genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.317.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  317  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29600237--29600314	26	3.0	26	88	3	113	26	23	19	30	1.98
29601228--29601283	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
29601173--29601615	185	2.3	189	82	7	506	18	26	29	25	1.98
29601794--29601846	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
29602291--29602343	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
29602622--29603053	184	2.4	183	79	1	436	21	25	27	25	1.99
29609835--29609887	26	2.0	26	85	0	70	30	24	15	30	1.95
29609861--29610362	158	3.2	158	78	3	553	21	28	28	22	1.99
29610533--29610585	26	2.0	26	88	0	79	26	26	22	24	2.00
29610242--29610744	197	2.6	196	80	6	521	19	27	29	23	1.98
29610571--29610991	158	2.7	157	72	7	348	20	28	29	21	1.98
29611033--29611085	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29611649--29612010	185	2.0	183	82	4	451	21	25	27	25	1.99
29612168--29612221	26	2.1	26	82	6	65	24	24	22	29	1.99
29612194--29612699	159	3.2	157	78	4	496	17	28	31	22	1.96
29613052--29613104	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
29611413--29613608	881	2.5	867	82	4	2511	19	27	29	23	1.98
29614710--29615204	159	3.1	157	82	5	613	19	27	30	22	1.98
29616048--29616100	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29616812--29617621	158	5.1	159	74	5	644	19	26	30	22	1.98
29616808--29617622	316	2.6	314	82	3	951	19	26	30	23	1.98
29617595--29617647	26	2.0	26	85	7	72	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29620358--29620410	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
29621415--29621481	26	2.6	26	95	0	116	28	20	19	31	1.97
29621415--29621493	26	3.0	26	88	3	88	29	22	18	29	1.98
29627674--29627978	158	1.9	158	81	2	362	18	27	31	23	1.97
29627962--29628013	26	2.0	26	100	0	104	30	23	15	30	1.95
29628693--29628745	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
29628719--29629220	159	3.2	156	78	5	398	20	25	28	24	1.99
29629196--29629246	26	2.0	26	88	7	77	29	25	13	31	1.94
29629036--29629603	197	3.0	185	79	8	613	21	25	28	24	1.99
29629392--29629444	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
29629418--29629762	159	2.2	158	84	3	444	18	26	31	22	1.98
29631547--29632365	159	5.2	158	74	7	685	20	27	29	23	1.99
29631547--29632366	318	2.6	315	84	3	1051	20	27	29	23	1.99
29632339--29632390	26	2.0	26	92	7	88	26	23	19	30	1.98
29633097--29633593	158	3.1	161	76	8	408	19	26	29	24	1.98
29633565--29633617	26	2.0	26	85	7	72	26	20	18	33	1.96
29633655--29634102	158	2.9	157	76	8	473	18	27	30	23	1.98
29634807--29634878	25	2.8	26	91	4	119	26	26	20	26	1.99
29634982--29635359	157	2.4	157	79	5	395	18	28	30	22	1.97
29634858--29635358	159	3.2	155	74	7	461	19	27	30	22	1.98
29635332--29635384	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29635420--29635873	159	2.9	158	78	6	413	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29634933--29636108	513	2.3	511	82	2	1421	20	27	29	22	1.99
29635845--29635896	26	2.0	26	85	7	70	28	23	17	30	1.97
29636225--29636275	26	2.0	26	92	7	86	25	27	19	27	1.99
29635938--29636822	368	2.4	365	84	3	1076	21	27	28	23	1.99
29636592--29636644	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
29637100--29637171	26	2.8	26	91	4	110	29	20	20	29	1.98
29643693--29643745	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
29644194--29644246	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
29644515--29644565	26	2.0	26	92	0	84	29	27	15	27	1.96
29644649--29645041	158	2.5	158	77	5	371	19	28	29	22	1.98
29645015--29645067	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
29644866--29645223	184	1.9	184	85	0	482	21	27	27	24	1.99
29645370--29645423	26	2.1	26	86	6	74	27	27	20	24	1.99
29645606--29646106	159	3.2	154	73	6	450	20	27	28	23	1.99
29646756--29646860	26	4.0	26	90	2	158	26	24	19	29	1.98
