genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  115  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14843638--14843709	26	2.8	26	93	4	119	27	23	18	30	1.97
14843853--14843905	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
14846684--14846736	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14847026--14847078	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
14847697--14847748	26	2.0	25	89	10	79	26	23	21	28	1.99
14848120--14848172	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
14849343--14849395	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
14848756--14850132	735	1.9	735	91	1	2240	27	22	22	27	1.99
14850078--14850130	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
14850111--14850481	159	2.3	158	77	4	422	19	28	30	21	1.97
14850357--14850719	170	2.1	171	80	4	403	20	28	28	22	1.99
14850775--14850833	26	2.3	26	86	11	79	30	27	16	25	1.97
14850864--14851303	159	2.8	159	76	8	346	19	25	29	25	1.98
14851277--14851329	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14852003--14852053	26	2.0	26	88	0	75	29	23	17	29	1.97
14852103--14852422	171	1.9	171	80	5	378	19	26	30	23	1.98
14853125--14853177	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14853309--14853361	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
14853445--14853476	11	2.9	11	100	0	64	28	28	25	18	1.98
14853429--14853476	22	2.2	22	84	0	60	27	33	25	14	1.94
14853985--14854037	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14854018--14854442	159	2.7	158	76	3	449	19	26	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14854018--14854512	158	3.1	158	76	4	494	19	25	30	25	1.98
14854867--14854919	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14854932--14855388	157	2.9	157	77	5	449	17	28	31	22	1.97
14855563--14855615	26	2.0	26	88	0	79	28	30	20	20	1.98
14855649--14856091	159	2.8	158	77	5	410	20	30	28	20	1.98
14855589--14856090	158	3.2	158	76	5	517	21	28	28	20	1.98
14856064--14856116	26	2.0	26	89	7	81	24	20	22	32	1.98
14856261--14856313	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14854833--14856816	698	2.8	693	84	2	2490	20	27	29	22	1.99
14856323--14856789	159	2.9	158	80	5	469	17	28	31	22	1.97
14856295--14856788	158	3.1	156	78	7	512	18	27	30	23	1.97
14857985--14858037	26	2.0	26	86	13	74	30	22	18	28	1.98
14858045--14858367	171	1.9	171	79	3	364	21	26	31	21	1.98
14858353--14858405	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
14858855--14858907	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
14859591--14859643	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
14860495--14860547	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
14858697--14860706	904	2.2	912	88	3	2956	25	24	24	26	2.00
14860521--14861021	158	3.2	157	75	3	468	20	26	28	23	1.99
14860995--14861047	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
14860837--14861206	184	2.0	184	87	0	524	21	25	28	24	1.99
14861393--14861890	158	3.1	158	76	5	504	19	26	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14861864--14861916	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14868767--14868819	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
14868964--14869015	26	2.0	26	88	0	77	25	26	21	26	1.99
14868680--14869174	196	2.6	195	80	9	529	17	27	31	24	1.97
14869063--14869845	159	4.7	159	65	15	409	16	26	31	25	1.97
14868793--14870033	513	2.4	513	91	2	1954	18	25	31	24	1.98
14869502--14870004	159	3.2	159	77	5	489	18	25	31	25	1.97
14869978--14870030	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14870738--14871238	160	3.2	156	77	5	479	20	27	29	21	1.98
14871395--14871777	171	2.2	171	84	1	464	20	28	28	21	1.98
14871750--14871802	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
14870669--14872304	526	3.2	500	75	9	1386	21	27	28	22	1.99
14871787--14872119	159	2.1	158	78	5	348	20	29	27	22	1.98
14872251--14872303	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
14872974--14873025	25	2.0	26	92	3	88	28	26	19	25	1.98
14873515--14873567	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14875143--14875193	26	2.0	26	92	0	84	29	25	17	27	1.98
14874689--14875385	366	1.9	355	81	7	832	20	26	29	23	1.99
14875169--14875668	158	3.2	156	75	7	463	20	26	29	24	1.99
14875642--14875694	26	2.0	26	89	7	81	26	22	18	32	1.97
14875668--14876020	169	2.1	170	82	2	415	20	26	31	22	1.98
14876008--14876057	26	1.9	26	91	0	82	32	26	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14876034--14876533	158	3.2	158	77	5	526	19	26	30	23	1.98
14876507--14876559	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14873866--14876717	865	3.3	862	84	2	3627	20	26	29	23	1.99
14876701--14876753	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
14876402--14876782	194	2.0	196	86	4	547	20	25	30	23	1.99
14881980--14882032	26	2.0	26	82	7	63	28	22	16	32	1.96
14882773--14883219	158	2.8	156	77	6	429	17	26	31	24	1.97
14883384--14883436	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
14883738--14883806	33	2.1	33	94	5	122	26	26	20	27	1.99
14884460--14884512	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
14884985--14885037	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14885071--14885267	105	1.9	104	85	3	270	17	32	30	19	1.95
14885993--14886045	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
14886494--14886553	26	2.4	26	75	10	63	30	23	16	30	1.96
14887020--14887072	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
14889903--14889955	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
14890849--14890902	28	2.0	28	85	3	74	29	18	25	25	1.98
14891260--14891699	159	2.8	158	75	7	368	24	30	26	18	1.98
14891738--14891789	26	2.0	26	92	0	86	25	13	28	32	1.93
14892283--14892335	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14892308--14892596	160	1.8	159	87	1	427	23	31	27	16	1.97
14892308--14892653	159	2.2	159	81	3	392	23	31	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14892627--14892679	26	2.0	26	92	7	90	22	20	30	26	1.98
14892861--14893308	159	2.8	160	74	7	421	24	28	27	19	1.98
14892862--14893363	158	3.2	157	72	10	423	24	28	27	20	1.99
14893337--14893389	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14893191--14893547	184	1.9	184	83	4	461	24	28	26	21	1.99
14893363--14893739	158	2.4	158	81	6	449	24	28	26	19	1.99
14894863--14894913	26	2.0	26	88	0	75	29	19	27	23	1.98
14895738--14896303	184	3.0	184	75	10	500	23	27	27	21	1.99
14896118--14896614	158	3.1	158	76	7	366	24	30	25	19	1.98
14896688--14897052	184	2.0	184	82	3	448	22	30	27	19	1.98
14897134--14897186	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
14897330--14897385	26	2.2	26	90	6	87	28	17	21	32	1.96
14897102--14897485	196	2.0	196	82	5	481	22	26	26	23	2.00
14897355--14897784	159	2.7	156	77	3	441	24	30	26	18	1.98
14897831--14897881	26	2.0	26	92	0	84	29	15	23	31	1.95
14898212--14898264	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
14898668--14898720	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
14899674--14899726	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
14899872--14899924	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
14899898--14900192	158	1.9	158	81	7	366	26	31	23	18	1.98
14900897--14900949	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
14901921--14901973	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14902444--14902496	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
14903103--14903169	33	2.1	32	94	5	118	26	20	25	26	1.99
14904555--14904607	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
14905289--14905340	26	2.0	25	92	3	86	26	21	23	28	1.99
14905314--14905922	157	3.9	158	75	6	399	22	30	27	19	1.98
14905958--14906010	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
14906301--14906353	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
14913112--14913163	26	2.0	26	92	0	86	26	19	23	30	1.98
14913269--14913311	12	3.6	12	87	0	59	9	41	23	25	1.84
14913503--14913555	26	2.0	26	85	7	72	30	16	22	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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