genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  192  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20438609--20438661	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20439004--20439056	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
20439517--20439569	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
20438991--20440106	512	2.1	514	80	6	1243	20	26	29	23	1.99
20441907--20441959	26	2.0	26	82	7	63	28	18	22	30	1.98
20442116--20442166	26	2.0	26	88	7	77	31	17	21	29	1.96
20442457--20442509	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
20442703--20443194	159	3.1	158	77	5	490	23	29	26	19	1.98
20443168--20443220	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20444431--20444483	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
20444456--20444910	159	2.9	158	76	5	468	22	29	27	20	1.98
20444946--20444998	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
20446367--20446419	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
20446238--20446577	184	1.8	184	82	1	439	22	29	29	19	1.98
20446392--20446894	158	3.2	158	80	3	557	21	28	29	20	1.98
20447591--20447643	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
20448140--20448190	26	2.0	26	92	7	86	31	19	21	27	1.97
20454386--20454438	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
20455157--20455209	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
20455166--20455280	58	2.0	58	94	0	203	30	22	21	25	1.99
20455263--20455851	171	3.5	171	76	5	456	24	31	25	18	1.97
20455562--20456234	158	4.3	157	75	9	482	25	31	25	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20455741--20456160	159	2.7	152	79	8	431	25	30	26	16	1.97
20455864--20456199	159	2.1	158	85	0	456	24	33	25	16	1.96
20457602--20457654	26	2.0	26	100	0	106	22	20	30	26	1.98
20457285--20458587	343	3.7	343	78	8	999	22	30	27	19	1.98
20457945--20457997	26	2.0	26	89	7	81	22	18	28	30	1.98
20458351--20458852	158	3.2	158	76	5	431	23	31	26	18	1.97
20459551--20459603	26	2.0	26	88	0	79	26	20	26	26	1.99
20462261--20462314	26	2.1	26	85	0	72	29	20	24	25	1.99
20464605--20464660	26	2.2	26	90	6	87	30	17	21	30	1.96
20464630--20465454	318	2.6	317	83	2	990	22	29	27	20	1.99
20464630--20465397	159	4.8	158	75	8	617	22	29	27	20	1.98
20465824--20465873	26	1.9	26	92	8	84	32	16	24	28	1.96
20466162--20466214	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
20465976--20466666	367	1.9	355	82	6	843	23	31	26	18	1.98
20467080--20467132	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
20467548--20467625	26	3.0	26	94	0	138	24	17	29	28	1.98
20467762--20468236	159	3.0	157	78	5	535	22	28	28	20	1.98
20468334--20468383	26	1.9	26	92	8	84	34	20	22	24	1.97
20469175--20469227	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
20469337--20469959	159	3.9	159	76	3	549	23	29	27	19	1.98
20470357--20470409	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20470788--20470837	26	1.9	26	92	8	84	34	20	22	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20471240--20471508	144	1.9	143	80	8	314	24	32	23	19	1.98
20471629--20471681	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
20471786--20472399	159	3.9	158	78	3	563	22	29	28	19	1.98
20472470--20472522	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
20472811--20472863	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
20473219--20473719	158	3.2	157	75	5	508	22	28	28	20	1.98
20473694--20473745	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
20474420--20475865	532	2.7	519	76	7	1333	24	28	25	21	1.99
20476703--20476754	26	2.0	26	88	7	79	30	17	25	26	1.97
20477233--20477285	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
20477258--20477639	159	2.4	158	76	3	374	25	31	25	18	1.97
20477729--20477780	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
20478596--20478648	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
20479319--20479371	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20479529--20479581	26	2.0	26	82	7	63	32	18	20	28	1.97
20480389--20480440	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
20481093--20481145	26	2.0	26	92	0	88	26	15	28	30	1.96
20481302--20481351	26	2.0	25	96	4	91	30	16	22	32	1.95
20481795--20481847	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20482158--20482210	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
20481612--20482635	355	2.8	352	81	5	1120	24	29	26	19	1.98
20483026--20483078	26	2.0	26	88	0	79	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20483737--20483815	26	3.0	26	88	3	115	30	22	22	24	1.99
20483746--20483818	26	2.8	26	91	0	119	30	23	23	23	1.99
20484264--20484316	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
20484758--20484789	12	2.7	12	95	0	55	34	18	34	12	1.89
20484987--20485474	158	3.1	156	77	4	507	21	30	28	20	1.98
20486168--20486220	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
20486193--20486631	159	2.8	157	78	5	456	24	28	28	18	1.98
20486505--20487541	368	2.8	352	82	5	1110	23	28	27	20	1.99
20487403--20487454	26	2.0	26	92	7	88	32	19	21	26	1.97
20487586--20487638	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20488517--20488569	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
20489067--20489566	157	3.2	155	73	9	465	24	31	26	18	1.97
20489540--20489592	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
20490263--20490315	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
20490288--20490624	159	2.1	159	80	4	378	23	31	27	18	1.97
20490605--20490657	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
20490854--20490906	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
20491891--20491943	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
20492934--20493466	157	3.4	156	78	7	549	22	30	27	19	1.98
20493440--20493492	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20494163--20494213	25	2.0	25	85	7	68	31	19	21	27	1.97
20494188--20494529	158	2.2	158	80	5	372	21	30	28	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20495236--20495288	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
20495579--20495630	25	2.0	26	92	3	88	25	19	26	28	1.98
20496301--20496356	26	2.2	26	93	6	96	28	19	23	28	1.98
20496643--20496695	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
20496857--20496909	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
20503653--20503705	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
20504374--20504426	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
20504400--20504901	158	3.2	158	75	2	515	24	28	26	20	1.99
20504875--20504927	26	2.0	26	81	0	61	24	16	30	28	1.97
20505243--20505295	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
20505269--20505770	158	3.2	155	79	6	501	23	31	27	17	1.97
20505746--20505796	26	2.0	26	92	0	84	29	19	27	23	1.98
20506503--20506949	159	2.8	158	78	6	465	23	32	27	16	1.96
20506979--20507030	25	2.0	26	88	3	79	26	19	26	26	1.99
20507503--20507555	26	2.0	26	82	13	65	30	26	18	24	1.98
20507529--20508030	159	3.2	157	79	3	560	21	32	28	18	1.96
20508158--20508257	50	2.0	50	100	0	200	22	22	10	46	1.81
20508778--20508829	26	2.0	26	81	7	61	30	19	25	25	1.98
20509278--20509330	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
20509435--20509836	158	2.5	158	76	5	425	23	30	26	20	1.98
20509950--20510000	26	2.0	26	84	0	66	29	13	27	29	1.94
20509987--20510600	158	3.9	158	79	3	635	22	31	28	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20508805--20510712	658	2.9	659	86	3	2589	22	29	27	19	1.98
20509976--20510633	317	2.1	316	85	2	881	22	30	28	18	1.98
20510609--20510659	26	2.0	26	92	0	84	29	13	27	29	1.94
20511353--20512479	158	7.1	158	76	4	969	22	30	28	18	1.97
20511346--20512479	317	3.6	316	85	0	1444	22	30	27	18	1.97
20512455--20512534	26	3.1	26	92	0	133	27	21	26	25	1.99
20512507--20512807	158	1.9	158	80	2	345	22	31	27	18	1.97
20512979--20513031	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
20513610--20513642	11	3.0	11	83	16	50	18	36	27	18	1.94
20513714--20513764	26	2.0	26	88	7	77	29	17	27	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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