29647530--29647582	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
29647556--29648082	158	3.3	158	77	7	541	19	27	30	22	1.98
29648208--29648260	26	2.0	26	88	0	79	33	28	13	24	1.93
29649943--29649995	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
29649600--29650016	184	2.3	185	78	4	439	21	25	28	24	1.99
29650795--29650847	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
29651296--29651348	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29651662--29651714	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
29651688--29652365	158	4.3	157	70	11	373	20	26	30	23	1.98
29651688--29652395	313	2.3	315	82	4	840	20	26	30	22	1.98
29652468--29652519	26	2.0	25	85	10	70	28	25	17	28	1.97
29652821--29652926	26	4.0	26	87	1	158	30	24	18	26	1.98
29652899--29653321	159	2.7	156	77	7	386	20	26	30	22	1.98
29653383--29653443	25	2.4	25	91	8	97	26	19	19	34	1.96
29654123--29654175	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
29654705--29654741	12	3.1	12	100	0	74	35	24	32	8	1.85
29654833--29654883	26	2.0	26	84	7	68	29	29	13	27	1.94
29654520--29654925	208	1.9	209	82	2	494	19	26	31	22	1.98
29654725--29655266	195	2.9	187	78	5	581	18	26	30	24	1.98
29654469--29655266	393	2.1	386	83	5	1006	19	25	30	23	1.98
29655902--29655955	26	2.1	26	86	6	74	31	22	16	29	1.96
29655879--29656150	149	1.8	148	85	7	381	26	22	26	24	2.00
29656078--29656578	158	3.2	158	78	2	524	19	28	29	22	1.98
29656973--29657006	16	2.2	15	89	5	50	5	20	52	20	1.67
29656560--29657108	277	2.0	276	91	0	900	20	24	28	26	1.99
29657566--29658225	316	2.1	317	80	4	744	18	27	30	23	1.97
29658566--29658619	26	2.1	26	92	0	90	29	27	18	24	1.98
29658785--29658837	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
29658491--29658927	218	2.0	218	88	0	649	20	29	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29659298--29659349	26	2.0	25	85	3	68	28	25	19	26	1.98
29659478--29659526	21	2.3	21	92	0	80	26	24	44	4	1.71
29660832--29660884	26	2.0	26	89	7	81	30	26	20	22	1.98
29660761--29661227	184	2.5	184	81	4	498	21	28	27	23	1.99
29661337--29661993	158	4.3	157	71	12	478	20	26	29	23	1.99
29661940--29662114	93	1.9	93	89	2	271	21	25	24	28	1.99
29663286--29663663	157	2.4	156	78	7	386	21	27	28	23	1.99
29663636--29663688	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
29664003--29664053	26	2.0	26	84	7	68	27	27	15	29	1.96
29663618--29664269	357	1.8	359	81	8	795	22	26	27	23	2.00
29664169--29664519	159	2.2	158	80	5	361	21	26	29	22	1.99
29664714--29664766	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
29665226--29665277	26	2.0	25	85	3	68	26	23	21	28	1.99
29665406--29665454	21	2.3	21	85	0	62	26	22	42	8	1.81
29666039--29666091	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
29666761--29666812	26	2.0	26	92	0	86	28	26	19	25	1.98
29666924--29667900	159	6.2	158	74	6	654	20	25	30	23	1.98
29666988--29667891	474	1.9	476	82	1	1143	19	26	30	23	1.98
29667835--29668015	93	1.9	93	91	2	292	19	27	25	27	1.99
29669048--29669547	158	3.2	157	77	4	500	18	26	31	23	1.98
29669889--29669939	26	2.0	26	92	0	84	25	27	19	27	1.99
29669504--29670153	355	1.8	360	83	7	854	20	26	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29669915--29670404	159	3.1	155	75	8	461	20	25	30	24	1.99
29670598--29670647	26	1.9	26	88	8	75	26	28	18	28	1.98
29670929--29670980	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
29672235--29672612	159	2.4	158	77	9	401	19	25	31	23	1.98
29672703--29672754	26	2.0	25	92	3	86	28	21	21	28	1.98
29672900--29672951	26	2.0	26	92	0	86	32	21	17	28	1.96
29672924--29673416	158	3.1	157	75	6	472	18	25	31	24	1.98
29673302--29673667	195	1.9	194	86	3	520	19	26	30	24	1.98
29672163--29673686	696	2.2	696	82	3	1886	19	25	30	24	1.98
29674459--29674536	26	3.0	26	81	9	106	29	24	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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