genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  133  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16140219--16140894	340	2.0	349	80	6	793	22	29	27	20	1.98
16140426--16140894	169	2.8	171	78	7	474	23	29	27	19	1.98
16140598--16141260	158	4.1	159	76	11	514	23	29	27	18	1.98
16141873--16141905	11	3.0	11	90	0	57	18	33	27	21	1.96
16142513--16142563	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
16142678--16143041	159	2.3	158	76	3	354	23	29	26	20	1.98
16143015--16143067	26	2.0	26	92	7	90	24	20	26	28	1.99
16143107--16143131	13	1.9	13	100	0	50	16	20	56	8	1.65
16143851--16143903	26	2.0	26	85	7	72	28	22	24	24	2.00
16144584--16144636	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
16145136--16145187	26	2.0	26	88	7	79	30	19	21	28	1.97
16145161--16145663	159	3.2	157	79	5	487	22	29	28	20	1.98
16147729--16147781	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
16150971--16151335	159	2.3	158	80	3	396	17	27	32	22	1.96
16151395--16151447	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16152738--16152770	11	3.0	11	90	0	57	18	30	36	15	1.91
16153348--16153403	26	2.2	26	93	0	94	28	25	19	26	1.99
16153377--16153899	158	3.3	158	77	6	520	18	26	30	23	1.98
16154019--16154074	26	2.2	26	86	0	76	30	25	16	28	1.96
16155582--16155634	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
16155708--16157076	159	8.5	157	73	9	683	20	27	29	22	1.98
16155615--16157076	318	4.6	315	75	8	1037	20	27	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16157157--16157181	13	1.9	13	100	0	50	12	40	16	32	1.84
16157220--16157271	25	2.0	26	88	3	79	28	26	17	26	1.97
16158296--16158348	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
16159006--16159055	26	1.9	26	91	0	82	24	28	20	28	1.99
16159703--16159755	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16160520--16160572	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16160556--16160937	158	2.4	158	78	6	421	20	25	31	23	1.98
16161020--16161072	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
16161200--16161252	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
16162100--16162593	158	3.1	156	72	4	416	20	26	30	23	1.98
16162567--16162619	26	2.0	26	89	7	81	32	18	18	30	1.96
16162472--16162835	195	1.9	196	84	5	504	20	26	29	23	1.99
16163107--16163156	26	1.9	26	88	8	75	26	24	18	32	1.97
16163669--16163720	26	2.0	26	92	0	86	28	21	19	30	1.97
16164207--16164259	26	2.0	26	96	0	97	28	18	20	32	1.97
16164754--16164803	26	1.9	26	88	8	75	24	26	20	30	1.98
16165307--16165359	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
16165667--16165719	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16165693--16166193	158	3.2	156	74	8	467	20	27	28	23	1.99
16166170--16166220	26	2.0	26	92	7	86	27	21	21	29	1.99
16166377--16166428	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
16166560--16166611	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16167324--16167821	159	3.1	158	80	5	522	19	27	29	23	1.98
16167793--16167845	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
16167988--16168040	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
16168331--16168382	26	2.0	25	88	3	77	26	23	21	28	1.99
16169038--16169089	26	2.0	26	88	3	79	26	25	21	26	1.99
16169294--16169589	158	1.9	157	83	4	364	19	28	28	23	1.99
16170497--16170549	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16171365--16171417	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16171562--16171613	26	2.0	26	92	0	86	32	28	13	25	1.93
16171325--16171701	197	1.9	197	82	2	479	21	26	26	24	1.99
16171714--16172090	158	2.4	160	80	5	453	21	27	28	22	1.99
16172064--16172114	26	2.0	26	92	7	86	31	23	15	29	1.95
16172403--16172455	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
16173337--16173732	159	2.5	158	76	4	438	22	26	29	21	1.99
16174072--16174702	159	4.0	158	76	7	580	19	26	31	23	1.98
16173902--16174670	318	2.4	316	83	5	944	18	26	30	24	1.98
16174695--16174726	12	2.7	12	95	0	55	37	31	25	6	1.81
