genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  185  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19966419--19966471	26	2.0	26	92	0	88	28	26	18	26	1.98
19967286--19967338	26	2.0	26	89	7	81	28	24	16	30	1.97
19967709--19968198	158	3.1	156	75	5	475	18	28	31	22	1.97
19969290--19969698	159	2.6	158	77	6	396	19	26	28	25	1.98
19969249--19969698	158	2.9	156	75	7	444	19	27	29	23	1.98
19970037--19970089	26	2.0	26	92	7	90	32	26	16	24	1.97
19970063--19970566	159	3.2	159	77	6	515	20	27	29	22	1.98
19971233--19971284	26	2.0	26	92	0	86	28	25	17	28	1.97
19972607--19972659	26	2.0	26	82	13	65	30	22	16	30	1.96
19973843--19973895	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
19973876--19974366	159	3.1	154	74	9	445	18	26	31	23	1.98
19974340--19974392	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
19974187--19974599	184	2.3	180	85	6	521	20	24	29	24	1.99
19974524--19974576	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19974903--19974955	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
19974929--19975429	158	3.2	157	76	6	485	20	26	29	23	1.99
19975405--19975454	26	2.0	25	88	4	73	30	18	18	34	1.94
19975954--19976006	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
19975345--19976369	539	1.9	543	82	3	1290	20	26	28	25	1.99
19977200--19977252	26	2.0	26	82	7	63	26	26	18	28	1.98
19977277--19977926	159	4.1	157	75	5	524	19	27	29	23	1.98
19979265--19979317	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19979291--19979795	159	3.2	157	77	4	521	19	26	29	23	1.98
19980464--19980516	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19980968--19981020	26	2.0	26	85	7	72	24	24	22	28	2.00
19981445--19982113	356	1.9	356	83	3	871	20	27	28	22	1.99
19981877--19982378	158	3.2	157	72	6	440	20	25	28	24	1.99
19982352--19982404	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
19983076--19983128	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
19983578--19983630	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
19983427--19983788	183	2.0	185	86	2	505	19	26	29	24	1.99
19983929--19983984	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
19983551--19984521	368	2.7	361	80	5	1054	20	25	29	23	1.99
19984236--19984261	13	2.0	13	100	0	52	0	46	30	23	1.53
19984326--19984828	159	3.2	159	75	9	407	20	25	29	23	1.99
19987917--19987969	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
19987467--19988628	342	3.3	343	78	7	945	19	27	29	23	1.98
19988423--19988787	157	2.3	159	78	5	398	18	26	29	25	1.98
19988759--19988811	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
19989492--19989544	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19989518--19990020	159	3.2	157	76	5	501	18	27	30	22	1.98
19989994--19990072	26	3.0	26	90	3	124	26	26	17	29	1.98
19990095--19990521	159	2.7	160	77	6	440	17	28	29	23	1.97
19990716--19991209	158	3.1	158	75	5	384	19	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19991034--19991584	197	2.9	184	79	8	577	19	26	30	23	1.98
19990099--19991946	698	2.6	694	82	2	2189	19	27	29	23	1.98
19993114--19993169	27	2.1	27	87	12	80	30	23	19	26	1.98
19993183--19993496	171	1.8	171	82	4	409	19	26	31	22	1.98
19993485--19993537	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
19993511--19994013	159	3.2	158	75	9	405	18	27	30	23	1.97
19993987--19994039	26	2.0	26	89	7	81	22	24	22	30	1.99
19994115--19994149	11	3.2	11	95	0	61	17	25	34	22	1.96
19994726--19994777	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
19999488--19999776	159	1.8	156	82	3	373	17	28	29	23	1.97
19999880--19999932	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
20000381--20000433	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20001315--20001367	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
20001815--20001867	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20002535--20002590	26	2.2	26	87	6	78	28	19	17	33	1.95
20003255--20003307	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20003281--20003683	158	2.5	157	77	7	445	21	27	31	20	1.98
20003552--20003793	129	1.9	129	87	1	360	22	26	30	20	1.98
20003857--20003909	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
20004200--20004252	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20004671--20004724	27	2.0	28	89	10	85	27	24	18	29	1.98
20005054--20005106	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20005761--20005813	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
20005945--20005997	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20007168--20007220	26	2.0	26	89	7	81	24	20	22	32	1.98
20007007--20007561	183	3.0	183	76	4	546	21	25	28	24	1.99
20007705--20007753	24	2.0	25	96	4	91	24	24	16	34	1.95
20008410--20008462	26	2.0	26	85	0	70	26	24	22	26	2.00
20008486--20008938	159	2.9	158	73	8	418	19	27	29	23	1.98
20008911--20008963	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
20009899--20009951	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20009925--20010320	159	2.5	156	78	4	400	20	26	31	21	1.98
20010401--20010451	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
20010765--20010817	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
20010897--20010948	26	2.0	26	88	7	79	30	28	15	25	1.96
20011029--20011424	159	2.5	159	80	3	449	18	26	31	24	1.97
20011398--20011450	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20011644--20011674	12	2.6	12	94	0	53	25	19	41	12	1.87
20011963--20012015	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
20012711--20013202	159	3.1	158	75	7	361	20	27	29	22	1.98
20013297--20013876	318	1.8	315	83	2	759	19	28	28	23	1.98
20013952--20014263	171	1.8	171	84	5	425	19	27	30	22	1.98
20013975--20014394	171	2.4	174	80	9	417	20	27	29	23	1.98
20014699--20014751	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20014849--20015357	159	3.0	167	73	10	455	19	28	29	22	1.98
20015909--20015961	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
20018621--20018678	26	2.2	26	93	3	98	27	24	20	27	1.99
20018687--20018996	159	2.0	158	84	4	410	18	28	31	22	1.97
20018969--20019020	26	2.0	26	88	7	79	28	25	15	30	1.96
20019673--20019725	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20019696--20020198	158	3.2	155	77	6	521	20	27	29	22	1.98
20020172--20020223	25	2.0	26	89	10	81	26	25	19	28	1.98
20020198--20020590	171	2.3	168	78	5	446	20	26	29	22	1.99
20019644--20020750	524	2.2	499	82	6	1292	20	27	28	23	1.99
20020696--20020748	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
20021446--20021944	158	3.2	156	76	6	472	20	27	30	22	1.98
20021918--20021970	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20022285--20022334	26	1.9	26	87	0	73	30	28	14	28	1.95
20022628--20022680	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20021675--20022995	343	3.8	343	79	5	1190	20	27	29	22	1.98
20023127--20023179	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
20029597--20029649	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
20029976--20030027	26	2.0	26	88	0	77	34	28	11	25	1.91
20030316--20030368	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20031029--20031081	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20031897--20031949	26	2.0	26	86	13	74	30	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20032327--20032840	158	3.3	159	77	3	453	18	27	31	22	1.97
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20034237--20034289	26	2.0	26	85	7	72	33	24	15	26	1.95
20034605--20034657	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
20034762--20035134	159	2.3	159	78	5	405	20	27	29	23	1.98
20035107--20035159	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20037018--20037070	26	2.0	26	85	7	72	24	24	18	32	1.97
20038256--20038308	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
20037821--20038475	367	1.8	354	81	5	819	20	28	28	22	1.99
20038724--20039150	184	2.3	187	84	6	531	19	25	29	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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