genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  120  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15199698--15200088	196	2.0	196	84	5	504	22	24	27	25	2.00
15200233--15200285	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
15200577--15200945	185	2.0	185	82	3	456	20	26	28	24	1.99
15201275--15201327	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
15201533--15201963	159	2.6	166	79	5	401	20	26	28	24	1.99
15202115--15202165	26	2.0	26	96	0	93	27	27	17	27	1.98
15202297--15202348	25	2.0	26	88	3	79	25	25	19	30	1.98
15202652--15203011	170	2.2	161	80	9	388	20	25	30	23	1.99
15202716--15203103	170	2.3	170	82	2	447	19	26	31	21	1.97
15203124--15203202	26	3.0	26	90	0	131	26	25	20	27	1.99
15204076--15204565	158	3.1	154	77	7	452	21	26	27	24	1.99
15204539--15204591	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15204846--15204898	26	2.0	26	85	7	72	32	24	15	28	1.95
15204872--15205304	159	2.7	157	77	6	453	21	25	28	24	1.99
15204879--15205364	158	3.1	157	76	6	487	20	25	29	25	1.99
15205184--15205552	184	2.0	185	82	3	449	20	24	28	26	1.99
15205715--15205766	25	2.0	26	92	3	88	28	23	21	26	1.99
15206215--15206267	26	2.0	26	82	7	63	28	20	18	32	1.97
15206567--15206619	26	2.0	26	85	0	70	24	28	22	24	2.00
15206910--15206962	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
15207634--15207686	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
15208094--15208145	26	2.0	25	89	10	79	26	23	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15208827--15208878	26	2.0	25	92	3	86	30	25	17	26	1.97
15209327--15209379	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
15210043--15210093	26	2.0	26	84	7	68	29	23	17	29	1.97
15210076--15210445	158	2.3	158	77	3	377	18	28	31	21	1.97
15212511--15212562	26	2.0	26	100	0	104	26	23	19	30	1.98
15213130--15213185	26	2.2	26	86	0	76	30	23	17	28	1.97
15213317--15213369	26	2.0	26	85	7	72	26	22	24	26	2.00
15213439--15213486	22	2.2	22	88	0	69	25	33	27	14	1.94
15213455--15213486	11	2.9	11	90	0	55	25	28	28	18	1.98
15213996--15214048	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
15214879--15214931	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15215669--15216076	159	2.6	158	80	4	426	18	29	29	22	1.98
15216051--15216103	26	2.0	26	89	7	81	24	20	22	32	1.98
15216248--15216300	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
15215943--15216459	184	2.7	198	79	6	519	20	26	28	24	1.99
15216310--15216776	159	2.9	159	79	4	496	18	27	30	23	1.98
15216282--15216775	158	3.1	156	78	5	490	18	27	30	23	1.98
15216749--15216801	26	2.0	26	85	7	72	24	22	20	32	1.98
15217942--15217994	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15217968--15218338	171	2.2	171	77	3	379	22	26	29	21	1.99
15218310--15218362	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15218812--15218864	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15219548--15219600	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
15219733--15219785	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
15218653--15220663	904	2.2	912	88	3	2996	25	24	24	25	2.00
15220452--15220504	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
15220953--15221005	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15221765--15222436	159	4.3	159	75	5	545	23	29	26	20	1.99
15221793--15222364	159	3.6	158	76	3	549	24	28	27	19	1.98
15222567--15222591	12	2.1	12	100	0	50	8	44	24	24	1.80
15222812--15223563	159	4.8	156	74	9	531	24	28	27	18	1.98
15222812--15223626	315	2.6	315	80	5	878	24	28	27	19	1.98
15223600--15223652	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
15224427--15224481	26	2.1	26	89	0	83	25	14	29	30	1.95
15223600--15225262	841	2.0	829	82	4	2000	24	27	27	20	1.99
15224834--15225270	159	2.8	158	76	4	434	23	28	27	20	1.99
15225308--15225360	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
15226018--15226070	26	2.0	26	89	7	81	30	15	24	30	1.95
15226361--15226413	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