16174540--16174877	183	1.8	183	84	7	463	19	26	31	22	1.98
16175162--16175215	26	2.1	26	93	6	92	25	25	20	27	1.99
16175480--16175961	195	2.5	195	83	3	614	21	26	27	24	1.99
16176265--16176315	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
16175702--16176813	524	2.1	523	86	1	1535	20	28	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16176970--16177021	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
16176995--16177495	159	3.2	156	75	7	404	20	26	27	25	1.99
16184256--16184594	158	2.1	159	78	3	351	17	27	30	23	1.97
16184601--16184653	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
16184798--16184850	26	2.0	26	85	7	72	32	20	16	30	1.95
16184506--16185021	197	2.6	196	86	2	728	21	28	28	21	1.98
16185178--16185230	26	2.0	26	85	0	70	30	28	15	26	1.96
16185204--16185633	159	2.7	156	73	5	369	20	28	29	21	1.98
16185678--16185730	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
16187069--16187121	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
16187135--16187914	158	4.9	158	78	2	758	17	28	31	22	1.97
16187095--16187905	317	2.6	317	80	4	873	18	28	31	22	1.97
16189112--16189239	26	4.9	25	84	5	148	27	25	19	28	1.99
16189112--16189239	52	2.5	52	82	5	168	27	25	19	28	1.99
16189216--16189616	159	2.5	159	75	4	398	19	25	32	22	1.97
16190523--16190888	158	2.3	158	81	6	418	19	27	30	22	1.98
16190366--16190886	159	3.3	157	78	6	525	19	27	29	23	1.98
16191056--16191107	26	2.0	25	92	3	86	26	21	23	28	1.99
16190754--16191277	196	2.7	195	88	1	755	21	27	27	23	1.99
16191830--16191882	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
16192563--16192615	26	2.0	26	88	0	79	33	20	16	28	1.95
16192589--16193017	159	2.7	157	75	9	422	20	25	30	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16192905--16193273	184	2.0	183	81	1	434	20	26	29	24	1.99
16193416--16193468	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
16193026--16193666	353	1.8	353	83	3	849	21	25	29	23	1.99
16193581--16193941	157	2.3	159	80	4	417	19	26	29	24	1.98
16201372--16201424	26	2.0	26	82	7	63	26	22	22	28	1.99
16201580--16201632	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
16201922--16201974	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
16202439--16202491	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
16203464--16204196	159	4.6	156	75	10	463	24	30	25	19	1.98
16205020--16205365	160	2.2	160	79	5	369	21	29	27	21	1.98
16205339--16205391	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16205574--16206072	159	3.2	154	74	6	378	21	28	28	22	1.99
16206046--16206098	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
16206978--16207028	26	2.0	26	88	7	77	29	19	21	29	1.98
16207004--16207434	159	2.7	158	78	5	458	22	27	29	20	1.98
16207865--16207917	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
16208273--16208325	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
16210988--16211040	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
16212873--16212925	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
16213504--16213528	11	2.3	11	100	0	50	16	40	24	20	1.91
16214301--16214353	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
16214326--16214788	159	2.9	158	75	6	346	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16214802--16214854	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
16219621--16219670	26	1.9	26	92	8	84	32	16	24	28	1.96
16219643--16220137	159	3.1	157	78	7	475	24	30	26	18	1.98
16220118--16220170	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
16220143--16220510	171	2.2	171	81	5	431	20	30	28	20	1.98
16220679--16221223	159	3.4	158	76	7	512	22	30	28	18	1.97
16221253--16221305	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
16221235--16221602	196	1.9	196	85	2	515	22	27	27	21	1.99
16221951--16222006	26	2.2	26	93	0	94	23	19	28	28	1.98
16220744--16222893	686	3.1	681	80	7	2374	22	29	27	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402