genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  90  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12919045--12919421	158	2.4	158	79	4	402	18	25	32	23	1.97
12919546--12919598	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
12919892--12919941	26	1.9	26	88	8	75	26	20	22	32	1.98
12921106--12921158	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12921169--12922531	159	8.5	156	72	10	513	19	27	30	23	1.98
12920534--12921636	502	2.2	500	78	5	1159	19	26	28	25	1.99
12921217--12922591	318	4.3	315	75	9	863	19	27	29	23	1.98
12922745--12922797	26	2.0	26	82	7	63	32	26	15	26	1.95
12922823--12923115	159	1.8	158	84	5	394	18	28	30	22	1.97
12923760--12924103	159	2.2	158	80	4	361	18	28	30	22	1.97
12923760--12924261	158	3.2	156	76	6	501	18	27	30	23	1.97
12925291--12925749	159	2.9	157	77	4	447	20	25	29	24	1.99
12926039--12926065	13	2.1	13	100	0	54	7	51	25	14	1.68
12926103--12926155	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
12926080--12926438	197	1.8	196	84	5	492	22	24	27	25	2.00
12926797--12926853	26	2.2	26	81	6	71	29	15	17	36	1.91
12928784--12928837	26	2.1	26	92	0	90	25	27	20	25	1.99
12929289--12929341	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
12935876--12935928	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12935902--12936402	158	3.2	158	76	8	401	19	28	30	21	1.98
12936376--12936428	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
12936572--12936624	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12936268--12936728	196	2.4	196	88	0	679	21	29	29	20	1.98
12936943--12936995	26	2.0	26	85	7	72	28	28	16	26	1.97
12937032--12937398	158	2.3	160	84	1	454	17	28	31	21	1.96
12937032--12937628	159	3.8	158	78	5	384	18	28	29	22	1.98
12937321--12937636	157	2.0	160	80	7	358	21	28	27	23	1.99
12938210--12938262	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
12938236--12938633	158	2.5	157	76	5	415	19	27	32	20	1.97
12938236--12938727	158	3.1	156	73	6	409	18	28	30	22	1.98
12938710--12938814	26	4.0	26	82	7	124	27	26	20	24	1.99
12938870--12939313	223	2.0	223	81	1	523	16	33	28	21	1.95
12939094--12939510	157	2.6	158	78	4	448	18	29	28	23	1.98
12939485--12939537	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
12940190--12940950	158	4.8	157	76	7	590	17	28	30	23	1.97
12940285--12940950	317	2.1	315	79	5	693	18	27	30	23	1.98
12940923--12940975	26	2.0	26	82	7	63	28	22	18	30	1.98
12941631--12941683	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
12941657--12942149	159	3.1	156	75	6	400	18	28	30	22	1.97
12942131--12942225	26	3.7	25	83	5	109	26	26	20	27	1.99
12942128--12942232	52	2.0	52	83	3	131	26	24	20	27	1.99
12942672--12942803	26	5.0	25	80	10	113	26	27	20	25	1.99
12942672--12942803	53	2.5	51	84	6	156	26	27	20	25	1.99
12942131--12943178	568	1.8	567	85	2	1408	20	27	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12943227--12943279	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12943940--12943992	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
12944055--12944784	159	4.6	158	79	3	669	17	29	30	22	1.97
12944055--12944784	317	2.3	316	79	4	756	17	29	30	22	1.97
12944757--12944809	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12945467--12945519	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
12945990--12946062	26	2.8	27	79	6	87	30	23	19	27	1.98
12945968--12946062	26	3.7	25	76	8	84	27	22	22	28	1.99
12946498--12946550	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12947293--12947744	158	2.9	159	76	7	400	20	28	29	20	1.98
12947716--12947768	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
12947655--12948326	354	1.9	360	81	6	815	20	26	29	23	1.99
12948182--12948608	158	2.7	156	77	5	419	18	25	30	25	1.98
12948583--12948634	25	2.0	26	88	3	79	28	23	19	28	1.98
12949318--12949368	26	2.0	26	92	7	86	29	21	19	29	1.98
12949816--12949868	26	2.0	26	89	7	81	32	24	16	26	1.97
