genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  153  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17620993--17621045	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
17621081--17621387	171	1.8	170	81	6	388	18	27	29	23	1.98
17621363--17621412	26	1.9	26	87	0	73	26	26	20	28	1.99
17621860--17621915	26	2.2	26	83	6	69	26	23	21	28	1.99
17622058--17622110	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17621791--17622354	195	2.8	196	82	5	636	22	26	27	23	2.00
17622434--17622789	158	2.2	158	79	7	373	20	26	30	23	1.99
17622763--17622815	26	2.0	26	85	7	72	24	22	22	30	1.99
17622587--17623092	273	1.9	273	84	4	680	22	24	28	24	2.00
17623431--17623932	158	3.2	156	77	6	499	18	27	31	22	1.97
17623855--17624244	196	2.0	197	84	3	509	19	29	27	23	1.98
17623320--17624637	705	1.9	698	82	4	1657	19	28	29	23	1.98
17624954--17625006	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
17625455--17625507	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
17625684--17625985	158	1.9	158	80	3	356	19	25	30	24	1.98
17624923--17626041	513	2.2	501	81	4	1296	20	25	29	24	1.99
17625545--17625994	159	2.8	159	77	5	412	19	26	29	24	1.98
17626179--17626229	26	2.0	26	88	0	75	29	19	19	31	1.97
17626374--17626425	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
17626141--17626512	197	1.9	197	86	1	530	20	29	27	22	1.99
17626400--17626901	158	3.2	157	74	7	417	19	27	30	23	1.98
17626874--17626926	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17627071--17627123	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
17628136--17628188	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
17629222--17629560	185	1.8	185	83	5	452	19	28	27	24	1.99
17630209--17630261	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17630242--17630629	159	2.4	159	78	5	408	21	25	30	21	1.98
17630235--17630736	158	3.2	157	77	4	526	20	26	30	23	1.98
17630710--17630762	26	2.0	26	92	0	88	26	24	18	30	1.98
17630610--17631324	196	3.7	195	82	3	749	20	24	28	26	1.99
17631102--17631153	26	2.0	25	88	3	77	28	21	19	30	1.97
17631481--17631533	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17631981--17632033	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
17632177--17632229	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
17632523--17632572	26	1.9	26	88	8	75	28	24	18	30	1.97
17633253--17633305	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17634432--17634484	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17634644--17634693	26	1.9	26	95	0	91	24	28	20	28	1.99
17634618--17635352	342	2.1	341	81	5	851	20	27	28	24	1.99
17635207--17635500	158	1.9	158	80	3	349	20	25	29	24	1.99
17635851--17635903	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17634616--17636167	868	1.8	842	80	7	1870	20	27	28	23	1.99
17636625--17636677	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
17636969--17637021	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17639855--17640270	184	2.3	185	82	4	511	23	27	26	22	1.99
17640371--17640423	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17640212--17640569	184	1.9	185	82	5	438	21	27	30	20	1.98
17640970--17641022	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17640996--17641496	157	3.2	158	74	10	459	18	25	30	25	1.98
17641928--17642538	159	3.9	157	80	4	581	18	28	30	23	1.97
17643396--17643448	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17643775--17643826	27	2.0	26	88	3	77	26	28	17	26	1.97
17643853--17644463	159	3.8	157	78	5	550	18	27	30	23	1.97
17644437--17644489	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
17645142--17645194	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
17645735--17646517	158	4.8	168	72	13	539	18	27	31	22	1.97
17645786--17646517	317	2.3	322	81	6	811	18	27	31	23	1.97
17645905--17646507	158	3.8	159	78	4	621	18	27	31	23	1.97
17646490--17646542	26	2.0	26	85	7	72	24	24	22	28	2.00
17647223--17647301	26	3.0	26	92	0	131	30	29	16	24	1.96
17647717--17649149	722	2.0	720	89	1	2197	26	22	22	27	1.99
17649273--17649637	157	2.3	159	81	3	432	18	26	30	24	1.98
17649609--17649661	26	2.0	26	96	0	97	28	24	20	26	1.99
17656226--17656276	26	2.0	26	88	0	75	35	27	11	25	1.91
17656258--17656740	159	3.1	159	75	5	406	19	28	29	21	1.98
17657075--17657127	26	2.0	26	88	0	79	30	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17656916--17657273	184	1.9	185	83	3	454	19	27	29	22	1.98
17656479--17657330	352	2.5	342	82	6	966	19	27	30	22	1.98
17658469--17658521	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
17658495--17659314	159	5.2	157	77	5	772	19	27	30	22	1.98
17658495--17659315	318	2.6	317	84	3	1071	19	27	30	22	1.98
17659288--17659340	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
17659669--17659721	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
17659630--17660261	184	3.4	182	75	9	597	21	24	28	25	1.99
17659853--17659902	26	1.9	26	92	8	84	28	24	16	32	1.96
17660050--17660102	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
17659746--17660123	197	1.9	196	81	2	454	23	24	26	26	2.00
17660393--17660445	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
17659951--17660969	343	3.0	342	84	3	1273	20	26	28	23	1.99
17660736--17660788	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17661216--17661268	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
17661740--17661792	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
17662574--17662990	159	2.6	159	84	5	565	18	28	29	23	1.98
17662487--17662979	158	3.1	158	81	5	582	20	27	29	22	1.98
17662962--17663014	26	2.0	26	85	0	70	26	24	18	30	1.98
17662859--17663221	195	1.9	196	85	2	516	21	27	26	23	1.99
17664178--17664230	26	2.0	26	89	7	81	33	28	13	24	1.93
17664291--17664707	159	2.6	159	82	3	498	18	28	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17664679--17664731	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
17664571--17665085	195	2.7	196	80	6	504	20	27	29	22	1.98
17664874--17664926	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
17664938--17665244	159	1.9	158	84	2	409	15	28	33	21	1.95
17665895--17665947	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
17666015--17666444	152	2.7	155	77	8	413	17	27	30	23	1.97
17666562--17666614	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17667062--17667114	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
17666511--17667626	501	2.2	500	80	3	1217	21	25	27	25	1.99
17667563--17667615	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17667918--17667970	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
17667760--17668498	184	4.0	184	73	13	647	19	27	29	23	1.98
17668284--17668339	26	2.2	26	90	0	85	28	23	19	28	1.98
17668813--17668865	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
17669085--17669904	356	2.3	340	77	11	817	20	27	28	23	1.99
17671042--17671546	159	3.2	160	77	7	510	19	26	31	22	1.97
17671518--17671570	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17671411--17671768	197	1.8	197	87	1	529	21	26	28	23	1.99
17672450--17672499	25	2.0	26	96	4	93	24	28	20	28	1.99
17672954--17673006	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17673276--17673305	13	2.3	13	94	0	51	13	43	23	20	1.86
17673507--17674292	183	4.2	184	78	11	735	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17674239--17674291	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17674472--17674803	165	2.0	165	83	1	423	17	27	32	22	1.96
17675521--17675573	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
17676414--17676466	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17676440--17676782	158	2.2	158	81	7	385	22	25	28	23	1.99
17676758--17676808	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
17676966--17677018	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
17677309--17677361	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17678230--17678282	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17678872--17678924	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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