genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.144.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  144  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16921086--16921589	158	3.2	157	76	7	484	22	31	27	18	1.97
16920416--16921589	351	3.6	322	78	10	1020	22	30	27	18	1.97
16921563--16921615	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
16927716--16928211	159	3.2	159	73	7	431	23	28	27	20	1.99
16928185--16928237	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
16928561--16928613	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
16929043--16929095	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
16930622--16930674	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
16930808--16930858	26	2.0	26	88	7	77	29	19	23	27	1.98
16931475--16931527	26	2.0	26	85	7	72	33	18	20	26	1.96
16931658--16931710	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
16932381--16932433	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
16932577--16932655	26	3.0	26	90	7	133	26	20	26	26	1.99
16933485--16933537	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
16934220--16934673	159	2.9	158	76	5	380	24	32	26	17	1.97
16934696--16934748	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
16935742--16935795	26	2.0	27	85	3	74	27	14	25	31	1.95
16936451--16936503	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
16936476--16936813	158	2.1	157	81	6	371	23	30	26	18	1.98
16936826--16936979	84	1.8	84	83	2	202	27	25	30	16	1.96
16937245--16937297	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
16937734--16937783	26	1.9	26	95	0	91	26	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16938114--16938166	26	2.0	26	89	7	81	32	18	22	26	1.97
16938139--16938523	158	2.4	159	80	2	434	23	31	27	17	1.97
16938139--16938577	158	2.8	158	76	7	399	22	30	29	17	1.96
16938935--16938969	9	4.1	9	85	14	56	28	22	0	48	1.51
16939333--16939385	26	2.0	26	92	0	88	32	18	22	26	1.97
16939855--16939907	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
16939517--16940065	184	3.0	182	78	7	612	23	29	27	19	1.98
16939881--16940375	159	3.1	158	80	4	597	24	31	26	17	1.97
16939880--16941366	683	2.2	671	82	5	1787	24	29	26	19	1.98
16941041--16941091	26	2.0	26	88	0	75	27	17	27	27	1.98
16941406--16941456	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
16941235--16942125	196	4.6	196	83	2	949	24	28	25	21	1.99
16941601--16941653	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
16942303--16942355	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16943025--16943077	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
16943060--16943553	159	3.1	159	78	7	421	23	30	27	19	1.98
16943527--16943579	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
16945264--16945316	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
16945290--16945772	159	3.0	158	79	3	540	23	31	27	18	1.97
16945725--16946122	196	2.0	195	83	3	514	22	30	25	21	1.98
16952140--16952192	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16952861--16952913	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16952886--16953380	158	3.1	159	82	3	622	23	31	27	17	1.97
16953745--16954237	158	3.1	158	73	5	451	23	29	26	19	1.98
16954939--16954991	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
16955822--16955874	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16956561--16956939	155	2.4	156	77	6	367	22	28	28	20	1.98
16958633--16958686	26	2.0	26	89	10	83	29	20	24	25	1.99
16958660--16959154	159	3.1	157	77	7	518	24	29	26	19	1.98
16959529--16959923	158	2.5	158	77	2	389	24	29	27	18	1.98
16960724--16960776	26	2.0	26	82	7	63	30	20	20	28	1.98
16961608--16961660	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16962354--16962772	159	2.6	158	77	4	391	23	28	29	18	1.98
16963200--16963252	26	2.0	26	82	7	63	32	16	22	28	1.96
16963225--16963726	158	3.2	159	78	5	453	25	28	25	20	1.99
16964424--16964476	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
16964450--16964944	159	3.1	154	78	7	494	24	31	26	17	1.97
16964926--16964978	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
16964952--16965259	170	1.8	171	84	0	420	21	30	27	19	1.98
16964422--16965430	513	2.0	503	79	6	1081	23	30	26	19	1.98
16965586--16965638	26	2.0	26	92	0	88	22	16	30	30	1.96
16965819--16966382	158	3.6	158	78	5	593	21	30	29	17	1.97
16966975--16967027	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
16967000--16967426	159	2.7	158	77	5	450	24	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16967476--16967528	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16967845--16967897	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
16967685--16968056	185	2.0	185	80	1	413	24	27	26	21	1.99
16967871--16968374	159	3.2	159	77	5	455	22	30	27	19	1.98
16968348--16968400	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16969066--16969118	26	2.0	26	82	7	63	26	22	22	28	1.99
16969250--16969302	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
16969875--16969925	26	2.0	26	100	0	102	31	17	23	27	1.97
16971147--16971650	158	3.2	158	75	7	385	24	29	26	19	1.98
16971625--16971676	26	2.0	26	88	7	79	28	19	25	26	1.98
16972315--16972981	367	1.8	360	80	9	783	24	28	26	19	1.99
16973615--16973998	157	2.4	157	80	3	421	23	29	27	19	1.98
16973615--16974077	159	2.9	159	75	5	454	22	30	27	19	1.98
16974091--16974143	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
16974116--16974555	159	2.8	158	75	4	404	23	28	28	19	1.98
16973587--16974702	503	2.2	505	84	5	1425	23	29	26	20	1.99
16975112--16975164	26	2.0	26	85	0	70	26	18	30	24	1.98
16975844--16975896	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
16978170--16978225	26	2.2	26	93	0	94	26	19	25	28	1.99
16978855--16978907	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
16981583--16981635	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
16981963--16982015	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16981988--16982451	160	2.9	156	78	6	502	22	29	28	19	1.98
16988226--16988276	26	2.0	26	92	0	84	27	17	25	29	1.98
16989181--16989210	12	2.5	12	94	0	51	10	50	23	16	1.75
16989135--16989739	328	1.8	328	84	0	834	22	30	26	20	1.98
16989767--16989792	10	2.6	10	100	0	52	26	7	7	57	1.54
16990469--16990522	26	2.1	26	89	0	81	27	18	27	25	1.98
16990680--16991049	184	2.0	184	84	6	482	23	25	27	24	2.00
16990865--16991307	159	2.8	158	78	5	484	22	27	27	21	1.99
16992052--16992104	26	2.0	26	85	7	72	30	18	26	24	1.98
16992606--16992657	26	2.0	26	81	7	61	30	19	23	26	1.98
16992631--16993126	158	3.1	157	78	6	498	23	29	27	19	1.98
16993107--16993158	26	2.0	26	84	0	68	25	17	26	30	1.97
16994688--16994740	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
16999143--16999195	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
16999332--16999701	158	2.3	159	79	4	363	25	30	24	18	1.98
16999813--16999865	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
16999454--17000760	685	1.9	685	84	1	1749	23	28	26	21	1.99
16999999--17000446	159	2.8	158	72	8	381	24	27	28	19	1.99
17000498--17000550	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
17006724--17006776	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
17007066--17007118	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
17008327--17008641	170	1.9	170	82	2	409	22	32	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17008327--17008681	170	2.1	169	80	6	396	23	30	25	20	1.99
17008655--17008706	26	2.0	25	85	10	70	32	17	21	28	1.96
17007973--17008972	354	2.8	350	77	7	970	23	29	27	20	1.99
17010350--17010402	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
17010851--17010903	26	2.0	26	88	0	79	22	20	28	28	1.99
17011211--17011263	26	2.0	26	89	7	81	26	16	26	30	1.97
17011002--17012328	501	2.6	499	81	3	1435	24	29	26	20	1.99
17012213--17012265	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
17012923--17012974	26	2.0	25	92	3	86	28	19	23	28	1.98
17013105--17013157	26	2.0	26	85	0	70	26	18	28	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402