15226016--15226667	342	1.9	344	84	3	877	22	28	29	19	1.98
15226386--15226887	158	3.2	157	78	5	510	21	31	28	18	1.97
15226386--15226823	158	2.8	159	82	2	517	21	30	30	17	1.96
15226861--15226913	26	2.0	26	85	0	70	22	20	28	28	1.99
15227666--15228099	158	2.7	159	77	7	468	23	29	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15228070--15228122	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
15228281--15228941	159	4.2	158	75	6	602	23	31	26	19	1.98
15228915--15228967	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
15229134--15229709	158	3.6	157	79	6	464	22	31	28	17	1.96
15227630--15229745	853	2.5	839	86	3	2794	22	30	27	19	1.98
15229780--15229832	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
15229815--15230042	123	1.9	123	83	1	305	26	28	27	17	1.97
15230239--15230291	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
15231030--15231081	25	2.0	26	92	3	88	30	23	21	25	1.99
15231064--15231557	159	3.1	159	79	4	523	21	30	28	19	1.97
15231531--15231583	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
15232278--15232904	157	4.0	157	80	2	612	22	31	27	18	1.97
15232911--15232963	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
15233269--15233321	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
15233114--15233481	183	2.0	182	82	7	451	24	26	25	23	2.00
15233300--15233794	157	3.1	158	74	8	400	23	28	26	21	1.99
15243026--15243078	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
15243915--15243966	26	2.0	25	85	10	70	30	21	23	25	1.99
15243940--15244547	158	3.8	157	74	9	504	22	29	27	19	1.98
15244585--15244637	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
15247119--15247170	27	1.9	27	84	0	68	34	21	34	9	1.86
15251572--15251624	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15251766--15251817	26	2.0	26	92	0	86	26	19	23	30	1.98
15252145--15252197	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
15253366--15253417	26	2.0	25	96	3	95	28	21	23	26	1.99
15253390--15253695	159	1.9	158	89	2	479	22	33	27	16	1.95
15253708--15253760	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
15253903--15253955	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
15254088--15254304	117	1.9	117	82	1	274	28	25	29	16	1.96
15255439--15255491	26	2.0	26	88	0	79	32	18	22	26	1.97
15255547--15256086	159	3.4	157	79	4	435	21	30	29	19	1.97
15256111--15256162	26	2.0	26	88	0	77	25	17	26	30	1.97
15256833--15256885	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
15257175--15257227	26	2.0	26	85	0	70	24	22	28	24	2.00
15257999--15258051	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
15258397--15258900	161	3.2	160	75	8	452	24	29	26	19	1.99
15258874--15258926	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
15259180--15259232	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
15259206--15259697	158	3.1	156	80	6	512	22	29	28	19	1.98
15260573--15260651	26	3.0	26	96	0	140	25	20	27	26	1.99
15261426--15261478	26	2.0	26	88	0	79	32	20	22	24	1.98
15261610--15261662	26	2.0	26	89	7	81	26	18	30	24	1.98
15262824--15262876	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
15263018--15263080	26	2.4	26	100	0	126	34	19	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15263535--15263587	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
15263902--15263952	26	2.0	26	92	7	86	29	21	21	27	1.99
15263514--15264195	367	1.9	366	81	4	845	24	28	26	20	1.99
15263732--15264122	196	2.0	196	86	0	548	25	29	24	19	1.99
15264076--15264514	158	2.8	158	78	6	406	23	27	28	20	1.99
15264572--15264622	26	2.0	26	92	0	84	27	17	25	29	1.98
15265074--15265421	173	2.0	173	84	2	448	25	27	25	21	1.99
15265773--15265825	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
15266492--15266544	26	2.0	26	96	0	97	30	20	20	28	1.98
15266517--15266858	158	2.2	158	80	8	376	23	28	26	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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