genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  129  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15861458--15862129	159	4.2	157	77	7	559	21	28	29	21	1.98
15861824--15865939	159	23.9	169	67	15	753	20	27	29	22	1.98
15862325--15862985	158	4.2	158	77	5	539	18	26	30	24	1.98
15862958--15863010	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15863326--15863378	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15862602--15864722	868	2.4	865	77	8	2226	20	27	29	22	1.98
15862984--15864880	867	2.2	839	80	6	1984	20	26	29	23	1.99
15864853--15864905	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15865221--15865273	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15865613--15865939	170	1.9	171	84	3	435	20	28	29	21	1.98
15864879--15866774	867	2.2	840	79	6	1934	20	27	29	22	1.98
15866114--15866774	158	4.2	158	77	5	539	18	26	30	24	1.98
15866747--15866799	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15867480--15867532	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
15867506--15868007	158	3.2	156	75	4	477	20	26	28	23	1.99
15867981--15868033	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15868348--15868400	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15867810--15868718	367	2.6	343	78	8	869	20	26	29	23	1.99
15868448--15868873	159	2.7	152	77	6	370	17	27	30	24	1.97
15868846--15868924	26	3.0	26	96	3	142	26	24	20	29	1.99
15869224--15869276	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15869321--15869911	159	3.7	156	74	7	466	18	27	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15867981--15869753	875	2.0	885	84	4	2288	20	26	29	23	1.99
15869567--15870451	343	2.5	349	82	5	1022	19	26	29	24	1.99
15870424--15870476	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
15871104--15871154	26	2.0	26	92	0	84	25	27	19	27	1.99
15871130--15871632	159	3.2	158	79	4	555	19	26	30	24	1.98
15871606--15871658	26	2.0	26	88	0	79	30	20	18	30	1.97
15872316--15872368	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15874241--15874686	159	2.8	159	78	7	442	19	27	29	23	1.98
15874503--15875250	183	4.0	185	75	10	576	22	26	27	24	2.00
15874741--15875112	196	1.9	195	82	3	462	20	26	28	23	1.99
15874555--15875250	379	1.8	379	80	6	845	22	26	27	23	2.00
15875381--15875433	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
15875257--15875592	184	1.8	183	81	6	419	20	27	28	23	1.99
15875482--15875845	159	2.3	157	80	5	360	19	28	28	23	1.98
15876490--15876852	158	2.3	157	81	5	428	19	27	28	24	1.98
15876825--15876877	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
15876548--15877431	355	2.5	341	77	9	862	20	26	29	23	1.99
15877222--15877720	159	3.2	159	75	8	428	19	26	29	24	1.98
15877694--15877763	26	2.7	26	93	0	122	27	22	18	31	1.97
15879305--15879355	26	2.0	26	84	7	68	29	21	15	33	1.94
15880088--15880554	159	2.9	157	78	3	490	18	26	31	23	1.98
15880526--15880578	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15880731--15880786	26	2.2	26	84	12	71	28	23	19	28	1.98
15881235--15881287	26	2.0	26	85	7	72	24	26	18	30	1.98
15880683--15882720	881	2.3	866	80	3	2233	20	26	28	24	1.99
15882116--15882168	26	2.0	26	92	0	88	30	22	15	32	1.94
15882481--15882536	26	2.2	26	93	6	96	28	25	19	26	1.99
15882863--15882915	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15883583--15883635	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15883609--15884110	158	3.2	156	79	5	544	18	27	30	22	1.98
15884559--15884841	153	1.9	152	82	5	356	16	29	30	23	1.96
15884478--15884972	159	3.2	157	75	8	492	20	27	29	22	1.98
15885679--15885731	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15885705--15886208	159	3.2	157	79	7	536	18	28	31	22	1.97
15885642--15886939	513	2.6	503	84	6	1574	19	27	30	22	1.98
15886282--15886720	158	2.8	157	76	7	343	18	28	30	22	1.97
15886692--15886744	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
15888481--15888809	170	1.9	171	83	4	432	18	29	30	21	1.97
