genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  55  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10347796--10347846	26	2.0	26	96	0	93	27	19	29	23	1.98
10347989--10348039	26	2.0	26	88	7	77	29	13	25	31	1.94
10348712--10348762	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
10349837--10350761	159	5.8	156	73	9	540	22	30	28	19	1.98
10349838--10350600	317	2.4	316	80	3	816	23	29	27	19	1.98
10350588--10350619	12	2.7	12	90	0	55	6	37	28	28	1.81
10350430--10350773	170	2.0	170	84	2	449	21	33	27	17	1.96
10350799--10350854	26	2.2	26	90	0	85	25	16	26	32	1.96
10350942--10351355	197	2.1	196	88	1	596	23	28	27	20	1.99
10351274--10351785	159	3.2	156	75	7	503	23	29	27	19	1.98
10351274--10351852	158	3.7	156	74	8	479	24	29	27	19	1.98
10352150--10352201	26	2.0	25	85	10	70	28	21	21	28	1.98
10351992--10352359	183	2.0	183	80	6	415	24	28	26	20	1.99
10352175--10352572	159	2.5	158	78	4	426	22	27	30	19	1.98
10353536--10353587	25	2.0	26	92	3	88	26	21	25	26	1.99
10354259--10354311	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
10354284--10354715	159	2.7	158	75	5	413	23	29	28	18	1.98
10354759--10354811	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
10354568--10355227	355	1.8	360	80	8	804	23	29	26	20	1.99
10355126--10355178	26	2.0	26	82	7	63	30	20	20	28	1.98
10354568--10355280	367	2.0	354	80	6	806	23	29	26	20	1.99
10355151--10355932	171	4.7	165	72	10	483	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10355969--10356024	26	2.2	26	90	0	85	26	17	26	28	1.98
10356692--10356744	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
10356877--10357169	159	1.8	158	79	5	340	23	31	28	17	1.96
10357194--10357246	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
10358061--10358113	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
10357903--10358369	183	2.6	183	90	0	711	24	28	26	20	1.99
10358244--10358296	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
10359813--10359865	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
10367299--10367351	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
10367325--10367828	159	3.2	157	78	5	528	23	31	26	19	1.98
10374447--10374496	26	1.9	26	88	8	75	30	20	20	30	1.97
10374928--10374981	26	2.1	26	89	0	81	25	22	25	25	2.00
10375330--10375820	158	3.1	158	78	5	436	24	32	25	18	1.97
10375794--10375846	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
10375477--10376200	354	2.1	342	81	5	837	24	30	26	19	1.98
10376148--10376226	26	3.0	26	89	7	124	29	18	25	26	1.98
10375990--10376388	214	1.9	209	84	4	541	25	28	26	20	1.99
10376200--10376664	159	2.9	159	76	11	398	24	31	25	19	1.98
10377426--10377865	159	2.8	158	76	5	404	24	30	27	17	1.97
10377427--10377929	158	3.2	156	74	10	466	23	30	26	18	1.98
10377903--10377955	26	2.0	26	85	7	72	28	16	26	28	1.97
10378258--10378310	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10377723--10378412	355	1.9	354	82	3	841	23	29	26	19	1.98
10378100--10378468	184	2.0	184	81	1	434	23	29	25	21	1.99
10378283--10378646	158	2.3	158	78	4	392	23	29	26	21	1.99
10378283--10378714	159	2.7	158	76	4	413	23	29	26	19	1.98
10380161--10380694	158	3.4	158	77	5	524	23	31	26	19	1.98
10380668--10380717	26	1.9	26	95	0	91	30	20	24	26	1.98
10381424--10381916	159	3.1	156	71	9	406	24	27	27	20	1.99
10381890--10381942	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
10381730--10382161	196	2.3	191	79	9	479	24	29	26	19	1.98
10382086--10382138	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10381872--10382230	196	1.8	196	83	3	472	22	29	28	19	1.98
10382587--10382639	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
10383339--10383780	159	2.8	158	78	7	441	23	30	27	18	1.98
10383809--10383861	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
10384177--10384229	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
10384018--10384697	184	3.6	185	72	13	543	24	27	27	20	1.99
10385319--10385371	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
