genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  280  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26869436--26870090	355	1.8	355	84	2	895	20	25	30	22	1.99
26869906--26870658	171	4.4	170	75	6	653	20	27	29	22	1.98
26870289--26870340	25	2.0	26	92	3	88	26	25	21	26	1.99
26870631--26870683	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
26870068--26870881	342	2.3	342	82	4	936	20	28	29	22	1.98
26871333--26871363	12	2.6	12	89	0	53	12	25	19	41	1.87
26871844--26871896	26	2.0	26	88	0	79	28	28	18	24	1.98
26871807--26872768	368	2.6	367	80	2	1045	20	26	28	23	1.99
26872577--26872630	26	2.1	26	85	0	72	27	29	18	24	1.98
26872761--26872814	26	2.1	26	89	0	81	25	25	20	27	1.99
26872554--26872896	184	1.9	184	89	0	542	23	28	26	21	1.99
26873992--26874044	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
26873966--26874961	368	2.7	368	82	3	1175	20	27	28	23	1.99
26874795--26875386	159	3.7	158	76	5	480	17	26	30	24	1.97
26874795--26875563	158	4.9	157	75	5	532	19	27	29	24	1.98
26874795--26875573	317	2.5	316	83	2	929	19	26	29	24	1.98
26876269--26876324	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
26876298--26876982	329	2.1	329	84	3	887	22	26	28	22	1.99
26876749--26877750	514	2.0	512	85	2	1346	19	26	30	22	1.98
26877534--26877989	157	2.9	158	78	3	463	17	26	31	23	1.97
26877968--26878020	26	2.0	26	82	7	63	28	24	18	28	1.98
26878914--26878968	24	2.3	24	80	0	65	29	27	38	5	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26880090--26880142	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26881080--26881112	11	3.0	11	90	0	57	24	36	30	9	1.86
26881691--26881743	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
26882045--26882097	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
26882413--26882465	26	2.0	26	82	7	63	28	22	20	28	1.99
26882495--26882817	170	1.9	170	82	3	400	18	28	31	21	1.97
26883807--26883859	26	2.0	26	81	0	61	37	24	13	24	1.91
26884884--26884936	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26886469--26886521	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
26887188--26887239	25	2.0	26	92	3	88	28	26	19	25	1.98
26887911--26887960	26	1.9	26	91	0	82	24	26	22	28	1.99
26887973--26888595	159	3.9	159	77	4	596	18	28	30	22	1.97
26887937--26888594	317	2.1	317	84	1	861	18	27	30	22	1.98
26887566--26890504	660	4.3	660	74	11	1648	19	27	29	23	1.98
26889253--26889305	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26889617--26889670	26	2.1	26	92	0	90	25	27	20	25	1.99
26888911--26890236	368	3.6	366	81	2	1430	20	26	30	22	1.98
26890078--26890512	157	2.8	156	78	6	441	17	28	30	23	1.97
26891096--26891148	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26892076--26892412	158	2.1	158	81	3	383	18	26	31	24	1.98
26892570--26892622	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26891775--26892770	526	1.9	526	83	1	1278	19	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26893551--26893887	158	2.1	158	81	3	383	18	26	31	24	1.98
26894045--26894097	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
26893252--26894245	526	1.9	526	83	2	1280	20	26	29	24	1.99
26893703--26894882	368	3.2	366	81	3	1325	20	25	30	23	1.99
26894413--26894465	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26895235--26895287	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26894439--26895336	455	2.0	453	83	4	1148	21	26	29	21	1.99
26895577--26895628	26	2.0	25	85	10	70	28	26	19	25	1.98
26896309--26896361	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26896904--26896952	21	2.3	22	85	3	64	24	22	48	4	1.67
26897189--26897239	26	2.0	26	84	7	68	29	25	17	27	1.98
26898516--26898988	159	3.0	159	78	5	472	18	27	31	23	1.97
26899683--26899735	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
26899867--26899919	26	2.0	26	88	0	79	32	26	18	22	1.97
26899652--26900077	184	2.3	183	80	4	446	23	26	26	23	2.00
26900221--26900272	26	2.0	26	88	0	77	26	28	17	26	1.97
26899786--26900715	354	2.6	349	80	3	1006	22	27	27	22	1.99
