genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  134  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16222129--16222628	158	3.2	155	75	7	443	23	30	26	20	1.98
16222637--16222689	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
16223017--16223072	26	2.2	26	87	6	78	30	17	21	30	1.96
16223202--16223254	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
16223881--16223931	26	2.0	26	84	7	68	31	13	25	29	1.94
16223907--16224407	158	3.2	157	81	4	542	23	31	27	17	1.97
16224381--16224433	26	2.0	26	88	0	79	22	20	28	28	1.99
16224064--16224805	355	2.1	343	83	5	900	23	30	26	19	1.98
16224736--16224787	25	2.0	26	92	3	88	25	23	25	26	2.00
16226098--16226862	157	4.8	155	71	10	443	23	30	27	19	1.98
16226923--16226975	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16228130--16228182	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
16229132--16229182	26	2.0	26	84	0	66	29	17	27	25	1.98
16230189--16230241	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
16230355--16230704	170	2.1	170	84	4	447	21	33	26	19	1.97
16231630--16232067	158	2.8	157	82	3	540	23	29	27	18	1.98
16231471--16232131	158	4.2	157	76	5	519	23	29	26	20	1.99
16232105--16232157	26	2.0	26	88	0	79	24	13	28	33	1.93
16232477--16232529	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
16232502--16232932	158	2.7	158	79	3	463	22	31	28	17	1.97
16239627--16239918	158	1.8	158	81	5	356	25	28	26	19	1.99
16239627--16239968	158	2.2	158	79	7	354	25	28	26	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16240065--16240117	26	2.0	26	85	0	70	26	13	28	32	1.93
16240445--16240497	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
16240470--16240971	158	3.2	155	71	9	406	24	28	26	20	1.99
16240945--16240997	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
16241648--16241700	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
16241673--16242142	159	3.0	159	80	4	520	22	31	27	17	1.97
16243391--16244122	158	4.6	157	73	8	468	23	28	28	19	1.98
16243391--16244134	315	2.4	316	82	3	883	23	29	27	18	1.98
16244557--16244609	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
16247334--16247377	11	4.0	10	91	5	52	13	36	29	20	1.91
16247631--16247683	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
16248155--16248207	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
16248668--16248718	26	2.0	26	88	0	75	27	17	25	29	1.98
16247482--16248788	524	2.5	518	79	5	1288	24	28	26	19	1.99
16249891--16249943	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16251016--16251068	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
16251884--16251936	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
16252394--16252446	26	2.0	26	92	7	90	28	20	22	28	1.99
16252238--16252601	181	2.0	179	82	6	430	23	28	26	20	1.99
16252895--16252944	26	1.9	26	84	8	66	26	16	32	26	1.96
16253056--16253169	59	1.9	59	94	0	201	23	22	24	28	1.99
16253135--16253187	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16253359--16253861	159	3.2	158	78	4	541	22	30	27	20	1.98
16253835--16253887	26	2.0	26	92	0	88	26	20	22	30	1.98
16255410--16255462	26	2.0	26	85	7	72	30	20	24	24	1.99
16257042--16257111	26	2.7	26	84	4	97	30	18	24	27	1.98
16257477--16257529	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
16257845--16257897	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
16258308--16258360	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16258688--16258740	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
16259698--16259750	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16260056--16260108	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
16260582--16260634	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
16260574--16260936	196	1.9	196	83	1	476	21	26	29	22	1.99
16261973--16262025	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
16262304--16262356	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
16263006--16263058	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
16263032--16263533	158	3.2	158	75	7	426	22	29	26	20	1.99
16263507--16263559	26	2.0	26	85	0	70	26	16	28	28	1.97
16263888--16263940	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
16263914--16264409	159	3.1	158	78	5	502	23	30	26	19	1.98
16264390--16264442	26	2.0	26	85	0	70	24	16	26	32	1.97
16264243--16264618	185	2.0	184	85	2	495	22	28	27	21	1.99
16264884--16264936	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16265778--16266071	159	1.9	158	80	6	344	24	28	24	21	1.99
16266245--16266300	26	2.1	27	87	9	80	25	17	26	30	1.97
16266966--16267017	26	2.0	26	89	10	81	28	21	23	26	1.99
16267673--16268174	158	3.2	157	77	6	494	23	28	26	21	1.99
16268148--16268200	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
16266991--16268240	684	1.8	675	82	5	1538	24	28	26	21	1.99
16268701--16268751	26	2.0	26	88	0	75	29	19	25	25	1.99
16268868--16269568	159	4.4	159	74	6	528	23	30	26	19	1.98
16269554--16269620	26	2.6	26	90	4	100	26	20	23	28	1.99
16270437--16270489	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
16271343--16271654	159	2.0	159	81	5	371	24	29	26	18	1.98
16272094--16272146	26	2.0	26	100	0	106	30	16	22	30	1.96
16272962--16273014	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16274016--16274068	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
16274368--16274419	26	2.0	26	88	7	79	30	17	23	28	1.97
16274394--16275213	159	5.2	159	75	6	653	22	29	27	20	1.99
16274393--16275216	317	2.6	316	83	4	957	22	29	27	20	1.99
16275899--16275948	26	1.9	26	88	8	75	32	18	20	30	1.96
16276119--16276618	159	3.2	158	73	7	431	23	29	26	20	1.98
16276974--16277026	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
16277475--16277527	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16278225--16278726	158	3.2	158	78	6	532	23	31	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16278700--16278751	25	2.0	25	85	10	70	26	21	25	26	1.99
16278197--16279278	501	2.2	501	83	4	1317	23	29	26	20	1.99
16279201--16279253	26	2.0	26	89	7	81	26	18	28	26	1.98
16279923--16279974	26	2.0	26	85	7	70	28	19	25	26	1.98
16280668--16280726	26	2.2	26	81	3	64	35	23	18	22	1.96
16281162--16281211	26	1.9	26	84	8	66	30	18	24	28	1.97
16281518--16281570	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
16282352--16282403	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
16282189--16282563	184	2.0	184	81	3	441	24	28	26	20	1.99
16283574--16283626	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
16284085--16284468	158	2.4	158	78	5	371	21	29	27	22	1.99
16284651--16284703	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
16285521--16285571	26	2.0	26	84	7	68	35	13	21	29	1.92
16286319--16286371	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
16287033--16287085	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
16287528--16288401	355	2.5	347	78	6	926	22	27	27	22	1.99
16288271--16288710	159	2.8	158	76	6	334	23	29	27	19	1.98
16288748--16288800	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16289688--16289737	26	1.9	26	95	0	91	28	18	26	28	1.98
16289884--16290219	158	2.1	158	80	4	381	21	29	28	20	1.98
16289503--16290625	513	2.2	513	79	5	1161	23	29	26	20	1.99
16290885--16290936	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16291090--16291141	26	2.0	26	88	0	77	28	19	21	30	1.97
16291276--16291328	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
16291618--16291670	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
16291584--16292122	196	2.9	183	79	7	537	24	26	26	22	2.00
16291782--16292122	184	1.9	184	83	4	456	24	26	26	22	2.00
16292682--16292732	26	2.0	26	88	0	75	29	13	29	27	1.94
16293051--16293128	26	3.0	26	92	3	122	30	19	21	28	1.97
16293261--16293313	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
16293405--16293786	157	2.4	157	82	3	437	22	30	26	20	1.99
16293760--16293812	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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