genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.152.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  152  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17552916--17553406	159	3.1	158	74	5	483	18	27	31	23	1.97
17554113--17554165	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
17554139--17554524	159	2.4	159	73	10	376	21	26	29	22	1.99
17555322--17555374	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
17555665--17555717	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
17555861--17555913	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17555635--17556280	196	3.3	196	85	2	823	20	25	29	24	1.99
17556058--17556110	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
17555954--17556634	354	1.9	355	83	2	875	21	25	28	24	1.99
17556609--17556660	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
17560877--17560929	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
17561696--17561747	26	2.0	26	85	3	70	26	25	19	28	1.98
17562177--17562228	26	2.0	25	85	3	68	32	21	15	30	1.94
17562380--17562436	26	2.2	26	90	0	87	28	22	19	29	1.98
17563107--17563157	26	2.0	26	88	7	77	27	23	15	33	1.95
17563967--17564337	158	2.3	159	80	3	408	19	24	31	24	1.98
17564344--17564862	170	3.1	170	74	11	380	22	25	28	23	1.99
17564836--17564888	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
17563768--17565884	995	2.1	993	85	2	2814	21	25	28	24	1.99
17565830--17565882	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
17566037--17566089	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
17565722--17566124	207	1.9	208	85	5	548	24	25	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17567155--17567603	159	2.8	160	80	5	464	18	25	30	24	1.98
17567575--17567627	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
17568440--17568492	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17568793--17569203	184	2.2	183	81	4	470	19	26	28	25	1.99
17569655--17569707	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
17569547--17569907	196	1.8	196	86	3	521	21	26	27	24	1.99
17569851--17569903	26	2.0	26	88	0	79	28	20	20	30	1.98
17571816--17571867	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
17572025--17572077	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
17572090--17572391	158	1.9	158	83	4	394	17	25	32	24	1.97
17572367--17572419	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17573173--17573225	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17574230--17574282	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17574256--17574759	159	3.2	158	76	6	489	19	27	29	23	1.98
17574663--17575349	197	3.5	196	77	9	589	20	27	27	23	1.99
17575140--17575191	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
17575483--17575561	26	3.0	26	94	3	133	27	24	18	29	1.98
17576206--17576255	26	1.9	26	91	0	82	26	30	18	26	1.98
17576266--17577746	159	9.1	159	70	10	748	19	27	29	22	1.98
17576180--17577235	500	2.1	502	82	3	1270	20	27	28	22	1.99
17576733--17577542	318	2.6	316	82	3	932	19	26	30	23	1.98
17577905--17578472	168	3.3	170	79	5	522	22	27	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17578055--17578475	171	2.5	167	79	5	452	22	28	28	20	1.99
17578573--17578625	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
17578075--17579652	524	3.1	514	80	5	1694	20	27	28	22	1.99
17579161--17579624	159	2.9	157	76	5	425	18	26	31	23	1.97
17579597--17579649	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
17581172--17581224	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
17581672--17581723	26	2.0	26	85	7	70	30	25	15	28	1.96
17582052--17582104	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17582396--17582446	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
17582604--17582656	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
17582947--17582999	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17583355--17583407	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
17583856--17583908	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17584052--17584104	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17584498--17584550	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17584707--17584759	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17585009--17585769	355	2.1	355	90	0	1180	21	27	28	22	1.99
17585937--17585987	26	1.9	27	88	11	79	23	27	19	29	1.98
17586395--17586447	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
17586763--17586815	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
17587487--17587539	26	2.0	26	88	0	79	32	26	16	24	1.97
17587577--17588016	159	2.8	157	78	6	422	18	27	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17587988--17588040	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17588204--17588275	26	2.8	25	87	8	108	27	25	18	29	1.98
17588657--17588685	11	2.6	11	100	0	58	31	31	17	20	1.96
17589324--17589812	158	3.1	157	77	6	495	19	27	29	23	1.98
17589946--17589998	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
17590112--17590471	157	2.3	157	79	6	363	19	25	30	25	1.98
17590654--17590706	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17590569--17591252	368	1.9	368	81	4	851	20	28	27	23	1.99
17591705--17591754	26	1.9	26	84	8	66	22	24	24	30	1.99
17591365--17591915	184	3.0	182	78	3	561	19	25	30	25	1.98
17591985--17592035	26	2.0	26	92	0	84	29	25	17	27	1.98
17593203--17593582	159	2.4	157	75	6	354	20	26	30	22	1.98
17593658--17593710	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17594377--17594429	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17595459--17595927	184	2.5	184	83	3	534	20	27	27	24	1.99
17596221--17596270	26	1.9	26	88	8	75	24	22	24	30	1.99
17596340--17596372	11	3.0	11	95	0	57	21	36	33	9	1.85
17597942--17597993	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
17599125--17599180	26	2.2	26	90	6	87	30	23	19	26	1.98
17599154--17599972	158	5.2	158	76	5	724	20	27	29	22	1.98
17598577--17599656	500	2.2	499	83	5	1338	19	27	29	23	1.98
17599165--17599973	317	2.5	313	81	6	903	20	27	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17600124--17600176	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17600518--17600570	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
17601155--17601182	13	2.2	13	100	0	56	0	39	32	28	1.57
17601252--17601736	158	3.1	156	72	7	429	20	26	29	23	1.98
17601720--17601771	26	2.0	25	88	3	77	30	21	19	28	1.97
17602442--17602494	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17602503--17602787	159	1.8	156	84	5	394	16	25	33	24	1.96
17602476--17602859	159	2.4	156	77	7	375	20	24	31	23	1.98
17602538--17602970	159	2.7	157	77	6	415	19	25	30	24	1.98
17603246--17603298	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
17609391--17609443	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
17609772--17609824	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
17609798--17610299	158	3.2	157	72	8	435	21	26	28	23	1.99
17610273--17610325	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
17610994--17611046	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17611060--17611522	159	2.9	155	77	7	455	19	27	30	22	1.98
17611020--17611521	158	3.2	155	76	7	479	20	27	29	22	1.99
17611495--17611573	26	3.0	26	92	0	122	30	22	17	29	1.97
17612909--17612961	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17614412--17614854	159	2.8	160	75	7	411	19	26	29	23	1.99
17613595--17615621	696	2.9	683	76	8	1917	21	26	28	23	1.99
17615876--17615928	26	2.0	26	85	7	72	30	24	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17616599--17616650	26	2.0	26	88	0	77	26	25	19	28	1.98
17616624--17616996	158	2.4	157	79	5	419	20	27	30	22	1.98
17617478--17617527	26	1.9	26	92	8	84	24	22	22	32	1.98
17618103--17618155	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
17618347--17618742	170	2.3	171	78	5	397	21	25	30	22	1.99
17618800--17618851	26	2.0	26	88	3	79	26	25	21	26	1.99
17618780--17619194	184	2.3	183	82	2	485	21	26	26	25	2.00
17619009--17619682	159	4.2	158	74	8	511	21	27	28	22	1.99
17619656--17619708	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
17620534--17620586	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402