genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.372.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  372  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33894021--33894079	26	2.3	26	86	11	79	33	25	15	25	1.95
33893546--33894255	355	2.0	353	81	5	839	20	26	29	22	1.99
33894930--33894982	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
33895094--33895459	159	2.3	158	80	7	377	21	26	28	23	1.99
33895429--33895484	26	2.2	26	83	6	69	30	23	17	28	1.97
33900892--33900944	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33901761--33901813	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33901830--33902129	159	1.9	158	81	2	368	21	27	28	23	1.99
33902104--33902156	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
33902472--33902524	26	2.0	26	85	7	72	30	24	20	24	1.99
33901376--33902763	711	2.0	710	83	1	1753	21	25	29	24	1.99
33903450--33903500	26	2.0	26	84	7	68	31	25	17	25	1.97
33903947--33904002	26	2.2	26	84	12	71	32	23	14	30	1.94
33904039--33904485	157	2.8	154	78	9	408	21	29	28	21	1.98
33904838--33904890	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
33905554--33905606	26	2.0	26	85	0	70	28	28	16	26	1.97
33905712--33906077	158	2.3	158	80	4	405	20	26	28	24	1.99
33906050--33906102	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
33906523--33906575	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
33907360--33907626	147	1.8	146	82	3	340	23	22	27	25	2.00
33908057--33908109	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33907645--33908295	354	1.8	359	85	5	929	19	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33908558--33908610	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
33908937--33908989	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
33907671--33909262	880	1.8	866	83	4	2093	20	26	28	24	1.99
33909561--33909613	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
33911037--33911092	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
33911521--33911573	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
33912789--33912841	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
33913131--33913183	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
33913500--33913550	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
33912748--33913869	356	3.2	350	75	10	987	20	26	28	24	1.99
33914005--33914055	26	2.0	26	85	11	70	23	17	19	39	1.92
33914751--33915085	158	2.1	158	84	3	424	20	26	29	24	1.99
33915059--33915111	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33915779--33915831	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33916147--33916199	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33915738--33916433	367	1.9	368	83	2	907	20	25	30	24	1.99
33918317--33918369	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
33919042--33919094	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33919543--33919595	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
33921613--33921665	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33922114--33922166	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
33923642--33923694	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33923972--33924435	159	2.9	156	78	6	452	22	31	28	17	1.97
33925956--33926528	158	3.6	159	74	9	413	26	28	25	19	1.99
33926693--33926745	26	2.0	26	96	0	97	22	18	30	28	1.98
33927316--33927368	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
33927342--33927676	158	2.1	157	81	3	368	25	27	25	21	2.00
33928381--33928433	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33928707--33928759	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
33929429--33929481	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33929627--33930204	159	3.7	157	72	9	431	23	30	27	18	1.98
33929454--33930195	316	2.3	319	81	3	857	23	29	27	19	1.98
33930092--33930461	184	2.0	184	82	3	440	24	27	25	21	1.99
33930277--33930776	158	3.2	157	75	5	481	22	27	27	22	1.99
33930750--33930802	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
33931488--33931845	154	2.3	156	79	7	386	24	29	26	19	1.98
33931960--33932010	26	2.0	26	88	0	75	29	17	27	25	1.98
33933176--33933227	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
33933518--33933808	157	1.8	159	81	4	365	28	25	24	21	1.99
33933529--33934411	159	5.6	159	73	5	534	23	28	27	20	1.99
33933529--33934675	317	3.6	314	79	6	1060	23	28	26	21	1.99
33934649--33934701	26	2.0	26	85	7	72	28	24	22	24	2.00
33934494--33934849	184	1.9	184	81	3	421	25	28	25	21	1.99
33935674--33936043	184	2.0	184	80	5	417	25	28	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33935647--33936917	500	2.5	498	81	2	1472	24	28	26	20	1.99
33936359--33936766	159	2.6	157	77	3	410	23	29	27	18	1.98
33937200--33937252	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
33938426--33938478	26	2.0	26	85	7	72	30	18	26	24	1.98
33937970--33938610	321	2.0	320	81	2	757	22	29	26	20	1.99
33938623--33938675	26	2.0	26	82	13	65	30	16	22	30	1.96
33944810--33944862	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
33945567--33945858	159	1.8	159	84	1	397	24	31	26	17	1.97
33945556--33945956	159	2.5	159	77	4	387	24	29	26	18	1.98
33946298--33946746	146	2.9	152	72	13	357	24	29	26	20	1.99
33946203--33946814	305	2.0	305	81	3	714	24	28	27	19	1.98
33948044--33948096	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
33948608--33948660	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33948634--33949125	159	3.1	157	79	6	487	24	28	26	20	1.99
33949464--33949516	26	2.0	26	85	0	70	26	16	28	28	1.97
33948911--33949589	355	1.9	354	81	3	810	25	27	26	20	1.99
33949659--33949711	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33949441--33949807	195	1.9	197	84	4	492	23	26	27	22	2.00
33949685--33950293	317	1.9	317	81	4	728	22	30	26	19	1.98
33950319--33950371	26	2.0	26	82	7	63	26	18	26	28	1.98
33950674--33950729	26	2.2	26	93	0	94	25	17	26	30	1.97
33950137--33950799	355	1.9	355	83	3	861	23	29	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33951581--33951630	26	1.9	26	91	0	82	30	18	26	26	1.98
33951395--33951789	184	2.1	184	87	1	569	24	26	26	22	2.00
33951607--33952105	158	3.2	155	75	6	459	24	29	27	19	1.98
33952079--33952131	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
33953295--33953344	26	1.9	26	91	0	82	26	16	26	32	1.96
33953807--33953859	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
33954175--33954227	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
33954909--33954960	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
33956338--33956742	158	2.6	159	84	3	478	26	28	25	19	1.98
33956962--33957014	26	2.0	26	85	0	70	28	15	24	32	1.95
33957169--33957512	159	2.2	158	80	4	372	22	28	27	21	1.99
33957486--33957538	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33958688--33959604	456	2.0	456	99	0	1807	21	30	19	28	1.98
33963409--33963461	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
33963777--33963829	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
33966737--33966789	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
33968144--33968196	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33967984--33968436	185	2.4	191	80	7	519	24	28	25	21	1.99
33969530--33969979	159	2.8	158	75	5	446	23	28	26	20	1.99
33971258--33971310	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
33971283--33971678	159	2.5	158	80	6	451	23	28	28	19	1.98
33971944--33971996	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33978571--33978623	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33978596--33979124	158	3.3	159	76	8	558	23	28	27	19	1.99
33978596--33979216	158	3.9	158	75	7	533	22	29	28	19	1.98
33979230--33979279	26	1.9	26	87	0	73	26	16	26	32	1.96
33978939--33979601	342	1.9	342	79	6	734	22	27	28	21	1.99
33980647--33980699	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
33980330--33981116	343	2.3	343	85	1	1049	24	27	27	20	1.99
33981723--33981772	26	1.9	26	92	8	84	30	20	24	26	1.98
33982614--33982968	158	2.2	158	79	4	401	25	29	26	19	1.98
33985913--33985965	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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