26900575--26900627	26	2.0	26	92	0	88	32	30	16	20	1.95
26901221--26901281	26	2.3	26	97	0	113	27	26	21	24	1.99
26901294--26901756	159	2.9	158	76	7	386	19	27	28	24	1.99
26901290--26901755	158	2.9	158	77	6	469	19	27	28	24	1.99
26902777--26902832	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26903146--26903197	26	2.0	26	88	7	79	26	25	19	28	1.98
26905104--26905155	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
26905287--26905339	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26905067--26905481	184	2.3	184	84	1	528	19	25	28	25	1.99
26905651--26905706	26	2.2	26	86	0	76	32	26	19	21	1.97
26905276--26905961	366	1.9	367	83	3	889	22	26	28	22	1.99
26905910--26906163	135	1.9	135	84	3	341	17	26	30	25	1.97
26906300--26906352	26	2.0	26	85	0	70	26	26	18	28	1.98
26906957--26907459	159	3.2	158	76	6	471	20	27	29	22	1.98
26908157--26908209	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26908708--26908760	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26908084--26908902	184	4.5	184	69	12	575	20	28	27	23	1.99
26909063--26909115	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26908239--26909301	355	3.0	354	80	6	1170	19	27	29	23	1.98
26909318--26909747	158	2.7	158	81	2	443	20	28	27	23	1.99
26909721--26909773	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26910339--26910391	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
26910312--26911477	355	3.3	352	79	6	1214	21	25	28	24	1.99
26911408--26911457	26	1.9	26	95	0	91	24	28	20	28	1.99
26911602--26911654	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26911954--26912006	26	2.0	26	85	0	70	32	28	15	24	1.95
26912186--26912215	12	2.5	12	94	0	51	36	30	30	3	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26910656--26912448	902	2.0	898	80	5	2047	22	26	27	23	1.99
26911903--26913585	710	2.4	711	81	5	1874	21	27	28	23	1.99
26913017--26913069	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
26911564--26913585	353	5.7	354	78	7	1696	21	26	28	23	1.99
26913384--26913436	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
26913725--26913777	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26915406--26915456	22	2.3	22	96	0	93	17	33	17	31	1.94
26915599--26916039	159	2.8	158	77	4	413	19	28	29	22	1.98
26916615--26917105	158	3.1	158	76	8	459	17	27	30	24	1.97
26918342--26918394	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
26919546--26919598	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
26920122--26920428	158	1.9	158	82	2	382	20	27	29	22	1.99
26920000--26920430	159	2.7	160	79	4	453	19	28	29	22	1.98
26920524--26920555	11	2.9	11	100	0	64	18	28	34	18	1.95
26921128--26921180	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
26921491--26921540	26	1.9	26	83	0	64	34	24	16	26	1.95
26921679--26921731	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
26922370--26922420	26	2.0	26	92	0	84	29	25	17	27	1.98
26928645--26928697	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
26929565--26929617	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
26929933--26929985	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
26929537--26930801	368	3.4	367	79	2	1367	21	26	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26931543--26931595	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
26931622--26932074	159	2.9	158	78	3	444	20	28	29	22	1.98
26933012--26933063	26	2.0	25	88	3	77	26	28	19	25	1.98
26932853--26933534	184	3.8	185	72	9	510	19	27	30	21	1.98
26932939--26933611	355	1.9	355	84	1	911	19	27	30	22	1.98
26933391--26933896	159	3.2	158	78	4	509	19	28	30	22	1.98
26933868--26933920	26	2.0	26	82	7	63	30	26	18	24	1.98
26935300--26935352	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
26934541--26935515	354	2.7	357	80	5	1070	20	28	28	22	1.98
26936540--26936589	26	1.9	26	91	0	82	24	26	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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