12950685--12950737	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
12958076--12958128	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12958286--12958338	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
12958352--12958656	159	1.9	158	84	3	407	18	27	30	22	1.97
12958629--12958681	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12958904--12960484	825	1.9	824	86	2	2226	26	23	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12960116--12960168	26	2.0	26	92	7	90	32	26	16	24	1.97
12960274--12960644	159	2.3	158	77	9	369	18	27	29	24	1.98
12960617--12960669	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12961699--12961756	26	2.2	26	87	3	80	27	24	18	29	1.98
12962014--12962065	26	2.0	26	85	7	70	30	25	15	28	1.96
12962719--12962771	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
12962808--12963249	159	2.8	160	79	2	496	18	28	30	22	1.97
12963744--12963796	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
12964466--12964518	26	2.0	26	89	7	81	28	24	16	30	1.97
12964590--12964992	159	2.6	157	80	6	447	19	29	29	21	1.98
12964965--12965017	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12965459--12965872	159	2.6	157	80	7	471	17	27	30	24	1.97
12965377--12965870	158	3.1	157	76	8	482	19	26	30	23	1.98
12965844--12965895	26	2.0	26	88	7	79	26	21	19	32	1.97
12966305--12966355	26	2.0	26	92	7	86	23	29	19	27	1.98
12966331--12966832	158	3.2	158	79	3	578	18	27	31	22	1.97
12966806--12966858	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
12965330--12967251	962	2.0	962	89	0	2898	21	25	27	25	1.99
12967530--12967582	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12967556--12967964	158	2.6	159	80	6	472	20	26	29	22	1.99
12967556--12968058	158	3.2	154	76	8	467	20	26	29	24	1.99
12968397--12968449	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12968740--12968792	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12968379--12969107	343	2.1	341	84	3	946	19	25	28	26	1.99
12969239--12969291	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12976374--12976431	26	2.2	26	90	9	91	27	24	20	27	1.99
12977905--12978321	158	2.6	158	78	4	430	17	27	29	25	1.98
12978462--12978520	29	2.1	29	84	9	77	28	25	20	25	1.99
12978980--12979032	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12979702--12979754	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
12979725--12980312	159	3.7	157	76	5	414	20	27	30	22	1.98
12979728--12980386	158	4.2	158	77	5	560	19	26	30	23	1.98
12980567--12980619	26	2.0	26	88	0	79	24	22	22	30	1.99
12980908--12980960	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12981655--12982098	158	2.8	157	72	10	395	19	31	29	19	1.96
12982117--12982168	26	2.0	25	88	3	77	26	21	19	32	1.97
12983733--12983787	26	2.1	27	89	3	85	27	23	20	29	1.99
12984244--12984296	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
12984596--12984651	26	2.2	26	90	6	87	32	26	16	25	1.96
12984625--12985123	157	3.2	156	72	10	422	21	28	27	22	1.99
12989637--12989694	26	2.2	26	90	9	91	27	24	20	27	1.99
12991137--12991583	158	2.8	158	76	5	411	18	27	29	24	1.98
12991725--12991777	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
12991894--12992256	159	2.3	159	78	6	394	18	26	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12992226--12992278	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12992947--12992999	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
12992970--12993631	158	4.2	157	76	5	528	19	25	30	24	1.98
12993815--12993867	26	2.0	26	88	0	79	24	22	22	30	1.99
12994157--12994209	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12994906--12995400	159	3.2	158	74	9	383	19	29	30	21	1.97
12995374--12995426	26	2.0	26	89	7	81	26	22	18	32	1.97
12996598--12996648	26	2.0	26	84	7	68	25	25	15	33	1.95
12997009--12997502	157	3.1	154	74	10	435	20	26	29	23	1.99
12997476--12997528	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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