genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  63  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10908796--10908846	26	2.0	26	88	7	77	27	27	19	25	1.99
10908362--10909047	355	1.9	361	82	5	852	19	26	29	23	1.98
10905922--10909353	869	3.9	863	78	5	3297	20	26	29	23	1.99
10908894--10909327	159	2.7	159	80	5	509	17	27	30	24	1.97
10908824--10909325	158	3.2	157	77	7	516	18	26	30	24	1.98
10909299--10909351	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
10910002--10910054	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
10910746--10910801	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
10910848--10911313	157	2.9	158	76	5	411	19	28	29	22	1.98
10912073--10912446	159	2.3	160	81	5	461	19	27	30	22	1.98
10912418--10912470	26	2.0	26	89	7	81	32	22	16	28	1.96
10912880--10913326	159	2.8	156	76	5	441	19	26	29	23	1.99
10914030--10914082	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
10914701--10914753	26	2.0	26	85	7	72	24	26	20	28	1.99
10914910--10914961	26	2.0	26	88	3	79	28	23	19	28	1.98
10915075--10915438	158	2.3	158	77	7	360	19	25	29	25	1.99
10915621--10915672	26	2.0	26	88	0	77	25	26	23	25	2.00
10915879--10915931	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
10916235--10916762	158	3.3	158	76	5	373	18	28	30	22	1.98
10917109--10917472	157	2.3	159	80	5	407	19	27	29	23	1.98
10916979--10917470	158	3.1	156	75	7	447	19	27	29	23	1.98
10917444--10917496	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10917799--10917851	26	2.0	26	82	7	63	28	20	20	30	1.98
10918459--10918511	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
10918959--10919011	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
10919015--10919072	26	2.2	26	100	0	116	27	20	37	13	1.91
10919181--10919234	26	2.0	27	89	3	83	27	31	18	22	1.97
10920048--10920100	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
10920244--10920296	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
10919955--10920326	196	1.9	196	85	2	523	20	28	27	22	1.99
10920366--10920418	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
10920433--10921064	159	3.9	159	77	7	400	19	28	30	21	1.97
10921038--10921090	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
10921758--10921810	26	2.0	26	89	7	81	32	30	16	20	1.95
10922100--10922150	26	2.0	26	88	0	75	29	29	15	25	1.96
10928226--10928278	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
10929693--10930306	327	1.9	317	79	7	693	20	27	29	22	1.98
10930280--10930332	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
10930620--10930672	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
10930751--10930776	13	2.0	13	100	0	52	7	61	23	7	1.49
10930815--10930866	26	2.0	26	96	3	97	26	25	21	26	1.99
10931055--10931341	158	1.8	158	80	3	344	21	26	28	23	1.99
10931315--10931367	26	2.0	26	89	7	81	30	20	18	30	1.97
10931512--10931564	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10932123--10932178	26	2.2	26	87	6	78	30	21	21	26	1.98
10932626--10932678	26	2.0	26	82	7	63	24	24	20	30	1.99
10933846--10933898	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
10931959--10934419	864	2.9	857	78	6	2497	20	26	29	23	1.99
10933872--10934364	158	3.1	156	73	6	429	20	26	29	23	1.99
10934348--10934398	26	2.0	26	88	0	75	29	21	13	35	1.92
10935880--10935932	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
10937075--10937127	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
10937101--10937478	159	2.4	157	79	7	422	20	27	29	23	1.98
10937566--10937616	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
10937688--10938274	157	3.6	158	77	5	416	18	27	30	23	1.98
10937676--10938275	159	3.7	159	76	7	512	18	27	30	23	1.98
10937548--10938776	671	1.8	677	82	5	1613	19	26	30	23	1.98
10939517--10939894	159	2.4	158	75	5	377	22	27	27	22	1.99
10939985--10940037	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
