genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.377.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  377  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34324063--34324115	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
34325279--34325331	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
34325397--34325807	159	2.6	159	77	5	438	19	27	28	23	1.99
34325781--34325832	25	2.0	26	89	10	81	26	21	21	30	1.98
34325622--34325993	185	2.0	185	81	6	441	21	25	28	25	1.99
34327373--34327425	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
34327399--34327793	159	2.5	158	80	4	456	20	27	31	20	1.97
34327873--34327925	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
34327707--34328085	185	2.0	184	82	3	465	22	25	27	24	2.00
34328242--34328294	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
34328718--34328770	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34329109--34329161	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
34329831--34329932	26	3.9	26	90	0	159	25	27	20	26	1.99
34329913--34330407	158	3.1	158	76	3	483	20	26	28	23	1.99
34330761--34330813	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
34330787--34331460	158	4.2	159	74	6	500	19	26	30	23	1.98
34331430--34331485	26	2.2	26	90	0	85	30	28	17	23	1.97
34330718--34331960	672	1.9	671	84	1	1682	20	27	29	23	1.98
34332778--34332828	26	2.0	26	88	7	77	31	21	17	29	1.96
34333514--34334008	159	3.1	158	78	4	460	19	27	29	23	1.98
34334770--34335178	159	2.6	158	84	2	507	18	26	29	25	1.98
34336378--34336430	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34336890--34336942	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
34337572--34337994	159	2.7	160	74	3	406	19	25	30	24	1.98
34338238--34338644	163	2.5	160	73	7	369	20	27	28	24	1.99
34339350--34339400	26	2.0	26	96	0	93	23	29	19	27	1.98
34339376--34339881	159	3.2	157	76	7	457	17	25	31	24	1.97
34340608--34341091	159	3.1	157	76	5	481	17	24	30	26	1.97
34341271--34341322	26	2.0	26	88	7	79	28	23	15	32	1.95
34340971--34341528	196	2.8	195	84	4	681	21	25	26	25	1.99
34341474--34341526	26	2.0	26	85	7	72	30	20	18	30	1.97
34342191--34342244	26	2.1	26	86	6	74	24	27	20	27	1.99
34342217--34342618	171	2.4	170	77	6	411	22	24	29	23	1.99
34342717--34342769	26	2.0	26	88	0	79	26	22	18	32	1.97
34343098--34343150	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
34343124--34343532	159	2.6	158	74	3	381	20	24	30	23	1.99
34343599--34343651	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
34343441--34343810	184	2.0	184	84	3	485	20	26	28	23	1.99
34344216--34344636	159	2.7	158	79	1	439	21	25	27	25	2.00
34344611--34344662	26	2.0	26	88	7	79	26	21	19	32	1.97
34345469--34345521	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
34345779--34345830	26	2.0	25	92	3	86	26	28	19	25	1.98
34346018--34346305	159	1.8	159	80	3	355	20	25	28	25	1.99
34346280--34346332	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34347001--34347053	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
34347552--34347604	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
34347736--34347788	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
34348617--34348668	26	2.0	26	85	7	70	28	23	21	26	1.99
34348776--34349555	286	2.8	275	79	6	852	23	24	29	22	1.99
34349737--34350083	184	1.9	182	82	2	435	20	25	29	24	1.99
34350240--34350292	26	2.0	26	88	0	79	28	20	20	30	1.98
34350341--34350799	159	3.0	153	75	10	434	18	25	30	25	1.98
34350916--34350968	26	2.0	26	82	7	63	32	24	18	24	1.97
34350942--34351901	159	6.1	158	72	7	583	20	26	28	24	1.99
34351324--34351938	310	2.0	315	82	7	770	20	26	27	25	1.99
34350942--34351901	468	2.0	472	83	2	1189	20	26	28	24	1.99
34351326--34351950	158	4.0	157	70	8	416	20	26	27	25	1.99
34352075--34352134	26	2.3	26	100	0	120	20	21	23	35	1.96
34352772--34352824	26	2.0	26	88	0	79	26	30	18	24	1.98
34353267--34353315	26	1.9	25	95	4	89	24	22	20	32	1.98