10385096--10385721	320	2.0	319	88	1	941	26	31	24	17	1.97
10385665--10386484	158	5.2	157	74	6	623	22	29	27	19	1.98
10385664--10386484	317	2.6	317	82	2	995	22	29	28	19	1.98
10386458--10386510	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
10387000--10387052	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10387380--10387432	26	2.0	26	85	0	70	30	18	22	28	1.98
10387563--10387615	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10387942--10387994	26	2.0	26	85	7	72	24	20	26	28	1.99
10389162--10389214	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
10389901--10389952	26	2.0	25	85	10	70	30	19	21	28	1.97
10390597--10390649	26	2.0	26	89	7	81	24	20	28	26	1.99
10390780--10390832	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
10391501--10391553	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
10391526--10391957	159	2.7	159	77	5	345	24	31	26	18	1.97
10392439--10392490	26	2.0	26	85	3	70	25	21	28	25	1.99
10392816--10392868	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
10393367--10393416	26	1.9	26	92	8	84	30	22	24	24	1.99
10392352--10393565	551	2.2	554	80	5	1464	23	29	27	20	1.99
10393301--10393850	285	1.9	285	83	2	719	20	30	27	22	1.98
10393677--10394139	159	2.9	158	82	3	525	22	32	28	16	1.96
10394153--10394205	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
10395379--10395431	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
10395404--10395766	158	2.3	158	80	4	392	23	30	25	20	1.98
10394876--10396002	501	2.2	502	83	3	1360	23	28	27	20	1.99
10396604--10396656	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
10396642--10397132	159	3.1	156	76	6	461	22	30	27	19	1.98
10397106--10397158	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10397867--10397919	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
10398569--10398621	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
10398865--10398917	26	2.0	26	88	0	79	32	20	20	26	1.98
10398890--10399335	158	2.8	156	74	7	380	25	30	25	18	1.98
10399365--10399417	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
10400554--10400606	26	2.0	26	89	7	81	26	16	24	32	1.97
10400921--10400973	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
10400946--10401392	159	2.8	159	78	2	459	23	28	27	20	1.99
10402689--10403088	158	2.5	158	77	7	411	25	27	26	20	1.99
10403162--10403214	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
10403542--10403594	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
10403111--10403659	197	2.9	184	77	10	590	23	28	26	21	1.99
10404265--10404317	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
10404753--10405159	185	2.2	184	82	4	491	24	26	25	23	2.00
10404974--10405468	159	3.1	159	72	11	370	25	28	25	21	1.99
10405450--10405502	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
10405396--10406030	185	3.4	183	80	5	672	22	28	26	22	1.99
10405634--10405686	26	2.0	26	88	0	79	26	20	28	24	1.99
10405314--10406030	184	3.9	182	80	4	715	23	27	26	22	1.99
10406321--10406373	26	2.0	26	88	0	79	24	13	28	33	1.93
10404789--10407296	871	2.9	866	85	4	3057	23	28	26	21	1.99
10406530--10406900	185	2.0	184	82	4	453	24	29	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10406706--10407143	159	2.8	156	76	5	421	23	30	28	18	1.97
10407191--10407243	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
10407914--10407966	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
10408820--10409221	159	2.5	156	78	4	421	23	28	28	19	1.98
10407913--10409409	684	2.2	689	82	4	1811	23	28	26	20	1.99
10408821--10409320	157	3.2	155	74	6	441	24	28	26	20	1.99
10409294--10409346	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
10410017--10410067	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
10410042--10410542	158	3.2	159	74	8	423	24	29	25	20	1.99
10410518--10410568	26	2.0	26	88	0	75	27	21	21	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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