genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  184  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19889568--19890071	158	3.2	158	73	11	458	19	25	30	24	1.98
19890397--19890449	26	2.0	26	86	13	74	32	26	16	24	1.97
19890901--19890951	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
19891411--19891463	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19891797--19892121	160	2.0	161	87	4	469	40	17	12	30	1.86
19892337--19892993	158	4.1	157	79	6	615	19	26	30	23	1.98
19892719--19893037	171	1.9	171	84	5	430	18	25	32	23	1.97
19892717--19893102	171	2.3	170	81	6	424	18	25	32	23	1.97
19893243--19893530	159	1.8	158	84	5	393	18	29	29	22	1.97
19893650--19893702	26	2.0	26	82	13	65	32	24	15	28	1.95
19894150--19894202	26	2.0	26	82	7	63	30	22	16	30	1.96
19894346--19894398	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
19893993--19894583	184	3.2	181	79	9	616	22	26	27	24	2.00
19895241--19895293	26	2.0	26	82	7	63	26	24	20	28	1.99
19895584--19895636	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19895213--19896319	354	3.2	344	76	8	1057	19	26	30	23	1.98
19896581--19896605	11	2.3	11	100	0	50	28	24	32	16	1.96
19898207--19898502	159	1.9	156	82	3	369	16	30	30	23	1.96
19898619--19898670	26	2.0	25	85	10	70	26	26	21	25	1.99
19899120--19899172	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
19899672--19899724	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
19900054--19900106	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19900556--19900608	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
19901273--19901328	26	2.2	26	87	6	78	28	21	17	32	1.96
19901995--19902047	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
19902021--19902413	158	2.5	157	76	6	405	21	27	30	20	1.98
19902293--19902525	128	1.8	127	87	2	351	21	26	31	20	1.98
19902596--19902648	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
19902939--19902991	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
19903062--19903093	11	2.9	11	95	0	55	18	25	43	12	1.85
19903409--19903461	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19903788--19903840	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19903814--19904314	158	3.2	157	73	7	442	21	25	28	23	1.99
19904288--19904340	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19904497--19904549	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19905906--19905958	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19905744--19906287	183	3.0	182	80	3	570	20	27	29	22	1.99
19906089--19906141	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
19906432--19906483	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
19907654--19907706	26	2.0	26	85	0	70	28	22	20	28	1.99
19906812--19907839	513	2.0	513	93	1	1756	29	24	22	23	1.99
19907680--19908107	159	2.7	157	75	7	398	20	27	29	22	1.99
19908155--19908205	26	2.0	26	84	7	68	27	27	17	27	1.98
19909644--19909694	26	2.0	26	84	7	68	33	23	13	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19910010--19910062	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19910142--19910193	26	2.0	26	88	7	79	30	28	15	25	1.96
19909979--19910218	132	1.8	132	90	1	392	26	25	24	24	2.00
19910366--19910661	159	1.9	159	80	2	353	20	25	30	23	1.99
19910644--19910696	26	2.0	26	86	13	74	30	22	16	30	1.96
19910890--19910944	12	4.6	12	86	0	74	30	21	32	14	1.93
19910890--19910944	24	2.3	24	93	0	92	30	21	32	14	1.93
19911232--19911284	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
19912105--19912469	158	2.3	158	78	3	349	19	27	29	23	1.98
19912627--19913147	159	3.3	157	71	8	401	20	27	28	23	1.99
19912562--19913307	318	2.3	317	83	5	898	19	28	28	23	1.98
19912773--19913479	159	4.4	165	73	11	437	20	27	28	23	1.99
19913170--19913551	171	2.2	170	78	5	385	21	25	30	23	1.99
19913833--19913885	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19913618--19914054	196	2.2	196	82	4	517	21	24	28	24	1.99
19914356--19914408	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
19913803--19914892	509	2.1	513	83	4	1327	20	27	28	22	1.99
19914604--19914891	158	1.8	159	82	3	375	20	29	28	22	1.98
19915214--19915576	159	2.3	159	78	3	363	20	25	27	25	1.99
19918296--19918350	26	2.1	26	93	0	92	30	23	18	27	1.97
19918357--19918655	159	1.9	157	83	6	390	17	29	32	21	1.96
19919343--19919395	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19919366--19919868	158	3.2	159	76	5	385	20	27	29	22	1.99
19919842--19919893	25	2.0	26	89	10	81	26	25	19	28	1.98
19919868--19920265	171	2.3	167	78	5	429	22	25	29	22	1.99
19921075--19921574	159	3.2	154	74	7	434	20	26	29	23	1.99
19921548--19921600	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19922423--19922475	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
19923541--19924043	159	3.2	157	76	7	503	20	24	30	25	1.99
19924020--19924069	26	1.9	26	83	0	64	26	22	18	34	1.96
19928207--19928259	26	2.0	26	86	13	74	28	24	20	26	1.99
19928547--19928599	26	2.1	26	89	3	81	28	18	20	32	1.97
19929298--19929791	159	3.1	158	76	5	469	22	27	27	22	1.99
19929615--19930054	185	2.4	185	77	6	442	24	26	25	23	2.00
19930461--19930513	26	2.0	26	85	7	72	24	26	20	28	1.99
19937105--19937157	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
19937131--19937540	159	2.6	157	74	4	392	19	27	31	21	1.97
19937131--19937632	158	3.2	155	73	6	459	18	27	30	23	1.98
19937606--19937658	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
19938076--19938659	159	3.8	154	74	8	470	19	28	30	22	1.98
19938632--19938684	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
19939370--19939874	159	3.2	160	77	8	406	18	25	30	24	1.98
19940265--19940317	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
19940158--19940502	183	1.9	184	81	4	428	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19940828--19940880	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19940854--19941830	158	6.1	157	75	7	798	20	28	28	22	1.98
19940917--19941830	329	2.8	329	80	5	828	20	28	29	22	1.98
19942555--19943492	510	1.8	510	80	1	1117	20	27	28	23	1.99
19943130--19943641	159	3.2	158	70	8	394	20	26	29	23	1.99
19943747--19944078	170	1.9	170	79	6	368	21	26	28	22	1.99
19944333--19944385	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19944097--19944554	196	2.3	196	82	3	541	22	25	27	25	2.00
19944856--19944908	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
19944276--19945405	522	2.2	522	84	2	1473	20	27	28	23	1.99
19944882--19945270	171	2.3	167	77	6	406	21	28	28	21	1.99
19945117--19945404	158	1.8	159	81	3	357	19	27	28	24	1.99
19945712--19946089	159	2.4	159	78	2	391	20	27	27	24	1.99
19946063--19946115	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
19948804--19948861	26	2.2	26	93	3	98	27	24	20	27	1.99
19949856--19949908	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19949829--19950933	524	2.2	499	81	6	1218	21	26	28	24	1.99
19951628--19952128	160	3.2	157	78	6	487	21	27	28	21	1.99
19952102--19952154	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
19952983--19953035	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
19953708--19953760	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
19954100--19954602	159	3.2	159	73	5	410	21	25	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19953635--19955512	881	2.1	872	81	4	2210	20	27	28	23	1.99
19955457--19955509	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
19956177--19956229	26	2.0	26	85	0	70	30	26	15	28	1.96
19957374--19957426	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19956592--19957741	342	3.3	341	77	6	848	21	26	28	24	1.99
19957873--19957925	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
19964510--19964562	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
19964904--19965260	169	2.1	170	81	4	409	20	29	29	20	1.98
19965363--19965415	26	2.0	26	92	0	88	35	28	11	24	1.90
19965706--19965758	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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