genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  256  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25070201--25070687	158	3.1	158	72	5	444	22	29	28	19	1.98
25070661--25070713	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25071013--25071065	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
25072249--25072301	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25072274--25072720	171	2.6	169	81	3	500	22	28	27	21	1.99
25072069--25073016	526	1.8	514	82	4	1211	22	28	27	21	1.99
25072595--25073562	343	2.7	352	81	6	1059	23	28	26	20	1.99
25073118--25073167	26	1.9	26	91	0	82	28	20	26	26	1.99
25072517--25073614	368	3.1	359	79	8	1157	23	28	27	20	1.99
25073486--25073538	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25073709--25073761	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25073868--25074385	158	3.2	157	79	8	586	21	29	28	20	1.98
25074026--25074370	171	2.0	170	84	0	447	20	30	28	20	1.97
25073734--25074419	329	2.1	328	82	2	847	22	29	27	21	1.99
25074393--25074445	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
25075129--25075181	26	2.0	26	92	0	88	30	20	26	22	1.98
25074135--25075250	368	3.0	366	80	4	1285	23	28	28	19	1.98
25075040--25075445	222	1.8	222	87	2	609	24	28	28	18	1.98
25076910--25076961	26	2.0	26	88	7	79	26	17	26	28	1.97
25076355--25077310	367	2.6	363	80	6	1027	23	28	26	21	1.99
25078544--25078596	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25079604--25079656	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25080826--25080878	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
25082109--25082161	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25082413--25082465	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25083161--25083658	158	3.2	155	73	7	434	23	31	26	19	1.98
25083632--25083684	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25083982--25084031	26	1.9	26	91	0	82	26	18	30	26	1.98
25083468--25084367	347	2.6	343	81	5	1044	23	28	27	20	1.99
25085541--25085593	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
25085909--25085961	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
25085363--25086364	368	2.7	366	84	2	1215	22	29	26	20	1.99
25085487--25086364	367	2.4	368	85	1	1163	23	29	26	20	1.99
25086276--25086328	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
25086140--25086487	185	1.9	184	85	4	486	24	30	25	19	1.98
25086302--25086803	158	3.2	157	78	5	537	24	31	25	18	1.98
25086777--25086829	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
25087143--25087195	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
25086583--25087613	367	2.8	363	81	4	1153	23	29	26	20	1.99
25088733--25088785	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
25088142--25088822	366	1.9	366	83	2	882	22	30	26	20	1.98
25089502--25089909	159	2.6	154	74	10	349	26	28	27	18	1.98
25090391--25090441	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
25090415--25090915	159	3.2	158	77	4	571	18	27	30	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25091612--25091664	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
25091638--25092139	158	3.2	157	74	8	469	19	26	30	23	1.98
25092113--25092191	26	3.0	26	88	3	115	27	22	20	29	1.98
25094071--25094123	26	2.0	26	85	0	70	32	24	18	24	1.97
25094160--25094517	159	2.3	158	80	3	380	20	27	29	22	1.99
25094908--25094960	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
25094629--25095511	367	2.5	355	81	5	981	20	26	29	24	1.99
25095278--25095327	26	1.9	26	95	0	91	24	28	22	26	1.99
25095772--25095825	26	2.1	26	85	0	72	29	25	18	25	1.98
25095257--25096354	498	2.2	497	83	2	1355	22	26	27	23	1.99
25096270--25096322	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
25096481--25096531	26	2.0	26	96	0	93	27	25	21	25	1.99
25097423--25097501	26	3.0	26	92	0	122	27	27	17	26	1.98
25097950--25098002	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
25098279--25098331	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
25098991--25099043	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
25098718--25100144	551	2.6	548	79	3	1585	21	26	27	24	2.00
25100815--25100866	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
25101309--25101358	26	1.9	26	87	0	73	24	20	20	36	1.95
25101498--25102383	343	2.5	342	78	7	904	20	26	28	23	1.99
25102527--25102579	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
25103261--25103311	26	2.0	26	92	0	84	25	27	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25103293--25103620	158	2.1	158	84	3	428	18	28	29	22	1.97
25103787--25103839	26	2.0	26	85	0	70	30	28	18	22	1.98
25103440--25105425	698	2.9	682	78	7	1819	20	26	28	24	1.99
25105170--25105222	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
25104828--25105393	184	3.0	184	76	10	484	20	25	28	25	1.99
25105515--25105567	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
25105541--25105972	159	2.7	158	76	6	426	18	28	31	22	1.97
25106745--25106797	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
25115353--25115405	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
25115850--25116174	159	2.1	158	82	4	395	24	30	24	20	1.98
25116196--25116248	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
25116408--25116858	195	2.3	194	82	3	514	26	27	23	21	1.99
25116770--25116825	26	2.2	26	87	6	78	30	17	21	30	1.96
25116795--25117169	158	2.4	157	78	6	400	25	28	26	19	1.99
25117269--25117321	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25118306--25118358	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
25118482--25119087	158	3.8	157	78	6	578	23	30	26	19	1.98
25118511--25119128	317	1.9	317	82	2	767	23	31	26	19	1.98
25119928--25119980	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
25120135--25120187	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
25120432--25120482	26	2.0	26	84	7	68	29	13	27	29	1.94
25120824--25121200	159	2.4	157	79	7	395	23	30	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25121300--25121352	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25121677--25121727	26	2.0	26	92	7	86	31	19	21	27	1.97
25122162--25122212	26	2.0	26	84	7	68	31	13	25	29	1.94
25122188--25122548	158	2.3	158	78	4	368	25	29	25	19	1.98
25122630--25123067	195	2.3	189	85	5	548	22	28	26	22	1.99
25122882--25123501	159	3.8	159	78	5	541	23	30	27	19	1.98
25123180--25123750	171	3.3	172	78	8	589	21	31	27	19	1.97
25123724--25123776	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
25124226--25124278	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25124264--25124588	158	2.1	159	82	1	393	24	31	24	18	1.98
25123527--25125859	501	4.6	505	72	14	1442	23	30	26	19	1.98
25124535--25124854	157	2.0	158	81	4	378	23	31	27	18	1.97
25124884--25124936	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
25127908--25127951	18	2.4	18	100	0	88	34	25	18	22	1.96
25132346--25132381	11	3.3	11	88	0	54	11	36	30	22	1.89
25132346--25132389	22	2.0	22	86	0	61	13	29	31	25	1.94
25132461--25132511	26	2.0	26	92	0	84	27	17	29	25	1.98
25132815--25132867	26	2.0	26	82	7	63	33	18	18	28	1.95
25133696--25133748	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
25134096--25134150	26	2.1	26	89	0	83	25	18	27	29	1.98
25134466--25134518	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
25134676--25134728	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25134711--25135004	158	1.9	158	79	5	335	25	30	26	17	1.97
25135176--25135228	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
25136373--25136423	26	2.0	26	84	0	66	25	19	25	29	1.99
25137255--25137306	26	2.0	26	96	0	95	25	17	26	30	1.97
25136937--25137908	336	2.9	336	82	2	1149	22	30	27	19	1.98
25137944--25137996	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
25137969--25138774	159	5.2	159	71	10	362	23	29	26	20	1.99
25138748--25138800	26	2.0	26	82	7	63	24	18	30	26	1.98
25139621--25139673	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25140354--25140405	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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