genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.316.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  316  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29523138--29523504	159	2.3	155	77	6	380	19	24	31	24	1.98
29523138--29523625	158	3.1	156	76	6	443	18	25	30	25	1.98
29523962--29524014	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
29524829--29524881	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
29525359--29525411	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
29525643--29526217	158	3.6	159	72	8	377	18	26	29	26	1.98
29526189--29526241	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
29532662--29532750	39	2.3	39	98	0	169	8	35	19	35	1.83
29535007--29535455	159	2.8	157	75	6	445	20	27	28	22	1.99
29534989--29535555	158	3.6	157	76	6	502	19	27	28	24	1.99
29535735--29535787	26	2.0	26	92	0	88	32	26	16	24	1.97
29536796--29536849	26	2.1	26	92	0	90	24	25	22	27	2.00
29537482--29537534	26	2.0	26	82	7	63	28	20	20	30	1.98
29537187--29537705	196	2.6	197	83	3	600	21	22	29	26	1.99
29537863--29537915	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
29538389--29538436	25	1.9	25	95	0	87	25	31	20	22	1.98
29538366--29538940	183	3.2	181	66	14	461	21	26	27	24	1.99
29538741--29538790	25	2.0	25	88	0	73	30	28	18	24	1.97
29538359--29539330	354	2.7	352	86	2	1306	20	26	28	24	1.99
29539097--29539149	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
29539194--29539771	158	3.7	158	73	11	488	18	27	29	23	1.98
29539123--29539939	316	2.6	312	81	6	880	20	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29539912--29539964	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29540292--29540344	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
29540635--29540686	26	2.0	25	85	10	70	26	25	17	30	1.97
29545813--29546209	159	2.5	159	81	5	455	18	27	29	23	1.98
29546183--29546235	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
29546501--29546525	13	1.9	13	100	0	50	4	56	24	16	1.57
29546656--29547092	159	2.8	160	80	5	458	17	28	30	23	1.97
29547065--29547117	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
29547761--29547813	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
29549191--29549243	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29550243--29550293	26	2.0	26	92	0	84	29	25	19	25	1.99
29550269--29551111	170	5.2	157	75	7	589	20	27	29	22	1.98
29550636--29551113	170	2.8	170	83	2	591	20	28	29	20	1.98
29551379--29551412	15	2.3	15	94	0	59	17	41	5	35	1.74
29551586--29551638	26	2.0	26	92	7	90	28	26	18	26	1.98
29551427--29551797	184	2.0	185	84	3	480	21	27	27	24	1.99
29550989--29552098	502	2.2	500	80	4	1216	19	27	29	23	1.98
29551612--29552432	159	5.2	159	76	4	701	18	27	31	22	1.97
29551612--29552432	317	2.6	315	85	3	1083	18	27	31	22	1.97
29553126--29553178	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
29553625--29553677	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
29554004--29554056	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29554030--29554531	158	3.2	155	76	8	496	18	25	31	24	1.98
29554506--29554557	26	2.0	26	88	7	79	32	21	17	28	1.96
29554856--29554908	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
29553126--29555659	878	2.9	856	79	6	2564	19	26	29	24	1.99
29554481--29555105	341	1.8	346	83	6	836	20	25	28	25	1.99
29555418--29555746	171	1.9	170	87	1	480	19	26	32	21	1.97
29555719--29555771	26	2.0	26	82	7	63	26	22	18	32	1.97
29556248--29556300	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
29556337--29556647	170	1.8	168	81	9	382	17	28	31	22	1.97
29557701--29557881	91	2.0	91	82	2	220	12	30	31	25	1.93
29558575--29558627	26	2.0	26	92	7	90	26	18	20	33	1.96
29559364--29559812	159	2.8	159	77	5	386	19	27	29	23	1.98
29559309--29559810	158	3.2	156	76	6	483	19	26	29	23	1.99
29559784--29559836	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
29559810--29560179	171	2.2	170	80	7	401	21	28	28	21	1.99
29560152--29560202	26	2.0	26	88	0	75	27	27	17	27	1.98
