genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  182  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19737028--19737643	335	1.8	335	80	5	753	19	26	30	23	1.98
19739461--19739513	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
19737771--19740016	871	2.5	873	81	5	2469	20	26	28	23	1.99
19739959--19740014	26	2.2	26	93	0	94	26	23	19	30	1.98
19740686--19740738	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
19740850--19741145	158	1.9	158	80	4	346	20	23	30	25	1.99
19741167--19741218	26	2.0	26	88	7	79	26	21	19	32	1.97
19741540--19741592	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
19741735--19741787	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
19748360--19748411	26	1.9	26	88	7	77	34	28	13	23	1.92
19748421--19750365	158	12.2	159	71	9	976	19	27	30	22	1.98
19749522--19750336	316	2.6	317	86	2	1115	19	27	30	22	1.98
19750482--19750532	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
19750986--19751038	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
19751367--19751419	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
19751520--19751896	161	2.4	159	78	9	417	20	25	28	24	1.99
19751868--19751919	26	2.0	26	88	7	79	30	23	15	30	1.95
19750447--19752808	894	2.7	875	81	7	2491	20	26	28	24	1.99
19752259--19752311	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
19752424--19752785	156	2.3	157	79	5	383	18	22	31	27	1.97
19752757--19752808	26	2.0	26	85	7	70	26	25	19	28	1.98
19754687--19755068	158	2.4	159	79	4	405	18	25	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19759884--19759940	26	2.3	25	88	8	89	24	28	22	24	2.00
19759909--19760400	159	3.1	157	76	9	487	18	27	31	22	1.97
19761823--19761875	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19761849--19762689	158	5.2	158	76	9	601	20	27	30	21	1.98
19762663--19762715	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
19762725--19763191	158	3.0	156	80	3	513	16	27	32	23	1.96
19763230--19763927	171	3.9	172	72	12	494	20	27	30	22	1.98
19763545--19763597	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
19763126--19764528	368	3.8	367	80	7	1457	20	27	30	22	1.98
19763897--19763952	26	2.2	26	90	6	87	28	21	19	30	1.98
19763054--19764517	734	2.0	735	85	2	1969	20	27	30	22	1.98
19764305--19764806	158	3.2	157	79	5	512	18	26	31	23	1.97
19764779--19764831	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
19765653--19766029	159	2.4	160	80	4	413	19	27	30	22	1.98
19766001--19766053	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
19766367--19766419	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
19766448--19767516	159	6.8	157	75	7	755	18	28	30	22	1.97
19766393--19767198	318	2.5	314	84	2	990	18	28	30	22	1.98
19767090--19767382	146	2.0	145	81	4	340	17	28	30	23	1.97
19767489--19767567	26	3.0	26	85	7	115	27	26	18	26	1.98
19774868--19776000	158	7.2	158	77	3	1026	19	27	31	22	1.97
19774868--19776001	316	3.6	315	87	0	1489	19	27	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19775184--19776803	815	2.0	815	85	1	2190	19	27	30	22	1.98
19776000--19776834	158	5.3	158	79	3	867	19	28	30	21	1.98
19776000--19776814	316	2.6	316	86	1	1084	19	28	30	22	1.98
19776961--19777011	26	2.0	26	88	7	77	29	25	17	27	1.98
19777840--19777892	26	2.0	26	85	0	70	33	26	13	26	1.93
19778028--19778337	158	2.0	159	82	1	381	20	27	29	22	1.98
19778311--19778369	26	2.3	26	83	11	70	32	25	15	27	1.95
19777153--19778873	851	2.0	859	83	3	2169	21	27	27	23	1.99
19778703--19778755	26	2.0	26	88	0	79	33	28	13	24	1.93
19778867--19779231	158	2.3	159	79	4	405	17	23	31	27	1.97
19778785--19779230	159	2.8	157	76	6	425	17	25	30	25	1.97
19779325--19779357	11	3.0	11	91	8	50	18	36	36	9	1.82
19779932--19779985	27	2.0	26	89	10	83	31	24	16	27	1.96
19780288--19780337	26	1.9	26	87	0	73	30	30	14	26	1.94
19780320--19780707	159	2.4	158	76	5	397	18	25	33	23	1.97
19780789--19780841	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