15889617--15889669	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15890377--15890878	158	3.2	155	75	7	472	20	26	29	23	1.99
15890852--15890904	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15891218--15891271	26	2.1	26	89	0	81	25	25	20	27	1.99
15891719--15891771	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15892071--15892123	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15891661--15892301	352	1.9	340	84	4	870	20	27	28	23	1.99
15890314--15892600	850	2.7	852	82	3	2705	20	26	29	24	1.99
15892148--15892758	159	3.8	157	75	7	474	18	27	30	22	1.98
15892414--15893298	343	2.5	349	82	3	1016	20	26	29	24	1.99
15894017--15894319	159	1.9	157	80	5	351	18	27	31	22	1.97
15893977--15894477	158	3.2	157	77	5	492	19	26	29	24	1.99
15895161--15895213	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15895904--15896288	158	2.4	157	76	11	367	19	24	29	25	1.98
15896984--15897475	158	3.1	157	77	9	516	18	26	30	24	1.97
15897301--15898042	183	4.0	183	78	9	739	20	27	28	23	1.99
15897838--15897890	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
15897539--15897910	196	1.9	195	83	4	491	20	29	28	22	1.98
15897896--15898194	159	1.9	157	81	4	359	19	30	30	19	1.97
15898180--15898232	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
15898055--15898391	184	1.8	184	82	4	428	19	28	29	22	1.98
15897786--15898549	343	2.2	342	84	2	980	20	29	28	22	1.98
15898206--15898704	159	3.2	156	79	6	536	20	27	29	23	1.99
15899612--15899664	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
15899705--15899995	159	1.8	159	85	2	406	18	27	29	24	1.98
15899968--15900020	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15899420--15900337	343	2.6	346	80	6	908	19	27	29	23	1.99
15900469--15900538	26	2.7	26	97	0	131	27	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15901464--15901949	180	2.7	184	78	7	519	21	26	27	24	1.99
15902833--15903253	158	2.7	158	74	2	405	19	26	30	22	1.98
15903505--15903560	26	2.2	26	84	12	71	28	19	19	32	1.97
15903589--15904036	159	2.8	158	76	5	364	17	26	29	26	1.98
15904009--15904061	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
15903445--15905495	882	2.3	867	80	4	2265	20	26	28	24	1.99
15904891--15904943	26	2.0	26	88	0	79	28	22	16	32	1.96
15905256--15905311	26	2.2	26	93	6	96	28	25	19	26	1.99
15905759--15905791	11	3.0	11	95	0	57	18	30	36	15	1.91
15906368--15906420	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15906429--15906895	158	3.0	158	78	5	514	18	28	30	22	1.98
15906868--15906920	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
15906894--15907264	171	2.2	171	80	6	412	20	28	30	19	1.97
15907236--15907288	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15906766--15907473	354	2.0	360	82	6	882	20	27	29	22	1.98
15908350--15908402	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15908376--15908868	158	3.1	156	77	4	425	18	28	31	22	1.97
15908850--15908902	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
15908691--15909060	184	2.0	184	82	3	440	20	26	29	23	1.99
15909350--15909402	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15909728--15909780	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15909754--15910255	158	3.2	156	77	6	517	17	27	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15910229--15910281	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15916865--15916916	26	2.0	26	88	0	77	30	28	15	25	1.96
15916891--15917382	158	3.1	158	76	5	499	19	28	29	21	1.98
15917365--15917417	26	2.0	26	82	13	65	30	22	16	30	1.96
15917614--15917666	26	2.0	26	88	0	79	35	24	13	26	1.92
15917956--15918008	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15918682--15918734	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
15918847--15919210	158	2.3	158	78	8	382	20	28	29	21	1.98
15919182--15919234	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15919546--15919598	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402