98
23777234--23777285	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
23777586--23777638	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23777611--23778228	158	3.9	156	79	3	623	24	30	26	18	1.98
23777611--23778215	317	1.9	316	81	3	734	24	30	26	18	1.98
23778956--23779009	26	2.1	26	89	6	83	29	20	24	25	1.99
23778983--23779364	159	2.4	159	76	6	355	24	28	26	20	1.99
23779477--23779529	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23779828--23779878	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
23780183--23780235	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23780681--23780733	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
23779642--23781639	853	2.3	852	87	2	2826	22	29	28	19	1.98
23781061--23781562	158	3.2	159	80	5	577	22	30	27	19	1.98
23781536--23781588	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23782291--23782887	159	3.8	158	79	4	587	22	29	28	18	1.98
23782293--23782914	317	2.0	316	80	6	697	22	30	28	18	1.98
23783537--23783903	158	2.3	159	83	2	461	21	32	29	17	1.96
23783319--23783911	159	3.7	157	77	4	494	22	31	28	17	1.97
23784735--23784787	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
23784919--23784971	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
23785072--23785383	158	2.0	159	85	1	430	21	33	29	15	1.95
23785290--23785540	132	1.9	133	81	2	308	23	33	27	15	1.95
23785905--23786411	273	1.9	273	87	1	757	25	28	24	21	1.99
23792655--23792707	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
23794307--23794359	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23794944--23795476	158	3.4	158	76	5	466	22	31	26	18	1.97
23794332--23795476	316	3.6	317	74	6	1011	23	29	26	19	1.98
23795450--23795500	26	2.0	26	88	0	75	29	19	23	27	1.98
23798161--23798211	26	2.0	26	92	0	84	25	15	25	33	1.95
23798015--23798410	184	2.2	184	86	0	533	23	27	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23798345--23798395	26	2.0	26	92	7	86	27	15	23	33	1.95
23798527--23799114	159	3.7	156	71	7	452	24	30	25	18	1.98
23799213--23799823	171	3.6	170	79	6	511	22	29	27	19	1.98
23799524--23800016	158	3.1	158	77	7	462	23	30	26	19	1.98
23798199--23800135	843	2.3	827	79	5	2003	24	29	25	20	1.99
23801681--23801733	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23801866--23801915	25	2.0	26	88	4	75	30	16	26	28	1.96
23802548--23802600	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
23802737--23803098	158	2.3	157	82	4	408	24	27	24	23	2.00
23801706--23803014	684	1.9	684	79	3	1450	24	27	26	21	1.99
23802340--23803680	526	2.5	523	77	5	1313	23	28	25	21	1.99
23803951--23804002	26	2.0	26	85	7	70	28	15	25	30	1.96
23804145--23804439	159	1.9	158	79	3	342	22	32	27	17	1.97
23804205--23804738	270	2.0	270	86	2	752	21	31	28	19	1.97
23804723--23804773	26	2.0	26	92	7	86	27	19	25	27	1.99
23806976--23807027	26	2.0	26	84	0	68	26	11	28	32	1.91
23807357--23807407	26	2.0	26	88	7	77	31	13	25	29	1.94
23806963--23807826	368	2.3	368	80	4	899	24	26	26	22	2.00
23807151--23807816	368	1.8	368	84	1	913	24	27	25	22	2.00
23807760--23808248	157	3.1	154	78	6	514	22	30	28	18	1.98
23808222--23808274	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
23808935--23808987	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23808960--23809208	138	1.8	138	84	3	349	24	28	30	16	1.96
23809451--23810104	355	1.9	351	80	5	790	23	28	26	21	1.99
23810164--23810216	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23810189--23810648	159	2.9	159	75	7	423	24	29	26	19	1.98
23810665--23810717	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
23811491--23811543	26	2.0	26	85	7	72	26	13	26	33	1.93
23812217--23812267	24	2.0	26	88	7	79	31	21	19	27	1.97
23812556--23812607	26	2.0	26	88	3	79	25	15	26	32	1.95
23812752--23812804	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23813192--23813244	26	2.0	26	85	0	70	24	18	24	32	1.97
23814070--23814121	26	2.0	26	92	0	86	25	17	25	32	1.97
23815154--23815232	26	3.0	26	94	3	133	27	20	25	26	1.99
23815389--23815441	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
23815890--23815942	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
23816257--23816308	26	2.0	26	88	7	79	26	19	26	26	1.99
23817616--23817668	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23819596--23819648	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
23820490--23820981	158	3.1	156	78	6	533	21	30	29	18	1.97
23820955--23821007	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
23822334--23822389	26	2.2	26	90	6	87	28	19	21	30	1.98
23822359--23822819	158	2.9	154	74	8	392	23	29	27	19	1.98
23822837--23822886	26	1.9	26	87	0	73	26	16	32	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23823790--23824244	159	2.9	158	78	5	461	24	28	27	19	1.99
23823594--23824868	513	2.5	510	83	3	1529	24	29	26	19	1.99
23824780--23824832	26	2.0	26	88	0	79	22	18	28	30	1.98
23826213--23826261	26	1.9	25	88	12	73	32	20	22	24	1.98
23826238--23826704	159	3.0	159	77	5	392	21	31	28	17	1.96
23827224--23827592	158	2.3	158	77	6	370	22	30	26	20	1.98
23828434--23828487	26	2.1	26	89	6	83	27	24	24	24	2.00
23828752--23828781	12	2.5	12	100	0	60	13	33	20	33	1.91
23829306--23829358	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
23833983--23834033	26	2.0	26	88	7	77	33	17	19	29	1.95
23834472--23834524	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23834498--23834999	158	3.2	158	75	6	469	25	28	24	21	1.99
23834973--23835025	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
23834827--23835222	184	2.2	184	85	0	524	23	27	26	22	2.00
23835157--23835207	26	2.0	26	100	0	102	25	19	27	27	1.99
23834827--23835573	184	3.9	184	76	9	512	23	28	26	21	1.99
23835365--23835417	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
23835866--23835917	26	2.0	26	92	0	86	28	17	25	28	1.97
23836738--23836790	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
23836581--23836948	184	2.0	184	80	4	420	24	29	25	20	1.99
23836051--23837341	501	2.6	499	81	4	1467	23	29	26	20	1.99
23836843--23837265	159	2.7	156	76	7	413	22	30	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23837239--23837296	26	2.2	27	93	3	100	24	20	27	27	1.99
23837987--23838416	158	2.7	158	78	5	420	24	30	27	17	1.97
23839070--23839122	26	2.0	26	85	7	72	26	20	26	26	1.99
23839792--23839844	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23840596--23840625	11	2.7	11	100	0	60	10	16	40	33	1.82
23840696--23840746	26	2.0	26	88	7	77	29	13	25	31	1.94
23840880--23840929	25	2.0	26	92	4	84	34	16	22	28	1.95
23841053--23841356	159	1.9	159	83	5	391	25	30	26	17	1.97
23841756--23841807	26	2.0	26	82	14	63	28	13	25	32	1.93
23841782--23842600	159	5.2	157	75	6	659	24	29	25	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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