29559504--29560520	355	2.9	346	77	11	991	20	27	28	23	1.99
29560178--29560543	158	2.3	158	77	7	384	19	27	29	24	1.98
29559064--29560876	868	2.1	874	81	4	2143	20	26	28	23	1.99
29560264--29561407	512	2.2	512	80	4	1212	20	25	29	24	1.99
29561164--29561216	26	2.0	26	89	7	81	24	20	22	32	1.98
29561544--29561594	26	2.0	26	88	0	75	27	31	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29561570--29561934	159	2.3	159	74	6	344	19	27	29	23	1.98
29561656--29562881	513	2.4	513	79	5	1270	20	26	28	24	1.99
29563628--29563677	26	1.9	26	91	0	82	26	30	18	26	1.98
29563654--29564144	157	3.1	156	74	9	474	18	27	29	24	1.98
29570605--29571103	159	3.1	159	78	5	519	18	28	31	21	1.97
29571430--29571482	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
29570966--29572165	366	3.4	353	81	7	1342	19	28	30	22	1.98
29571796--29571848	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
29572884--29573285	159	2.5	157	75	6	389	19	26	28	25	1.99
29572776--29573277	158	3.2	158	75	6	478	20	24	29	24	1.99
29573407--29573459	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
29573433--29573936	159	3.2	159	77	6	428	18	26	31	23	1.97
29573909--29573961	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
29574632--29574684	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
29575921--29576418	157	3.2	156	79	3	552	17	28	31	21	1.96
29576392--29576444	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
29576235--29576799	196	3.0	184	78	10	631	19	27	30	22	1.98
29576931--29576983	26	2.0	26	85	7	72	26	18	20	33	1.96
29577653--29577703	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
29577687--29578179	158	3.1	157	77	5	492	19	26	30	23	1.98
29578048--29578577	200	2.7	198	80	4	552	21	28	27	22	1.99
29578354--29578406	26	2.0	26	82	7	63	30	22	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29578719--29578771	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
29578885--29579584	157	4.3	160	71	13	503	19	26	30	24	1.98
29579067--29579111	23	2.0	23	90	0	72	31	24	15	28	1.96
29578698--29579428	338	2.1	339	84	5	913	20	26	28	24	1.99
29579114--29579585	159	3.0	158	76	7	418	18	27	31	23	1.97
29579557--29579609	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
29580276--29580328	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
29579485--29581558	718	2.9	718	94	0	3494	26	23	22	27	2.00
29580994--29581046	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
29581892--29582289	158	2.5	158	79	3	467	19	26	30	23	1.98
29582411--29582463	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
29582912--29582964	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
29583251--29583622	158	2.4	158	79	5	385	19	25	29	24	1.99
29583592--29583647	26	2.2	26	90	0	85	28	21	17	32	1.96
29584344--29584847	159	3.2	160	77	5	461	18	26	31	23	1.97
29584818--29584870	26	2.0	26	89	7	81	24	20	22	32	1.98
29585693--29585745	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
29586109--29586149	21	2.0	21	90	0	64	19	24	41	14	1.89
29586753--29586805	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29593142--29593193	26	2.0	26	88	7	79	30	23	15	30	1.95
29593828--29593878	26	2.0	24	82	14	59	29	25	15	29	1.96
29594364--29594723	156	2.3	156	77	8	363	20	25	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29594697--29594749	26	2.0	26	86	13	74	28	24	16	30	1.97
29595143--29595195	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
29595169--29595710	158	3.4	156	77	7	522	22	27	28	22	1.99
29595815--29595867	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
29596696--29596748	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
29598833--29598885	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29598266--29599609	514	2.6	509	82	4	1511	20	26	29	23	1.99
29599347--29599399	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
29599277--29600104	355	2.3	360	80	7	877	20	26	29	23	1.99
29599928--29599981	21	2.6	21	90	0	81	25	24	38	11	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402