genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.353.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  353  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32344470--32345207	350	2.1	341	83	5	912	23	29	27	19	1.98
32348326--32348378	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
32348693--32348745	26	2.0	26	92	0	88	28	18	22	30	1.98
32348856--32349219	159	2.3	159	78	8	375	24	29	25	21	1.99
32349193--32349245	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
32349939--32350440	159	3.2	156	76	5	456	23	29	27	20	1.98
32350414--32350466	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
32351566--32351618	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
32351921--32351973	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
32351762--32352131	184	2.0	184	81	1	427	25	27	24	22	2.00
32353144--32353196	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
32353169--32353526	158	2.3	158	78	4	380	25	31	24	18	1.98
32353645--32353694	26	1.9	26	88	8	75	28	18	24	30	1.97
32354159--32354211	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
32355384--32355436	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
32355751--32355803	26	2.0	26	85	0	70	32	18	18	30	1.96
32356957--32357009	26	2.0	26	92	7	90	28	20	22	28	1.99
32356983--32357483	158	3.2	155	77	7	494	25	30	25	18	1.98
32357457--32357509	26	2.0	26	88	0	79	22	20	28	28	1.99
32358193--32358248	26	2.2	26	83	6	69	32	17	21	28	1.96
32358211--32358656	159	2.8	157	74	6	378	24	28	27	19	1.99
32358694--32358745	26	2.0	26	88	3	79	26	21	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32360198--32360249	26	2.0	25	89	10	79	30	21	21	26	1.98
32360223--32360810	159	3.7	159	75	6	539	23	29	26	19	1.98
32360856--32360908	26	2.0	26	89	7	81	24	18	26	30	1.98
32361579--32361631	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
32361921--32362290	184	2.0	184	79	6	401	24	27	25	21	1.99
32361577--32362661	501	2.2	501	82	3	1261	23	28	26	21	1.99
32362960--32363037	26	3.0	26	98	1	149	30	20	21	26	1.98
32363011--32363511	158	3.2	156	79	7	530	22	29	27	19	1.98
32364367--32364419	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32364931--32364983	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
32363984--32365084	564	2.0	564	84	1	1443	23	27	27	20	1.99
32366386--32366747	159	2.3	159	76	8	360	25	28	25	20	1.99
32375084--32375136	26	2.0	26	82	13	65	32	16	22	28	1.96
32375581--32375632	25	2.0	26	88	3	79	26	21	26	25	1.99
32375970--32376389	159	2.6	155	74	8	364	25	28	26	19	1.99
32377468--32377781	171	1.8	171	81	6	395	21	30	27	21	1.98
32380471--32380523	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
32382279--32382331	26	2.0	26	85	7	72	30	22	22	24	1.99
32382930--32382982	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
32382955--32383386	159	2.7	158	79	5	435	23	30	28	17	1.97
32382058--32383339	652	2.0	648	83	3	1621	22	29	26	20	1.99
32383421--32383471	26	2.0	26	96	0	93	25	15	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32384973--32385025	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
32386124--32386637	158	3.2	157	73	6	428	22	29	25	21	1.99
32386675--32386727	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
32388271--32388323	26	2.0	26	86	13	74	30	18	24	26	1.98
32389484--32389536	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
32389509--32390064	158	3.4	158	77	8	478	24	30	25	19	1.98
32391071--32391433	157	2.3	157	80	3	390	26	30	24	17	1.97
32391545--32391597	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
32392085--32392137	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
32392745--32392797	26	2.0	26	82	7	63	26	18	24	30	1.98
32393232--32393631	159	2.5	157	78	4	446	24	28	29	18	1.98
32393232--32393730	158	3.2	157	73	6	425	23	29	27	19	1.98
32393704--32393756	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
32394197--32394249	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
32394013--32394707	355	2.0	355	83	1	874	23	28	27	20	1.99
32394577--32395397	317	2.6	317	80	2	826	23	29	26	20	1.99
32394577--32395342	159	4.8	159	73	5	548	23	30	26	19	1.98
32395371--32395423	26	2.0	26	92	7	90	24	16	26	32	1.97
32396082--32396134	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32396803--32396852	26	1.9	26	92	8	84	30	20	22	28	1.98
32397540--32397592	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
32398041--32398093	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32399138--32399190	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
32399322--32399374	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32398980--32399441	184	2.5	184	81	1	507	25	26	27	20	1.99
32400875--32401381	159	3.2	157	77	7	490	23	28	28	19	1.98
32401354--32401406	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
32401379--32402169	158	4.8	171	76	10	526	22	30	27	19	1.98
32401721--32402225	158	3.2	157	75	7	495	23	29	26	20	1.99
32402199--32402251	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32404627--32405197	153	3.7	151	86	1	721	18	28	30	22	1.98
32405978--32406420	159	2.8	157	80	5	462	18	27	30	23	1.98
32405928--32406419	158	3.1	157	78	5	526	19	26	30	23	1.98
32406393--32406461	26	2.7	26	95	0	120	30	23	17	28	1.97
32406800--32406849	25	2.0	26	92	4	84	26	30	20	24	1.98
32413918--32413970	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
32413844--32414188	184	1.9	184	84	1	467	20	27	28	24	1.99
32413881--32414305	184	2.4	177	80	7	480	22	25	28	23	1.99
32415078--32415513	159	2.7	161	79	6	487	16	27	31	24	1.96
32415487--32415539	26	2.0	26	85	7	72	24	22	22	30	1.99
32416678--32416730	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
32417412--32417464	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
32417567--32417979	157	2.6	157	73	5	384	19	25	29	25	1.99
32418083--32418135	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32418109--32418758	158	4.1	159	77	4	573	19	26	29	24	1.98
32418148--32418768	316	2.0	316	83	1	798	18	26	29	24	1.98
32418741--32418793	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32419463--32419515	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
32419811--32419863	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
32421052--32421110	26	2.3	26	75	16	70	32	27	15	25	1.95
32421204--32421579	159	2.4	159	77	4	346	19	25	29	25	1.99
32421553--32421605	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
32422274--32422326	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
32423840--32423892	26	2.0	26	88	0	79	33	28	13	24	1.93
32424005--32424356	158	2.2	156	83	4	418	19	26	28	25	1.99
32424718--32424770	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
32425718--32425768	26	2.0	26	88	0	75	31	27	13	27	1.94
32425744--32426401	158	4.2	158	77	6	521	20	26	28	23	1.99
32426029--32426401	157	2.4	156	80	7	400	21	27	27	23	1.99
32426377--32426427	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
32426495--32427102	159	3.9	159	75	6	589	19	27	30	23	1.98
32426779--32427208	159	2.7	159	84	1	468	17	27	31	23	1.97
32427340--32427392	26	2.0	26	89	7	81	32	24	13	30	1.93
32428338--32428380	22	2.0	22	95	0	77	9	37	18	34	1.83
32428793--32428845	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
32429514--32429566	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32429849--32429901	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
32431007--32431057	26	2.0	26	84	7	68	33	23	9	33	1.88
32431375--32431427	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
32431401--32431902	158	3.2	157	76	6	505	19	25	30	25	1.98
32433077--32433129	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32433105--32433472	171	2.2	170	78	7	379	23	25	29	22	1.99
32433446--32433496	26	2.0	26	88	0	75	31	27	15	25	1.96
32433940--32433992	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
32434719--32435048	158	2.1	157	76	5	335	21	26	29	23	1.99
32435121--32435549	217	2.0	216	86	1	599	17	24	31	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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