34353627--34353682	26	2.2	26	83	6	69	32	26	12	28	1.93
34354132--34354184	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
34354853--34354906	26	2.1	26	89	0	81	24	29	20	25	1.99
34356592--34356644	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
34356703--34356989	159	1.8	159	86	1	423	17	28	29	24	1.97
34357119--34357168	26	1.9	26	91	0	82	24	28	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34357960--34358397	158	2.8	158	77	5	429	18	28	29	24	1.98
34357820--34358391	317	1.8	310	84	4	770	17	27	29	25	1.98
34357897--34358430	159	3.4	159	75	4	529	18	27	30	23	1.98
34358549--34358600	26	2.0	26	88	7	79	28	23	17	30	1.97
34359033--34359082	26	1.9	26	88	8	75	26	22	22	30	1.99
34359733--34359785	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34360209--34360261	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
34360890--34361274	158	2.4	160	77	4	402	21	26	28	23	1.99
34360375--34361104	342	2.1	342	77	6	742	20	25	28	25	1.99
34360916--34361274	159	2.3	158	78	4	382	21	25	28	24	1.99
34361701--34362129	159	2.7	158	75	6	402	19	26	29	25	1.98
34362103--34362155	26	2.0	26	86	13	74	26	24	20	28	1.99
34362016--34362370	195	1.8	196	83	3	482	21	25	27	25	1.99
34362645--34362696	25	2.0	26	88	3	79	26	26	21	25	1.99
34362776--34363173	159	2.5	159	78	4	417	20	27	28	23	1.99
34362671--34363180	158	3.2	157	76	5	488	21	26	28	23	1.99
34363949--34364561	302	2.0	303	84	2	800	18	28	30	23	1.97
34364329--34364621	159	1.8	159	83	1	390	18	24	29	26	1.98
34364681--34364730	26	1.9	26	87	0	73	28	22	16	34	1.95
34364876--34364926	26	2.0	26	84	7	68	31	19	15	33	1.93
34364641--34365149	197	2.6	197	84	3	632	22	23	27	25	2.00
34365071--34365123	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34367323--34367373	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
34369584--34369627	21	2.1	21	95	0	79	15	31	22	29	1.95
34373483--34373536	26	2.0	27	82	10	67	31	22	16	29	1.96
34374060--34374112	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
34378496--34378548	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
34378877--34378929	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
34378765--34379529	355	2.2	356	82	4	934	20	27	27	23	1.99
34378654--34379529	356	2.4	355	79	7	978	20	27	28	23	1.99
34379732--34379788	26	2.2	26	84	6	71	29	21	15	33	1.94
34380353--34380406	26	2.1	26	89	0	81	25	18	27	27	1.98
34380552--34381001	196	2.3	196	82	3	539	25	27	24	22	2.00
34381079--34381435	159	2.3	159	80	6	395	22	29	26	20	1.98
34382140--34382192	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
34382642--34382694	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
34383522--34383574	26	2.0	26	88	0	79	22	15	30	32	1.94
34384233--34384285	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
34384361--34384704	158	2.2	158	79	5	379	22	29	27	20	1.98
34385119--34385171	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34384959--34385515	185	3.0	180	80	5	576	25	28	24	21	1.99
34385806--34385858	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
34386519--34386571	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
34386544--34386928	159	2.4	159	80	5	431	25	31	25	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34388642--34389098	158	2.9	157	79	3	497	21	29	29	20	1.98
34390661--34390713	26	2.0	26	88	0	79	30	20	22	26	1.98
34390687--34391180	158	3.1	154	74	7	436	25	31	24	18	1.97
34391880--34392824	159	6.0	158	75	5	704	23	29	27	18	1.98
34391776--34392853	317	3.4	316	81	3	1128	23	29	27	19	1.98
34392647--34393191	277	2.0	277	94	0	946	23	28	27	21	1.99
34393985--34394037	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34394169--34394221	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
34395222--34395274	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
34395248--34395743	159	3.1	158	75	7	448	23	29	26	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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