genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  161  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18161692--18161744	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
18161876--18161928	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
18161672--18162085	184	2.2	184	82	4	512	21	25	28	24	1.99
18162377--18162429	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
18162757--18162809	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
18163258--18163310	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
18163493--18163877	159	2.4	157	77	6	400	23	27	27	21	1.99
18164834--18164886	26	2.0	26	82	7	63	30	24	16	28	1.97
18164989--18165361	158	2.4	158	83	5	459	19	26	29	23	1.98
18165337--18165387	26	2.0	26	88	7	77	29	23	13	33	1.93
18165874--18165952	26	3.0	26	92	0	131	29	27	17	25	1.98
18166464--18166516	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
18166967--18167022	26	2.2	26	93	0	94	28	25	19	26	1.99
18167469--18167518	26	1.9	26	88	8	75	32	24	14	30	1.94
18167675--18167727	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
18167815--18168173	158	2.3	158	77	5	355	19	25	29	25	1.99
18168294--18168713	159	2.7	157	77	4	371	20	26	29	23	1.99
18168999--18169102	26	4.0	26	91	2	165	27	29	18	24	1.98
18168999--18169102	51	2.0	52	92	1	174	27	29	18	24	1.98
18170153--18170231	26	3.0	26	94	0	131	29	29	18	22	1.98
18170345--18170706	158	2.3	155	78	7	395	19	25	29	25	1.98
18170679--18170738	26	2.4	26	83	5	70	26	23	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18171765--18172146	159	2.4	154	73	7	349	20	26	29	22	1.99
18172238--18172288	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
18172508--18172559	26	2.0	26	92	3	88	28	28	19	23	1.98
18172858--18172907	26	1.9	26	88	8	75	26	24	18	32	1.97
18173415--18173467	26	2.0	26	89	7	81	32	22	15	30	1.94
18173863--18173912	26	1.9	26	92	8	84	28	26	16	30	1.96
18174140--18174441	159	1.9	158	83	3	392	17	27	30	24	1.97
18174414--18174466	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
18175118--18175479	159	2.3	158	79	3	404	19	26	30	23	1.98
18175063--18175479	158	2.6	157	78	3	460	17	28	30	23	1.97
18177786--18178200	159	2.6	157	76	5	406	24	29	27	18	1.98
18178806--18178858	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98
18179360--18179410	26	2.0	26	92	7	86	29	15	27	27	1.96
18179806--18179856	26	2.0	26	92	7	86	29	11	25	33	1.91
18180361--18180410	26	1.9	26	92	8	84	32	20	24	24	1.98
18180704--18180755	26	2.0	26	92	3	88	23	19	28	28	1.98
18180976--18181026	26	2.0	26	88	7	77	31	15	23	29	1.95
18181159--18181237	26	3.0	26	87	7	124	27	18	25	27	1.98
18182282--18182385	26	4.0	25	90	5	154	25	18	28	27	1.98
18182282--18182385	51	2.0	52	92	1	174	25	18	28	27	1.98
18182358--18183159	171	4.8	168	73	10	555	22	30	27	20	1.98
18182680--18183107	159	2.7	159	77	2	360	24	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18183659--18183711	26	2.0	26	85	7	72	26	20	26	26	1.99
18183868--18183917	26	1.9	26	92	8	84	30	16	24	30	1.96
18183886--18184318	159	2.8	151	75	11	401	23	28	26	20	1.99
18184364--18184419	26	2.2	26	90	0	85	26	17	25	30	1.97
18184871--18184926	27	2.1	27	96	0	103	23	23	26	26	2.00
18185437--18185515	26	3.0	26	92	0	122	26	18	26	27	1.98
18185252--18185635	211	1.8	211	79	4	443	24	28	27	20	1.99
18185488--18185917	157	2.7	157	81	3	479	23	29	28	18	1.98
18185975--18186025	26	2.0	26	88	7	77	33	13	23	29	1.93
18186001--18186502	159	3.2	158	78	9	475	22	29	27	20	1.98
18186476--18186528	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
18188051--18188103	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18188551--18188603	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
18188930--18188982	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18189431--18189483	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
18189274--18190034	184	4.0	184	78	9	718	23	30	25	20	1.99
