genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  261  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25433171--25433220	26	1.9	26	88	8	75	28	14	28	30	1.95
25433421--25433446	13	2.0	13	100	0	52	30	23	38	7	1.83
25433549--25433601	26	2.0	26	85	7	72	26	24	22	26	2.00
25435139--25435191	26	2.0	26	85	0	70	32	15	24	28	1.95
25435228--25435255	13	2.2	13	100	0	56	21	25	46	7	1.76
25435336--25435388	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25436242--25436293	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
25436577--25436629	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25437775--25437827	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
25438130--25438182	26	2.0	26	89	7	81	24	20	28	26	1.99
25438841--25438893	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25438975--25439793	367	2.3	359	82	7	968	24	29	25	20	1.99
25440838--25441336	158	3.2	156	77	6	506	22	27	28	21	1.99
25441130--25442128	355	2.8	359	82	5	1176	23	28	26	21	1.99
25442035--25442087	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25442922--25443849	367	2.5	367	82	2	1069	24	28	25	20	1.99
25443873--25445996	721	2.9	721	91	1	3385	27	22	22	27	1.99
25445917--25446417	158	3.2	157	76	6	505	24	30	26	18	1.98
25448872--25448924	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
25449226--25449672	184	2.4	184	83	1	520	25	27	25	21	2.00
25449569--25449621	26	2.0	26	89	7	81	24	18	26	30	1.98
25449940--25449992	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25450308--25450360	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25449432--25450752	368	3.6	364	81	4	1403	24	28	26	21	1.99
25451881--25451933	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25454959--25455011	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
25456339--25456391	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
25455934--25456936	367	2.7	364	80	5	1074	21	26	28	23	1.99
25458974--25459026	26	2.0	26	92	0	88	32	24	15	28	1.95
25459341--25459393	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
25458938--25460637	368	4.7	367	79	5	1729	21	27	27	23	1.99
25460067--25460122	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
25461993--25462045	26	2.0	26	88	0	79	24	28	20	26	1.99
25462238--25462290	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
25462542--25463095	159	3.5	159	75	8	407	18	26	30	24	1.98
25463804--25463856	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
25463830--25464332	158	3.2	158	73	7	439	22	26	27	23	1.99
25465139--25465191	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
25467103--25467155	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
25468300--25468352	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
25468667--25468719	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
25468273--25469590	367	3.6	365	81	4	1429	21	26	28	24	1.99
25469034--25469086	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
25469617--25470113	159	3.1	159	80	5	524	21	26	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25470087--25470139	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
25470266--25470850	184	3.2	182	64	20	438	21	27	27	23	1.99
25470458--25470507	26	1.9	26	91	0	82	28	28	18	26	1.98
25470061--25471406	368	3.7	367	87	2	1636	21	27	28	22	1.99
25471190--25471242	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
25471216--25471716	159	3.2	156	74	9	449	20	28	29	21	1.98
25471690--25471742	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
25472972--25473379	158	2.6	158	73	7	378	19	25	31	23	1.98
25473587--25473639	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
25474087--25474139	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
25474526--25474575	26	1.9	26	91	0	82	26	28	20	26	1.99
25474862--25474914	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
25474959--25475472	158	3.3	157	78	4	523	19	28	29	22	1.98
25474888--25475559	316	2.1	315	81	5	740	19	27	29	23	1.98
25475533--25475585	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
25475559--25475980	159	2.7	158	75	5	391	20	26	30	22	1.98
25477669--25478232	158	3.6	156	76	6	465	25	30	26	17	1.97
25478750--25478802	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25479473--25479528	26	2.2	26	90	6	87	26	19	25	28	1.99
25479973--25480025	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
25479726--25480779	356	2.9	353	84	6	1221	23	30	26	19	1.98
25481887--25481938	25	2.0	26	85	3	70	26	17	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25481977--25482001	13	1.9	13	100	0	50	16	16	56	12	1.68
25481695--25482692	368	2.7	366	83	4	1167	23	29	26	20	1.99
25482622--25482674	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
25483345--25483397	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
25484400--25484450	26	2.0	26	84	7	68	25	15	25	33	1.95
25484755--25484805	26	2.0	26	92	0	84	25	19	25	29	1.99
25485988--25486040	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
25487086--25487136	26	2.0	26	88	7	77	27	19	25	27	1.99
25487547--25487599	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25487580--25487671	46	2.0	46	93	0	157	29	21	25	23	1.99
25487679--25488416	355	2.1	355	83	4	918	22	28	27	21	1.99
25488292--25488344	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
25489515--25489567	26	2.0	26	96	0	97	22	18	30	28	1.98
25490897--25490950	27	2.0	27	92	3	92	25	20	27	25	1.99
25490359--25491725	367	3.8	364	81	4	1460	23	28	27	20	1.99
25492368--25492798	159	2.7	156	77	5	447	24	31	26	17	1.97
25492848--25492895	25	1.9	25	87	8	71	25	18	29	27	1.98
25493532--25493579	25	1.9	25	91	8	80	25	20	29	25	1.99
25492368--25493821	684	2.1	684	95	0	2595	23	31	26	18	1.98
25493895--25493946	26	2.0	26	92	0	86	25	13	28	32	1.93
25494648--25495012	159	2.3	158	82	5	407	24	29	26	20	1.99
25496668--25496720	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25498007--25498058	25	2.0	26	92	3	88	25	21	26	26	1.99
25499094--25500073	368	2.7	367	78	8	923	23	29	26	20	1.99
25501212--25501264	26	2.0	26	85	0	70	26	16	28	28	1.97
25502096--25503408	355	3.7	353	82	4	1466	23	28	26	21	1.99
25502614--25502666	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
25502964--25503016	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25503331--25503383	26	2.0	26	82	7	63	26	22	22	28	1.99
25504923--25504975	26	2.0	26	85	7	72	30	15	24	30	1.95
25505107--25505159	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25504764--25505231	184	2.5	184	79	3	514	24	26	27	20	1.99
25506323--25506375	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25507879--25507931	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
25508723--25509560	368	2.3	360	83	5	1059	25	29	24	20	1.99
25509480--25509532	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
25510664--25510714	26	2.0	26	84	0	66	25	17	27	29	1.98
25511744--25511813	26	2.7	26	95	0	122	28	18	25	27	1.98
25512263--25512315	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25512955--25513005	26	2.0	26	88	0	75	25	15	29	29	1.96
25513903--25513955	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
25514268--25514319	26	2.0	25	88	3	77	25	17	28	28	1.97
25515393--25515891	158	3.2	157	76	6	481	22	27	28	21	1.99
25516590--25516642	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25515685--25516710	355	2.9	354	79	5	1116	23	27	27	21	1.99
25517579--25517633	26	2.1	27	89	3	85	34	20	23	21	1.97
25517512--25518405	367	2.4	368	81	2	1062	24	29	24	20	1.99
25518427--25520522	720	2.9	719	91	2	3277	27	22	22	27	1.99
25520470--25520971	158	3.2	157	73	6	422	24	29	26	19	1.98
25520945--25520997	26	2.0	26	89	7	81	26	22	26	24	2.00
25522675--25522727	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
25523410--25523459	26	1.9	26	95	0	91	26	20	28	26	1.99
25522653--25523856	368	3.3	368	88	2	1638	23	28	26	21	1.99
25523778--25523830	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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