genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  107  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14271488--14271862	184	2.0	184	83	2	477	22	26	27	23	2.00
14271757--14272523	318	2.4	323	81	8	852	19	26	29	23	1.98
14272849--14272901	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
14273215--14273267	26	2.0	26	92	0	88	30	22	16	30	1.96
14273717--14273769	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14274095--14274147	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14275088--14275126	9	4.3	9	96	0	69	2	35	41	20	1.66
14278271--14278310	17	2.4	17	95	0	71	5	40	12	42	1.64
14280941--14280993	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14281778--14281831	26	2.1	26	89	0	81	24	24	22	29	1.99
14281804--14282309	159	3.2	158	73	8	380	19	26	30	24	1.98
14282283--14282335	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
14281038--14283193	856	2.5	854	81	5	2411	20	27	29	22	1.99
14282635--14283165	159	3.4	158	79	8	537	19	27	29	23	1.98
14283139--14283191	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
14284111--14284741	342	1.8	343	81	2	784	20	26	29	23	1.99
14284438--14284731	158	1.9	157	80	3	349	17	26	31	23	1.97
14284875--14284923	26	1.9	25	88	12	73	24	22	20	32	1.98
14286335--14286829	159	3.1	156	76	8	448	19	27	30	22	1.98
14286379--14287540	513	2.3	512	83	3	1422	19	28	29	22	1.98
14287513--14287565	26	2.0	26	82	13	65	28	22	18	30	1.98
14288246--14288298	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14288272--14288772	158	3.2	157	73	8	460	20	27	29	23	1.99
14288747--14288798	26	2.0	26	85	7	70	28	23	17	30	1.97
14290136--14290188	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14291462--14291514	26	2.0	26	96	0	97	28	24	16	30	1.97
14291527--14291844	171	1.9	171	84	2	433	18	27	33	20	1.96
14291352--14292046	368	1.9	355	81	7	835	19	27	30	22	1.98
14293050--14293102	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14293716--14294094	159	2.4	160	78	4	390	20	28	28	22	1.98
14294066--14294118	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14294790--14294842	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14295840--14296182	159	2.2	159	82	2	402	21	25	28	24	1.99
14296156--14296208	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14295925--14296732	354	2.3	355	81	1	940	20	26	28	24	1.99
14298031--14298083	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14298292--14298595	159	1.9	158	81	2	367	19	24	30	25	1.98
14298740--14298792	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
14298410--14299354	365	2.6	350	75	10	849	20	24	29	24	1.99
14299590--14299642	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14300992--14301044	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
14301513--14301565	26	2.0	26	85	0	70	26	30	18	24	1.98
14301539--14302040	158	3.2	156	73	6	429	20	27	29	23	1.99
14302014--14302066	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14302847--14302898	26	2.0	26	92	7	88	30	21	19	28	1.97
14303226--14303278	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14303569--14303619	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
14304555--14304607	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14304581--14305082	158	3.2	157	78	6	537	18	27	30	23	1.98
14305056--14305108	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14304905--14305266	184	2.0	184	87	2	521	19	27	30	22	1.98
14305082--14305580	157	3.2	156	78	7	503	19	28	30	21	1.98
14305886--14306434	159	3.5	157	74	7	484	20	27	28	24	1.99
14306408--14306459	26	2.0	26	85	7	70	26	25	21	26	1.99
14306987--14307039	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14307683--14307735	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
14307935--14308430	159	3.1	158	75	8	389	18	27	30	23	1.98
14307871--14308844	514	1.9	501	82	3	1198	20	26	30	23	1.98
14308890--14308942	26	2.0	26	88	0	79	26	24	24	24	2.00
14308371--14309320	478	2.0	473	80	8	1057	20	25	30	23	1.99
14308916--14309745	317	2.6	320	80	5	915	19	26	30	23	1.98
14309173--14309745	158	3.6	157	74	6	510	18	26	30	25	1.98
14309719--14309771	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
14309935--14309987	26	2.0	26	88	0	79	30	24	20	24	1.99
14310276--14310328	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14311614--14311666	26	2.0	26	82	13	65	32	20	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14311984--14312036	26	2.0	26	81	0	61	30	26	18	24	1.98
14310390--14312402	871	2.3	878	80	4	2181	21	26	29	23	1.99
14312456--14312506	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
14314237--14314291	24	2.3	24	87	6	76	27	40	18	14	1.89
14315433--14315541	55	2.0	55	87	0	155	23	33	24	17	1.96
14318789--14318897	55	2.0	55	88	0	164	23	34	24	16	1.95
14319803--14320214	159	2.6	158	73	5	371	18	28	29	24	1.98
14320186--14320238	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
14320898--14320950	26	2.0	26	92	0	88	28	20	18	32	1.97
14321952--14322056	26	4.0	26	83	0	138	26	26	19	27	1.99
14321955--14322056	52	2.0	52	90	0	159	26	26	18	28	1.98
14322485--14322537	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
14323204--14323256	26	2.0	26	85	0	70	28	26	20	24	1.99
14324522--14324574	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
14324584--14325087	158	3.2	158	77	4	471	19	28	30	21	1.97
14324548--14325048	159	3.2	156	77	4	495	19	27	30	22	1.98
14325206--14325258	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
14326708--14326759	25	2.0	26	85	10	72	28	23	17	30	1.97
14327412--14327436	11	2.3	11	100	0	50	20	24	40	16	1.91
14330039--14330091	26	2.0	26	92	7	90	32	26	16	24	1.97
14330065--14330565	159	3.2	158	74	6	467	20	25	28	24	1.99
14330539--14330591	26	2.0	26	92	0	88	28	20	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14330937--14330989	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
14332177--14332229	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
14332203--14332705	158	3.2	158	78	3	535	19	27	30	23	1.98
14333400--14334354	159	6.2	154	73	9	639	19	27	29	24	1.98
14334326--14334378	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14335159--14335601	164	2.8	161	80	6	477	17	28	29	23	1.97
14335102--14335602	164	3.1	161	79	6	475	18	28	29	23	1.98
14337092--14337531	171	2.6	171	79	6	480	18	27	30	23	1.98
14337505--14337556	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
14338006--14338058	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14338722--14338773	26	2.0	26	88	3	79	26	26	21	25	1.99
14339416--14339468	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
14339512--14339944	159	2.7	160	79	6	423	19	27	29	24	1.98
14340784--14340836	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
14340981--14341033	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14341324--14341383	26	2.4	26	80	5	79	30	30	16	23	1.96
14341901--14342402	158	3.2	159	78	5	541	20	26	30	23	1.98
14343112--14343163	25	2.0	26	85	3	70	28	25	19	26	1.98
14343295--14343347	26	2.0	26	85	0	70	26	24	18	30	1.98
14344028--14344077	26	1.9	26	95	0	91	26	28	20	26	1.99
14343421--14344258	355	2.3	361	81	5	925	20	28	28	23	1.98
14344894--14344946	26	2.0	26	92	7	90	26	30	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14347083--14347134	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
14347569--14347621	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
14347690--14348097	159	2.6	159	81	7	452	19	30	27	22	1.98
14349297--14349348	26	2.0	26	88	0	77	28	26	19	25	1.98
14350359--14350414	26	2.2	26	90	0	85	28	25	21	25	1.99
14350496--14350872	155	2.4	157	80	6	433	18	27	30	23	1.98
14350844--14350895	26	2.0	25	96	3	95	26	19	21	32	1.97
14351356--14351408	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
14351553--14351605	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
14351767--14351820	21	2.6	21	94	2	92	16	25	42	14	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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