18189615--18189667	26	2.0	26	89	7	81	24	18	26	30	1.98
18189824--18189876	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
18187744--18190449	880	3.0	882	77	7	2670	23	28	26	21	1.99
18195596--18195648	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
18195938--18195990	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
18195622--18196409	418	1.9	418	80	4	937	23	29	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18196354--18196712	196	1.8	196	80	3	436	24	27	25	22	2.00
18196837--18196879	21	2.0	21	86	0	59	2	39	27	30	1.69
18197107--18197601	157	3.1	154	74	7	433	23	28	27	21	1.99
18197579--18197634	26	2.2	26	90	0	85	25	21	25	28	1.99
18198742--18198797	26	2.2	26	90	6	87	26	17	25	30	1.97
18199607--18199659	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
18199962--18200014	26	2.0	26	85	7	72	28	20	26	24	1.99
18200313--18200365	26	2.0	26	85	7	72	32	16	22	28	1.96
18201203--18201705	158	3.2	158	78	4	507	20	30	29	20	1.98
18201679--18201731	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18203231--18203340	3	35.3	3	72	21	54	30	0	5	63	1.17
18203381--18203406	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
18203906--18203950	20	2.2	20	88	0	63	31	33	26	8	1.87
18204344--18204373	11	2.7	11	100	0	60	13	0	6	80	0.91
18204369--18204418	21	2.5	20	87	9	75	12	2	6	80	0.98
18204380--18204418	8	5.4	8	80	20	50	12	0	7	79	0.93
18204371--18204412	13	3.3	13	86	3	59	11	2	7	78	1.04
18204498--18204964	60	7.7	59	86	8	606	44	8	13	32	1.74
18204498--18204964	118	3.9	119	86	9	653	44	8	13	32	1.74
18204499--18204970	247	1.9	239	89	6	725	45	8	13	32	1.74
18205983--18206035	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18206009--18206510	158	3.2	157	78	6	521	21	27	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18206484--18206536	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18206864--18206916	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
18207365--18207417	26	2.0	26	88	0	79	24	13	28	33	1.93
18207208--18207621	184	2.2	184	84	4	539	24	28	25	21	1.99
18207549--18207600	26	2.0	26	88	7	79	25	17	26	30	1.97
18207758--18207810	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
18205977--18208335	881	2.7	870	77	6	2138	23	28	25	21	1.99
18213869--18213921	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
18214287--18214339	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
18214483--18214535	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
18214281--18214643	196	1.9	196	80	3	426	23	27	26	22	1.99
18215513--18215568	26	2.2	26	90	0	85	28	21	21	28	1.99
18216261--18216764	159	3.2	158	75	8	468	22	30	27	19	1.98
18216738--18216793	26	2.2	26	90	6	87	26	17	25	30	1.97
18217602--18217654	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
18217958--18218010	26	2.0	26	89	7	81	26	20	28	24	1.99
18218302--18218361	26	2.4	26	86	10	81	26	26	21	25	2.00
18218567--18218622	26	2.2	26	90	0	85	19	3	19	57	1.56
18219036--18219085	26	1.9	26	92	8	84	32	20	24	24	1.98
18219594--18220088	157	3.1	155	73	4	411	23	28	27	21	1.99
18220066--18220121	26	2.2	26	86	0	76	25	19	25	30	1.98
18220787--18220839	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18221288--18221340	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18221313--18221786	171	2.8	171	77	5	456	22	29	27	20	1.99
18220971--18222060	342	3.2	339	74	10	996	23	29	26	21	1.99
18222728--18223222	158	3.1	155	76	5	452	24	30	26	18	1.98
18223927--18223979	26	2.0	26	82	7	63	30	18	20	30	1.97
18223982--18224417	159	2.8	158	76	5	351	23	31	27	17	1.97
18224428--18224480	26	2.0	26	88	0	79	28	15	26	30	1.96
18231389--18231441	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
18231531--18231918	159	2.4	158	76	5	399	22	29	26	21	1.99
18231892--18231944	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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