genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  99  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13604818--13605120	159	1.9	158	84	0	408	18	27	30	23	1.97
13605095--13605147	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13605797--13605847	26	2.0	26	81	7	61	25	27	23	23	2.00
13606297--13606347	26	2.0	26	92	7	86	27	21	21	29	1.99
13606845--13607295	159	2.8	158	79	4	471	17	27	30	24	1.97
13607271--13607321	26	2.0	26	92	7	86	27	17	21	33	1.96
13607646--13607699	26	2.1	26	92	0	90	24	27	20	27	1.99
13608149--13608201	26	2.0	26	85	7	72	30	20	16	32	1.95
13608844--13608896	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13609908--13609960	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13609527--13610328	367	2.3	343	82	6	906	20	26	29	23	1.99
13610990--13611531	158	3.4	158	77	6	427	22	26	28	22	1.99
13611220--13611669	158	2.7	164	81	7	463	20	26	29	22	1.99
13611368--13611703	170	2.0	170	82	3	408	19	27	30	21	1.98
13611968--13612342	158	2.4	159	78	2	387	19	27	29	23	1.98
13613060--13613433	159	2.4	158	76	6	396	20	27	29	21	1.98
13613528--13613580	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
13613896--13613948	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
13613643--13614122	159	2.9	162	69	12	379	19	27	28	24	1.98
13613646--13614280	330	1.9	330	86	2	900	19	27	27	24	1.99
13614949--13615001	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13615070--13615634	159	3.6	159	73	7	508	18	28	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13614974--13615637	317	2.1	316	84	3	870	19	27	29	23	1.98
13614975--13615792	158	5.1	159	73	8	565	19	27	29	23	1.98
13615963--13616013	26	2.0	26	84	0	66	33	29	15	21	1.94
13616462--13616513	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
13616803--13617181	159	2.4	158	77	6	388	19	30	31	18	1.96
13618090--13618142	26	2.0	26	82	7	63	26	22	20	30	1.98
13616917--13618475	842	1.9	842	83	3	2048	20	26	29	23	1.99
13619677--13619729	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13619753--13620363	159	3.8	160	78	3	466	18	27	30	23	1.98
13621072--13621124	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
13621138--13621599	159	2.9	157	80	5	511	20	29	28	21	1.98
13622296--13622348	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
13622322--13622666	159	2.2	159	82	4	401	22	27	28	21	1.99
13622640--13622692	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13622481--13622849	184	2.0	185	86	0	515	20	26	29	23	1.99
13623313--13623365	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
13623509--13623561	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
13623535--13623877	158	2.2	158	83	2	411	19	25	29	25	1.98
13623693--13624257	184	3.0	184	74	9	521	20	25	28	24	1.99
13623070--13624416	538	2.5	537	85	1	1732	20	26	28	24	1.99
13624047--13624099	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
13623760--13624128	196	1.9	196	80	1	434	20	25	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13624081--13624415	158	2.1	158	80	3	361	21	25	28	25	1.99
13624940--13624992	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13624966--13625467	158	3.2	158	73	7	363	19	26	29	24	1.98
13625441--13625493	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13626149--13626201	26	2.0	26	88	0	79	30	24	20	24	1.99
13626520--13626572	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13626581--13626628	21	2.3	22	85	10	73	25	10	45	18	1.81
13627751--13627803	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
13628119--13628171	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13627422--13628488	368	3.0	354	77	8	954	20	25	29	24	1.99
13628145--13628636	158	3.1	158	75	5	483	20	25	29	24	1.99
13628462--13628831	184	2.0	181	82	7	442	21	28	26	23	1.99
13628772--13629139	159	2.3	159	81	1	416	19	27	28	25	1.98
13628083--13629148	501	2.1	501	79	5	1150	20	26	28	24	1.99
13629713--13629765	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
