genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  218  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22372638--22372714	25	3.0	25	94	1	127	28	25	19	25	1.99
22372688--22373188	159	3.2	156	73	8	460	20	27	28	23	1.99
22373887--22373939	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
22373921--22374289	159	2.3	157	76	5	375	20	27	29	21	1.98
22374401--22374452	26	2.0	26	88	7	79	28	28	13	28	1.94
22374597--22374649	26	2.0	26	85	0	70	26	22	18	32	1.97
22374794--22374846	26	2.0	26	88	0	79	30	18	20	30	1.97
22374229--22375787	197	8.0	196	81	4	1620	22	26	28	22	1.99
22374990--22375042	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22375186--22375236	26	2.0	25	92	3	84	27	21	19	31	1.97
22375382--22375434	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22375577--22375628	26	2.0	26	96	3	97	26	28	21	23	1.99
22376491--22376551	29	2.1	29	93	0	104	9	9	31	49	1.69
22376495--22376562	29	2.3	29	87	0	82	10	13	32	44	1.77
22376559--22376611	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
22376769--22376821	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22378546--22378598	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22379282--22379334	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
22379446--22379809	158	2.3	158	77	3	372	19	25	29	25	1.98
22380192--22380496	159	1.9	158	81	2	369	19	27	30	23	1.98
22380857--22380909	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
22381225--22381277	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22381331--22381737	215	1.9	216	80	1	485	18	28	28	24	1.98
22381942--22381992	26	2.0	26	92	7	86	27	27	15	29	1.96
22382309--22382361	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
22382375--22382931	158	3.5	158	77	5	550	17	27	32	22	1.96
22382335--22382836	158	3.2	158	80	6	584	18	26	31	23	1.98
22383774--22384260	159	3.1	158	75	4	478	19	25	31	24	1.98
22385299--22385349	26	2.0	26	96	0	93	27	21	19	31	1.97
22385050--22385438	197	2.0	197	80	3	442	20	26	28	24	1.99
22386449--22386909	159	2.9	158	79	2	505	18	28	30	22	1.97
22386764--22387148	169	2.3	171	80	3	411	19	26	32	22	1.97
22387215--22387267	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
22387314--22387744	159	2.7	159	75	6	386	17	28	30	23	1.97
22387716--22387768	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
22388594--22388646	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22388701--22389163	157	2.9	158	79	2	482	20	28	29	22	1.98
22389132--22389187	26	2.2	26	90	6	87	28	26	19	25	1.99
22389201--22389470	130	2.1	131	88	2	400	14	23	39	22	1.91
22389989--22390040	26	2.0	26	88	7	79	32	23	17	26	1.96
22390152--22390516	159	2.3	159	79	4	403	18	26	30	24	1.98
22390736--22390761	12	2.2	12	100	0	52	34	26	30	7	1.85
22390879--22391273	158	2.5	157	77	5	386	20	27	31	21	1.98
22391351--22391402	26	2.0	26	92	0	86	30	23	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22391702--22391754	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22389962--22392229	849	2.6	854	81	4	2498	20	26	29	23	1.99
22391728--22392399	158	4.2	155	73	11	475	19	26	30	23	1.98
22392044--22392770	342	2.1	346	84	5	921	19	26	30	23	1.98
22392718--22392767	26	1.9	26	91	0	82	26	26	20	28	1.99
22393611--22393663	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
22393637--22394137	159	3.2	159	78	6	487	18	26	30	24	1.98
22394833--22394885	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
22396739--22397508	317	2.4	317	79	4	793	20	26	29	23	1.99
22396746--22397508	159	4.8	157	71	8	499	20	26	29	23	1.99
22397893--22397945	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22397919--22398417	159	3.2	156	74	7	477	20	27	29	22	1.98
22398391--22398442	26	2.0	26	84	0	68	28	25	17	28	1.97
22398235--22398587	182	1.9	182	84	2	467	21	26	27	23	1.99
22398416--22398916	159	3.2	156	73	8	428	20	25	29	24	1.99
22398891--22398941	26	2.0	26	84	7	68	29	23	15	31	1.95
22399611--22399663	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