19780998--19781049	26	2.0	25	82	10	61	30	21	17	30	1.96
19780237--19782077	710	2.6	707	79	4	1977	19	27	29	23	1.99
19782758--19783294	159	3.4	157	78	7	541	19	28	30	21	1.98
19783278--19783305	12	2.3	12	100	0	56	32	28	32	7	1.84
19783680--19783731	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
19783871--19784601	342	2.1	344	88	2	1085	19	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19785271--19785323	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
19785467--19785519	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
19785812--19785863	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
19785933--19785965	11	3.0	11	90	0	57	21	27	33	18	1.96
19787291--19787584	160	1.8	158	83	4	385	18	29	30	22	1.97
19787716--19787768	26	2.0	26	85	7	72	30	28	16	24	1.97
19787924--19787976	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19788622--19788674	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
19789370--19789448	26	3.0	26	96	0	140	32	26	11	29	1.91
19789462--19789765	159	1.9	158	80	7	348	18	27	31	22	1.97
19790584--19790635	26	2.0	26	88	7	79	26	21	19	32	1.97
19791676--19792090	159	2.6	157	75	7	388	20	26	30	22	1.98
19792195--19792246	26	2.0	26	92	3	88	28	25	21	25	1.99
19793793--19793845	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19793465--19794820	354	4.0	344	73	11	894	20	26	29	23	1.99
19793819--19794328	158	3.2	157	74	6	499	20	26	28	23	1.99
19794464--19794516	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
19794490--19794892	159	2.6	158	78	7	415	21	25	31	22	1.98
19793407--19794991	670	2.4	670	81	4	1832	20	26	28	23	1.99
19794627--19794990	158	2.3	159	79	6	380	19	24	30	25	1.98
19794964--19795016	26	2.0	26	92	0	88	32	22	13	32	1.92
19795161--19795213	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19795504--19795553	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
19796362--19796417	26	2.2	26	87	6	78	30	21	17	30	1.96
19796746--19796797	25	2.0	26	92	3	88	26	26	21	25	1.99
19797386--19797438	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
19798471--19798521	26	2.0	26	92	7	86	27	25	19	27	1.99
19798627--19798987	159	2.3	159	77	6	338	19	25	30	24	1.98
19798970--19799022	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
19799338--19799390	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
19800516--19800897	157	2.4	157	80	7	427	19	27	30	23	1.98
19800873--19800922	26	1.9	26	92	8	84	24	26	20	30	1.98
19801262--19801760	157	3.2	157	76	5	443	18	26	30	23	1.98
19801725--19801777	26	2.0	27	88	3	81	20	20	20	37	1.94
19801734--19801784	26	2.0	26	88	0	75	23	23	19	33	1.97
19802448--19802500	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
19802517--19802808	159	1.8	157	79	5	336	16	27	32	23	1.96
19802949--19803001	26	2.0	26	89	7	81	32	22	15	30	1.94
19802923--19804347	342	4.2	343	81	3	1510	20	27	28	23	1.99
19803635--19803687	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19803977--19804029	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
19802920--19804347	686	2.1	684	82	3	1726	20	27	28	23	1.99
19804122--19804507	159	2.4	160	75	8	374	18	24	30	26	1.98
19811078--19811128	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19811526--19811580	27	2.0	27	86	13	78	27	25	20	27	1.99
19812213--19812265	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
19814198--19814253	26	2.2	26	90	6	87	28	21	19	30	1.98
19814587--19814639	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19815573--19815622	26	1.9	26	88	8	75	28	24	18	30	1.97
19816309--19816361	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
19816810--19816862	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19817334--19817711	159	2.4	159	78	8	392	19	28	29	22	1.98
19818441--19818740	158	1.9	156	81	9	360	21	26	28	24	1.99
19818717--19818766	26	1.9	26	92	8	84	28	26	16	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402