13630056--13630108	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
13630607--13630942	158	2.1	157	86	4	462	19	28	29	22	1.98
13630916--13630967	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
13631641--13631693	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
13631708--13632167	157	2.9	159	75	5	387	18	27	30	23	1.98
13632140--13632192	26	2.0	26	89	7	81	28	18	18	33	1.95
13633411--13633717	159	1.9	156	81	4	366	19	25	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13633690--13633742	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
13634870--13634923	26	2.1	26	82	6	65	29	18	24	27	1.98
13635250--13635302	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13635743--13635794	26	2.0	26	85	7	70	30	25	15	28	1.96
13636310--13636362	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13637003--13637058	26	2.2	26	90	6	87	28	21	19	30	1.98
13639856--13639964	55	2.0	55	90	0	173	15	24	35	23	1.94
13640623--13640682	26	2.4	26	91	5	97	26	26	23	23	2.00
13641470--13641522	26	2.0	26	89	7	81	32	26	16	24	1.97
13643242--13643294	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
13643678--13643978	159	1.9	158	81	6	367	17	26	30	24	1.97
13644993--13645351	159	2.3	159	80	4	384	20	26	28	24	1.99
13645067--13645355	159	1.8	159	83	4	386	21	27	26	24	1.99
13646211--13646263	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
13648761--13648806	20	2.3	20	96	0	83	32	30	30	6	1.83
13653050--13653414	158	2.3	159	79	2	385	21	26	28	23	1.99
13652912--13653412	159	3.2	157	77	5	501	20	27	28	22	1.99
13653386--13653438	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13653228--13653596	185	2.0	184	83	3	465	23	27	26	23	2.00
13653336--13654003	366	1.8	368	81	2	842	20	28	28	23	1.98
13653819--13655230	158	8.9	159	75	4	1093	18	26	30	24	1.98
13653780--13655230	316	4.6	315	83	2	1635	19	26	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13655929--13655979	26	2.0	26	92	7	86	31	25	15	27	1.96
13656268--13656636	184	2.0	183	84	3	483	21	28	27	23	1.99
13656793--13656845	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
13658344--13658396	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
13658233--13658596	197	1.8	197	81	4	457	23	26	27	23	2.00
13658541--13658593	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
13659591--13659643	26	2.0	26	85	0	70	28	22	20	28	1.99
13661323--13661375	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13661640--13661691	26	2.0	26	92	0	86	32	28	13	25	1.93
13662134--13662184	26	2.0	26	88	7	77	27	23	17	31	1.97
13663223--13663275	26	2.0	26	85	7	72	32	22	15	30	1.94
13663257--13663528	142	1.9	142	95	0	490	19	24	29	26	1.98
13669507--13669585	26	3.0	26	94	0	131	29	26	17	26	1.98
13669559--13670379	159	5.2	160	74	8	678	18	26	30	23	1.98
13669559--13670378	317	2.6	315	86	3	1108	18	26	30	23	1.98
13670351--13670403	26	2.0	26	86	13	74	26	24	20	28	1.99
13670474--13670506	11	3.0	11	90	0	57	21	27	33	18	1.96
13671743--13671795	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
13671810--13672273	159	2.9	158	76	7	377	17	25	31	25	1.97
13672246--13672298	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13672644--13672696	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
13678827--13678879	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13679156--13679706	158	3.5	159	81	6	494	19	28	29	22	1.98
13679681--13679733	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13680480--13680932	159	2.9	158	71	5	387	19	26	29	24	1.99
13680904--13680956	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
13681429--13681482	26	2.1	26	85	0	72	24	22	24	29	1.99
13681455--13681947	158	3.1	157	76	4	499	19	25	30	24	1.98
13681933--13681984	26	2.0	25	85	3	68	26	23	19	30	1.98
13682367--13682841	159	3.0	159	80	4	537	19	27	30	22	1.98
13682338--13682839	158	3.2	158	79	5	548	19	26	30	23	1.98
13683531--13683586	26	2.2	26	83	6	69	30	21	21	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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