22399793--22399845	26	2.0	26	92	7	90	26	18	20	33	1.96
22400762--22400814	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
22401125--22401179	25	2.2	26	93	3	94	29	27	18	25	1.98
22401742--22401794	26	2.0	26	85	7	72	32	24	15	28	1.95
22401839--22402308	159	3.0	159	74	7	409	19	25	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22402914--22402966	26	2.0	26	89	7	81	28	22	16	32	1.96
22403284--22403336	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22402681--22403652	356	2.7	349	78	8	852	18	27	29	24	1.98
22403783--22403835	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
22404722--22405029	159	1.9	158	79	5	345	19	27	28	23	1.99
22405002--22405055	26	2.1	26	93	6	92	27	24	20	27	1.99
22405029--22405362	171	2.0	171	81	4	397	18	29	32	19	1.96
22405062--22405398	171	2.0	171	79	3	374	19	29	31	19	1.97
22405481--22405901	159	2.6	159	79	4	454	18	30	28	22	1.97
22405874--22405926	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22406388--22406440	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
22406414--22406914	157	3.2	159	81	5	552	17	28	31	21	1.96
22406414--22406905	159	3.1	157	81	3	621	17	29	31	21	1.96
22406314--22407661	513	2.7	511	84	4	1719	18	27	30	22	1.98
22406976--22407425	158	2.8	158	75	9	475	19	26	30	22	1.98
22407399--22407451	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22407779--22407831	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22407805--22408306	158	3.2	158	78	5	548	20	28	28	22	1.99
22414432--22414484	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
22414775--22414827	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
22415407--22415459	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
22415532--22415936	159	2.6	159	81	5	471	18	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22415433--22415934	158	3.2	155	77	7	508	19	26	31	22	1.98
22415908--22415960	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
22416001--22416774	158	4.8	157	73	6	505	18	27	30	22	1.98
22416003--22416775	317	2.4	317	79	3	760	18	27	30	22	1.98
22416748--22416800	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
22417689--22417974	158	1.8	158	80	2	349	19	26	29	24	1.98
22418433--22418743	158	2.0	158	82	6	389	17	27	32	23	1.96
22418845--22418900	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
22418969--22419377	159	2.6	158	77	4	376	20	27	27	23	1.99
22418874--22419375	158	3.2	157	76	5	499	20	27	29	22	1.99
22419349--22419401	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
22418300--22419718	501	2.8	504	79	5	1499	20	27	29	22	1.99
22419191--22419537	184	1.9	184	87	0	505	21	27	28	22	1.99
22419692--22419770	26	3.0	26	87	7	124	30	26	17	25	1.97
22420225--22420528	158	1.9	159	81	3	371	21	26	29	22	1.99
22420597--22420918	171	1.9	171	80	3	380	20	27	27	24	1.99
22420321--22421273	526	1.8	526	83	2	1279	21	26	27	24	1.99
22421433--22421939	159	3.2	158	75	8	400	19	26	30	23	1.98
22421913--22421965	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22422755--22422806	26	2.0	26	85	7	70	28	23	17	30	1.97
22423329--22423381	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
22429867--22430329	195	2.4	195	82	4	531	21	26	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22430493--22430543	26	2.0	26	88	7	77	31	31	13	23	1.93
22430584--22431019	159	2.7	158	76	4	430	19	28	29	23	1.98
22430992--22431044	26	2.0	26	86	13	74	33	24	13	28	1.93
22431375--22431427	26	2.0	26	82	13	65	28	26	18	26	1.98
22430031--22431928	882	2.2	878	83	2	2353	20	27	28	23	1.99
22431422--22431900	157	3.0	157	74	6	448	18	26	30	24	1.98
22431874--22431926	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
22432595--22432647	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
22432952--22433003	26	2.0	26	96	0	95	30	28	15	25	1.96
22433450--22433502	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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