10940365--10940417	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
10947414--10947941	158	3.3	158	76	5	485	20	27	29	22	1.98
10948367--10948972	157	3.9	155	80	5	576	17	28	31	22	1.97
10948318--10948973	156	4.2	159	79	5	620	18	27	30	22	1.97
10949159--10949194	12	2.9	13	88	12	58	13	30	16	38	1.88
10949622--10949674	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
10949721--10950136	158	2.6	157	78	8	391	18	28	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10950110--10950162	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
10950490--10950542	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
10950516--10951345	158	5.2	157	73	11	565	20	26	29	23	1.99
10951320--10951371	26	2.0	26	89	10	81	26	21	21	30	1.98
10951515--10951584	26	2.7	26	97	0	131	24	24	20	31	1.98
10951515--10951593	26	3.0	25	89	7	90	26	22	20	30	1.98
10952428--10952480	26	2.0	26	85	7	72	28	22	16	32	1.96
10952679--10952709	12	2.6	12	100	0	62	16	19	48	16	1.81
10952802--10952854	26	2.0	26	88	0	79	24	28	22	24	2.00
10952828--10953339	159	3.2	157	77	6	463	21	28	29	21	1.98
10953313--10953365	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
10953339--10953838	158	3.2	158	76	9	502	19	27	29	24	1.98
10954589--10954998	159	2.6	158	77	6	416	18	27	29	25	1.98
10955168--10955226	26	2.3	26	82	5	77	30	27	16	25	1.97
10955191--10955696	158	3.2	159	77	4	466	20	26	29	24	1.99
10955665--10955720	26	2.2	26	90	6	87	28	21	19	30	1.98
10955874--10955928	26	2.1	26	93	0	92	23	27	21	27	1.99
10956165--10956217	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
10956541--10956593	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
10957357--10957383	13	2.1	13	100	0	54	0	44	33	22	1.53
10957421--10957475	26	2.1	26	93	0	92	29	29	18	23	1.98
10957718--10957768	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10958804--10959446	158	4.0	157	75	7	425	20	26	30	22	1.98
10959264--10959295	12	2.7	12	100	0	64	34	28	31	6	1.82
10959582--10959969	159	2.5	157	73	6	370	21	25	30	22	1.99
10960053--10960109	26	2.2	26	81	6	71	28	21	17	33	1.96
10960410--10960462	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
10959880--10960632	354	2.1	355	81	3	858	22	24	27	25	2.00
10965767--10965817	26	2.0	26	92	7	86	31	21	17	29	1.96
10965793--10966159	171	2.1	171	80	3	414	21	26	29	22	1.99
10966159--10966659	158	3.2	156	75	5	522	20	27	29	22	1.98
10966633--10966685	26	2.0	26	89	7	81	33	22	15	28	1.94
10967330--10967382	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
10968094--10968488	159	2.5	157	75	4	362	22	24	29	23	1.99
10968565--10968632	26	2.6	26	97	0	127	25	20	23	30	1.98
10968885--10969917	158	6.6	158	75	6	743	19	25	28	25	1.99
10968923--10969917	475	2.1	470	88	2	1465	20	25	28	25	1.99
10970269--10970321	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
10970599--10970651	26	2.0	26	85	0	70	24	22	22	30	1.99
10971324--10971375	25	2.0	25	85	10	70	30	26	19	23	1.98
10972334--10972386	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
10972368--10972853	159	3.1	157	79	5	503	18	28	31	22	1.97
10973599--10974095	159	3.1	156	74	10	434	19	26	30	23	1.98
10974069--10974121	26	2.0	26	85	7	72	32	22	15	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10974402--10974970	159	3.6	159	71	9	361	20	24	30	24	1.98
10974804--10975266	169	2.7	168	83	6	540	18	26	31	22	1.97
10976449--10976501	26	2.0	26	85	0	70	30	22	20	26	1.98
10976511--10976857	158	2.2	158	79	1	381	17	28	32	21	1.96
10977001--10977438	159	2.7	157	75	6	378	18	28	31	21	1.97
10977479--10977528	26	2.0	25	88	4	73	26	24	16	34	1.95
10978228--10978721	159	3.1	160	78	3	523	19	28	30	22	1.98
10979423--10979475	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
10979449--10979939	159	3.1	158	80	1	421	20	26	29	24	1.99
10979580--10979948	158	2.3	159	82	1	427	20	26	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402