genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  166  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18490233--18490283	26	2.0	26	92	7	86	27	25	19	27	1.99
18490583--18490636	26	2.1	26	85	0	72	27	29	18	24	1.98
18490233--18490883	343	1.9	343	82	5	813	20	27	30	21	1.98
18490320--18490953	343	1.8	342	83	3	826	19	27	30	22	1.98
18490768--18491113	158	2.2	158	77	5	340	19	26	30	23	1.98
18491087--18491139	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18491209--18491241	11	3.0	11	90	0	57	18	33	36	12	1.88
18491819--18491871	26	2.0	26	85	7	72	32	22	16	28	1.96
18491852--18492346	158	3.1	156	76	6	503	18	27	30	23	1.98
18492320--18492372	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18492728--18493227	158	3.2	156	77	8	499	20	27	29	22	1.98
18493201--18493253	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
18497401--18497453	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
18497427--18497928	158	3.2	156	77	5	499	19	27	30	22	1.98
18497490--18497961	158	3.0	158	78	5	531	18	28	30	22	1.97
18498086--18498138	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
18498112--18498422	159	2.0	158	82	5	387	18	28	31	21	1.97
18499592--18500052	159	2.9	156	76	8	468	18	28	31	21	1.97
18500382--18500434	26	2.0	26	88	0	79	32	26	16	24	1.97
18500428--18500907	158	3.0	156	79	4	550	18	28	31	21	1.97
18500881--18500933	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
18508891--18508943	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18508917--18509409	158	3.1	156	76	6	465	20	27	29	23	1.98
18509016--18509419	159	2.5	157	76	7	404	19	27	28	24	1.99
18509587--18509639	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18509820--18509850	12	2.6	12	94	0	53	29	25	38	6	1.81
18509613--18510223	329	1.9	329	82	2	789	19	25	31	23	1.98
18510783--18510835	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18510408--18511519	514	2.2	512	84	3	1443	19	26	29	24	1.98
18511297--18511349	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18511492--18511544	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
18511194--18511546	195	1.8	196	90	3	568	20	26	28	23	1.99
18512174--18512727	157	3.4	155	76	7	455	20	27	30	21	1.98
18512057--18512555	157	3.2	156	78	4	527	20	26	29	22	1.99
18512057--18512726	328	2.1	315	81	6	763	21	27	29	21	1.98
18512700--18512752	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
18511958--18513882	672	2.9	663	84	4	2400	20	27	29	23	1.99
18512811--18513268	158	2.9	157	76	5	456	19	26	29	24	1.99
18513373--18513424	26	2.0	26	92	0	86	26	30	17	25	1.97
18514577--18514629	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18514786--18514835	26	1.9	26	87	0	73	30	26	16	28	1.96
18515253--18515305	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
18515975--18516027	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
18516001--18516492	159	3.1	154	76	8	481	20	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18516475--18516527	26	2.0	26	92	0	88	24	20	18	35	1.95
18516843--18516895	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
18516389--18517446	368	2.9	355	82	4	1134	19	27	29	23	1.98
18517212--18517263	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
18517311--18517616	159	1.9	160	87	3	456	17	30	30	21	1.96
18517738--18517790	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
18518197--18518249	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18518405--18518457	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
18518696--18518746	26	2.0	26	88	7	77	29	25	13	31	1.94
18523108--18523160	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
18522949--18523316	184	2.0	185	86	1	515	20	24	29	25	1.99
18523476--18523528	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18523502--18523993	159	3.1	158	76	5	499	20	28	28	22	1.99
18523978--18524030	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
18524697--18524749	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
18524797--18525265	159	3.0	157	78	6	491	19	27	28	23	1.98
18525726--18525776	26	2.0	26	88	7	77	27	25	15	31	1.96
18526771--18526821	26	2.0	26	84	7	68	29	25	15	29	1.96
18527440--18527479	13	3.1	13	92	0	62	2	42	27	27	1.68
18527879--18527931	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
18528574--18528626	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
18529638--18530073	159	2.8	156	76	5	401	21	27	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18530196--18530972	158	4.8	161	75	8	494	20	27	29	22	1.98
18530361--18530974	158	3.9	159	77	4	524	20	27	28	23	1.99
18530144--18530972	317	2.6	321	80	4	893	20	27	29	22	1.99
18531638--18531693	26	2.2	26	83	0	67	30	28	17	23	1.97
18533036--18533088	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
18533233--18533283	26	2.0	26	96	0	93	31	27	15	25	1.96
18533257--18533789	157	3.4	157	74	7	479	19	25	31	23	1.98
18534115--18534413	158	1.9	159	81	4	363	18	25	32	24	1.97
18533062--18534426	669	2.0	669	81	4	1576	19	25	30	24	1.98
18535141--18535614	159	3.0	159	79	6	476	20	27	29	22	1.99
18535587--18535639	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18535428--18536361	184	5.0	183	74	12	742	20	26	28	23	1.99
18535955--18536007	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
18536139--18536191	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18536871--18537350	159	3.0	158	75	4	466	20	29	29	21	1.98
18538036--18538411	158	2.4	158	78	5	409	18	25	30	25	1.98
18537996--18538411	159	2.6	159	77	4	437	17	26	29	25	1.97
18538442--18538765	171	1.9	171	81	0	387	20	26	31	22	1.98
18538748--18538801	26	2.1	26	96	0	99	24	27	22	25	2.00
18539255--18539304	26	1.9	26	84	8	66	30	20	18	32	1.96
18540460--18540512	26	2.0	26	82	7	63	28	24	18	28	1.98
18540836--18540888	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18542777--18542829	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
18543120--18543169	26	1.9	26	95	0	91	26	24	20	30	1.98
18551173--18551225	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
18551536--18551588	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18551880--18551931	26	2.0	26	85	7	70	28	21	19	30	1.97
18552573--18552625	26	2.0	26	85	7	72	26	24	24	24	2.00
18552599--18553101	159	3.2	157	75	5	501	19	28	29	22	1.98
18553075--18553127	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
18552560--18553935	707	1.9	707	83	2	1778	20	26	29	22	1.98
18553782--18553834	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
18553978--18554030	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
18554100--18554136	11	3.4	11	96	0	65	27	27	24	21	1.99
18554724--18554774	26	2.0	26	96	0	93	23	29	19	27	1.98
18554750--18555249	159	3.2	158	78	4	535	19	29	30	21	1.97
18555223--18555275	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18555933--18555985	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18555858--18556561	183	3.7	183	77	13	688	19	27	28	24	1.99
18556508--18556560	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18556745--18557072	165	2.0	165	82	1	397	17	26	31	23	1.97
18557787--18557842	26	2.2	26	90	6	87	32	26	16	25	1.96
18558288--18558338	25	2.0	26	85	11	70	31	21	13	33	1.92
18558683--18558736	26	2.0	27	89	3	83	27	29	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18559036--18559086	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
18559244--18559296	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
18559322--18559612	159	1.8	158	82	6	374	18	27	30	23	1.98
18559588--18559638	26	2.0	26	88	7	77	31	25	13	29	1.94
18560008--18560060	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
18560243--18560535	158	1.8	158	81	5	358	20	24	29	25	1.99
18560351--18560914	196	3.0	184	75	9	539	22	25	28	23	1.99
18560705--18560757	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
18561149--18561201	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18561359--18561411	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402