genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  176  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19262215--19262643	159	2.7	159	80	3	445	23	30	27	18	1.97
19262689--19262741	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
19262994--19263802	317	2.6	317	80	5	839	23	31	26	18	1.98
19262994--19263776	159	4.9	159	75	7	660	22	31	27	18	1.97
19269636--19270200	196	3.0	184	77	9	600	23	29	26	20	1.99
19270015--19270453	159	2.8	159	76	7	383	23	31	27	17	1.97
19270491--19270541	26	2.0	26	96	0	93	27	19	25	27	1.99
19270884--19271382	158	3.2	157	75	4	484	23	28	26	21	1.99
19271358--19271408	26	2.0	26	96	0	93	27	19	25	27	1.99
19269819--19271892	868	2.4	867	84	3	2642	23	29	26	20	1.99
19271566--19272428	196	4.4	194	79	3	836	24	27	25	22	2.00
19272324--19272376	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
19271566--19272479	392	2.3	392	80	3	1070	24	27	25	22	2.00
19273389--19273441	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
19274058--19274462	171	2.4	172	84	3	516	21	29	26	22	1.99
19274614--19274964	159	2.2	159	75	6	352	22	29	27	19	1.98
19274938--19274990	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
19275643--19276139	159	3.1	159	76	5	396	22	29	28	19	1.98
19276315--19276367	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19276110--19276462	196	1.8	196	88	2	548	23	28	28	20	1.99
19283203--19283254	26	2.0	26	96	0	95	28	19	23	28	1.98
19283227--19283667	159	2.8	158	80	3	528	24	31	27	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19284122--19284605	158	3.1	156	78	4	506	22	29	27	20	1.98
19285462--19285515	26	2.1	26	86	13	76	27	18	25	27	1.98
19286207--19286707	159	3.2	158	79	7	484	21	28	29	19	1.98
19286682--19286734	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
19287005--19287044	12	3.6	12	77	19	50	0	32	32	35	1.58
19287010--19287035	9	2.9	9	100	0	52	0	30	34	34	1.58
19287005--19287044	21	1.9	21	94	0	71	0	32	32	35	1.58
19287095--19287597	158	3.2	157	74	6	456	23	28	27	20	1.99
19287571--19287622	26	2.0	25	88	3	77	26	23	23	26	2.00
19288292--19288344	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19288317--19288719	158	2.6	158	80	3	481	25	29	26	17	1.98
19288793--19288843	26	2.0	26	88	7	77	29	15	27	27	1.96
19289201--19289597	159	2.5	157	78	5	417	24	29	28	17	1.97
19290294--19290344	26	2.0	26	100	0	102	31	15	23	29	1.95
19290807--19290858	26	2.0	26	88	0	77	28	17	23	30	1.97
19291528--19291580	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19292574--19292939	159	2.3	159	76	9	368	24	30	24	20	1.99
19292913--19292963	26	2.0	26	92	7	86	27	19	25	27	1.99
19293292--19293344	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
19294049--19294550	159	3.2	157	75	5	400	23	29	27	19	1.98
19294524--19294576	26	2.0	26	92	7	90	28	20	22	28	1.99
19295023--19295075	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19295733--19296179	221	2.0	220	88	0	669	28	14	19	36	1.92
19302291--19302343	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19302487--19302539	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19303049--19303392	159	2.2	158	79	2	366	22	29	28	20	1.98
19303366--19303417	25	2.0	26	92	3	88	23	21	28	26	1.99
19304087--19304138	26	2.0	25	88	3	77	30	23	19	26	1.98
19304111--19304559	158	2.8	156	80	6	415	22	30	26	20	1.98
19304598--19304650	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19304624--19305059	159	2.7	159	76	7	359	23	29	29	18	1.97
19305731--19305763	11	3.0	11	95	0	57	12	27	33	27	1.92
19306176--19306228	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19306888--19306943	26	2.2	26	87	6	78	28	17	23	30	1.97
19307255--19307307	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
19308161--19308212	26	2.0	26	92	0	86	25	17	25	32	1.97
19308405--19308896	158	3.1	156	74	9	431	25	30	24	19	1.98
19309399--19309739	159	2.2	157	84	5	445	22	29	29	19	1.98
