genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  181  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19652497--19652836	158	2.2	158	78	5	355	18	28	29	23	1.98
19652971--19653023	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
19653730--19654113	159	2.4	158	76	7	400	20	28	29	20	1.98
19654206--19654258	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
19654575--19654626	25	2.0	26	88	3	79	26	23	21	28	1.99
19654607--19655092	158	3.1	158	77	2	382	20	26	29	23	1.99
19655457--19655507	26	2.0	26	84	7	68	33	23	11	31	1.91
19653667--19655666	870	2.3	866	81	4	2289	21	26	27	23	1.99
19655798--19655850	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
19661400--19661437	8	4.8	8	100	0	76	23	36	13	26	1.91
19662906--19662958	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
19663071--19663433	158	2.3	158	81	4	428	21	26	27	24	1.99
19663773--19663825	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19663799--19664300	158	3.2	158	75	3	391	20	26	28	23	1.99
19664363--19665129	316	2.4	317	82	3	898	19	27	29	23	1.98
19664362--19665129	159	4.8	158	75	6	556	19	27	29	23	1.98
19666194--19666245	26	2.0	26	85	7	70	28	25	17	28	1.97
19666525--19666577	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
19667248--19667300	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
19667350--19667803	158	2.9	159	74	6	443	19	28	28	22	1.98
19668406--19668467	26	2.5	26	82	10	76	29	24	19	27	1.98
19671146--19671172	13	2.1	13	100	0	54	14	51	18	14	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19671895--19671947	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
19672675--19672985	158	2.0	158	82	3	376	18	28	30	22	1.97
19672958--19673009	26	2.0	25	92	3	86	26	21	21	30	1.98
19673337--19673389	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
19673401--19673495	45	2.1	46	88	2	138	25	22	41	11	1.87
19679704--19679756	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19680437--19680489	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
19681306--19681358	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
19681332--19681716	159	2.4	157	72	5	342	20	28	30	21	1.98
19682358--19682410	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
19682384--19682876	158	3.1	155	74	9	474	19	27	29	22	1.98
19682859--19682911	26	2.0	26	85	7	72	32	22	16	28	1.96
19682765--19683464	355	1.9	354	81	4	819	19	27	30	22	1.98
19683283--19683756	159	3.0	159	76	6	456	19	28	30	21	1.98
19684482--19684852	159	2.3	157	78	6	399	20	28	29	21	1.98
19684963--19685015	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
19684792--19685382	197	3.0	195	83	1	743	20	26	29	23	1.99
19685160--19685212	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19685547--19685617	26	2.7	26	100	0	142	26	28	15	29	1.96
19685975--19686341	195	1.9	197	86	2	533	21	26	28	24	1.99
19686262--19686314	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19692616--19693168	158	3.5	158	73	7	467	18	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19699131--19699181	26	2.0	26	96	0	93	25	29	19	25	1.99
19699295--19699661	159	2.3	159	80	5	409	20	26	28	23	1.99
19699633--19699685	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
19699709--19699741	12	2.8	12	95	0	57	42	24	27	6	1.78
19700104--19700458	158	2.2	158	80	6	375	18	27	32	21	1.97
19701378--19701429	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
19701444--19701906	159	2.9	158	75	4	374	19	26	30	23	1.98
19702234--19702286	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19703083--19703135	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
19702673--19703316	352	1.9	338	82	5	797	20	28	29	22	1.98
19703248--19703643	159	2.5	156	75	8	370	19	24	30	25	1.99
19703755--19703807	26	2.0	26	85	7	72	32	30	13	24	1.93
19704101--19704150	26	1.9	26	91	0	82	26	26	20	28	1.99
19703571--19704309	343	2.1	348	81	5	816	20	26	29	24	1.99
19704945--19704997	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
19705446--19705498	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
19708016--19708068	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
19708042--19708928	318	2.8	315	78	4	965	20	26	30	23	1.98
19708097--19708940	159	5.3	159	75	5	650	19	26	30	23	1.98
19708937--19708989	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
19709810--19709862	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
19709909--19710339	159	2.7	159	75	5	375	18	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19711037--19711086	26	1.9	26	91	0	82	24	30	20	26	1.98
19711217--19711269	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
19711938--19711987	26	1.9	26	88	8	75	24	28	20	28	1.99
19712118--19712170	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
19710156--19713946	902	4.2	902	92	1	5961	25	24	24	26	2.00
19713741--19713793	26	2.0	26	89	7	81	26	28	22	22	1.99
19714234--19714286	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
19714666--19715128	158	2.9	157	75	5	468	18	26	31	23	1.97
19715102--19715154	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
19715861--19716352	159	3.1	158	76	4	497	19	28	28	22	1.98
19716516--19716573	26	2.2	26	81	3	62	25	22	20	31	1.98
19716177--19716581	185	2.2	185	87	1	589	21	25	27	25	1.99
19717057--19717109	26	2.0	26	85	7	72	33	26	13	26	1.93
19716646--19717426	343	2.3	340	82	3	915	21	27	27	23	1.99
19717122--19717586	158	2.9	159	77	5	422	19	26	30	24	1.98
19717558--19717610	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
19718181--19718529	158	2.2	157	80	6	384	20	27	29	23	1.98
19718503--19718555	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
19718844--19718896	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19718462--19719078	329	1.8	329	82	8	778	21	27	29	22	1.99
19719009--19719374	159	2.3	160	80	8	417	18	25	30	25	1.98
19719346--19719397	26	2.0	26	89	10	81	26	23	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19720068--19720120	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
19720409--19720461	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
19720603--19720658	26	2.2	26	83	0	67	33	21	17	26	1.96
19720949--19721001	26	2.0	26	85	7	72	28	22	16	32	1.96
19721681--19721732	26	2.0	26	85	7	70	30	23	19	26	1.98
19722385--19722440	26	2.2	26	90	0	85	26	25	21	26	1.99
19722889--19722941	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
19724084--19724139	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
19724113--19724655	158	3.4	158	78	8	561	19	27	31	21	1.97
19724636--19724667	12	2.7	12	95	0	55	34	31	31	3	1.73
19724524--19725459	159	5.5	169	72	12	459	19	27	30	22	1.98
19724992--19725459	159	2.9	159	80	3	487	18	28	30	22	1.97
19725432--19725484	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19726164--19726216	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
19726506--19726558	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
19726594--19726920	158	2.1	158	80	3	354	18	28	30	22	1.98
19727031--19727083	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
19726190--19727585	513	2.7	508	77	7	1250	19	26	29	23	1.98
19727057--19727558	158	3.2	157	74	5	472	19	26	30	23	1.98
19727532--19727584	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
19732008--19732060	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
19732128--19732534	159	2.6	159	75	3	399	17	28	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19732888--19732940	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
19732469--19733191	368	1.9	376	82	5	903	21	26	29	22	1.99
19733240--19733295	26	2.2	26	90	0	85	26	25	19	28	1.99
19733704--19734103	157	2.5	157	81	3	446	18	26	29	25	1.98
19734077--19734129	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
19735311--19735363	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
19735678--19735730	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
19735293--19736042	338	2.1	354	79	8	773	20	26	29	23	1.99
19735701--19736495	318	2.5	315	80	4	847	19	27	29	23	1.98
19736821--19736899	26	3.0	26	85	7	115	29	25	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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