19309713--19309764	26	2.0	26	88	7	79	26	17	28	26	1.97
19310779--19310831	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19310436--19311120	355	2.0	341	81	7	799	23	29	27	19	1.98
19311820--19311872	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
19312003--19312055	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
19312771--19312823	26	2.0	26	85	7	72	35	18	18	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19313373--19314343	159	6.0	158	75	7	745	21	30	28	19	1.98
19314561--19315000	158	2.8	158	78	5	458	24	29	27	18	1.98
19314561--19315013	159	2.9	158	77	6	468	23	29	27	18	1.98
19315060--19315112	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19314037--19315816	668	2.6	670	82	5	2093	22	29	27	19	1.98
19315232--19315754	158	3.3	153	72	10	428	22	31	26	19	1.98
19315728--19315779	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
19316121--19316173	26	2.0	26	89	7	81	33	20	18	26	1.96
19317365--19317964	159	3.8	156	76	6	582	22	29	29	19	1.98
19317997--19318047	26	2.0	26	88	0	75	27	15	25	31	1.96
19320113--19320165	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
19320493--19320545	26	2.0	26	96	0	97	28	20	22	28	1.99
19320657--19321015	158	2.3	158	75	7	352	25	30	24	20	1.98
19321893--19321955	26	2.4	26	97	0	117	23	22	28	25	1.99
19322064--19322519	159	2.7	171	76	10	490	22	30	26	21	1.99
19322184--19322582	159	2.5	158	79	6	387	23	30	24	22	1.99
19322909--19322961	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
19322702--19323033	183	1.8	183	82	2	434	27	25	25	21	2.00
19323057--19323535	170	2.9	170	79	6	425	23	29	26	20	1.99
19323243--19323636	158	2.5	158	79	4	391	25	30	23	20	1.98
19324091--19324143	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
19324472--19324524	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19324816--19324868	26	2.0	26	92	7	90	22	22	28	26	1.99
19323909--19325488	367	4.4	359	75	8	1219	23	29	26	19	1.98
19325015--19325397	196	1.9	196	85	1	516	24	28	25	21	1.99
19325360--19325882	159	3.3	159	79	3	462	21	30	28	19	1.98
19325856--19325908	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
19326603--19326655	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
19327482--19327534	26	2.0	26	85	7	72	32	15	24	28	1.95
19327462--19327773	173	1.8	173	91	0	516	27	27	26	18	1.98
19327680--19328083	158	2.6	159	75	8	385	26	29	26	17	1.97
19328155--19328207	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
19328181--19328721	171	3.2	169	83	7	576	24	31	25	19	1.98
19328490--19329024	159	3.4	159	75	4	407	23	29	25	20	1.99
19328998--19329050	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
19329756--19329806	26	2.0	26	84	0	66	27	17	27	27	1.98
19330281--19330359	26	3.0	26	94	0	140	25	20	27	26	1.99
19330689--19330741	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19330717--19331125	159	2.6	159	81	4	457	25	28	26	19	1.99
19332687--19332739	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19332452--19332826	196	1.9	196	86	1	527	23	30	26	19	1.98
19333073--19333097	13	1.9	13	100	0	50	44	32	0	24	1.54
19338872--19338924	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
19339595--19339646	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19339619--19340065	159	2.8	158	81	3	558	23	30	27	17	1.97
19340500--19340882	159	2.4	159	78	3	394	22	28	27	20	1.99
19340500--19341000	158	3.2	155	75	7	413	22	28	27	20	1.99
19341672--19341729	26	2.3	25	77	19	66	31	18	22	27	1.97
19341858--19341911	26	2.1	26	89	6	83	25	18	27	27	1.98
19342577--19342629	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19342602--19343103	159	3.2	158	79	5	449	21	29	30	19	1.97
19343077--19343129	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
19342767--19343801	355	3.0	348	82	6	1167	21	30	28	19	1.97
19343432--19343484	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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