genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  271  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26204476--26204528	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26204789--26204840	26	2.0	26	85	7	70	26	19	23	30	1.98
26204814--26205314	158	3.2	156	76	7	456	22	29	27	19	1.98
26205289--26205339	26	2.0	26	92	0	84	27	19	27	25	1.99
26205125--26206099	353	2.7	354	79	5	1069	24	29	26	20	1.99
26205640--26205690	26	2.0	26	92	0	84	29	19	25	25	1.99
26207383--26207435	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
26207738--26207790	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26207239--26208230	368	2.8	351	77	8	1020	23	28	26	21	1.99
26208106--26208158	26	2.0	26	85	0	70	26	11	28	33	1.91
26209012--26209064	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
26209366--26209418	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
26209732--26209782	26	2.0	26	96	0	93	25	15	31	27	1.96
26208852--26209822	366	2.7	360	79	5	1070	24	29	26	20	1.99
26209574--26210041	184	2.6	182	81	3	562	24	28	27	19	1.99
26210346--26210710	158	2.3	158	80	3	410	24	30	27	18	1.98
26210346--26210768	159	2.7	159	78	4	363	23	29	29	17	1.97
26211189--26211241	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26211047--26211491	184	2.4	183	85	2	586	24	26	26	22	2.00
26212131--26212629	158	3.2	157	76	7	497	24	30	26	19	1.98
26212606--26212655	26	2.0	26	84	4	66	30	18	20	32	1.96
26212716--26213325	329	1.8	331	82	2	794	22	30	26	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26213307--26213359	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
26214106--26214841	342	2.2	335	81	9	814	24	28	26	20	1.99
26215778--26216644	367	2.4	366	83	3	1050	22	29	28	19	1.98
26217178--26217230	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26218188--26218240	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
26219316--26219806	159	3.1	158	76	4	458	23	29	27	19	1.98
26220147--26220199	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
26219555--26220202	355	1.9	344	84	4	868	22	30	27	20	1.98
26219475--26220271	354	2.3	341	78	8	834	24	28	27	19	1.99
26220881--26220931	26	2.0	26	85	14	70	27	11	25	35	1.91
26221168--26222200	366	2.9	367	80	5	1036	24	28	25	21	1.99
26221956--26222008	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26221136--26222033	366	2.4	366	81	3	1063	25	28	25	21	1.99
26222799--26222848	26	1.9	26	91	0	82	26	20	30	24	1.98
26222576--26223611	367	2.8	367	83	3	1280	22	29	27	20	1.98
26224449--26224500	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
26224445--26225283	367	2.3	364	82	4	1006	23	26	27	22	2.00
26226411--26226460	26	1.9	26	91	0	82	30	14	28	28	1.95
26226778--26226830	26	2.0	26	92	7	90	24	20	26	28	1.99
26227536--26228038	158	3.2	157	77	6	471	23	30	27	18	1.98
26228012--26228064	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
26228120--26228637	287	1.8	285	84	2	707	22	31	27	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26228666--26228718	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
26228530--26228876	184	1.9	184	83	1	453	24	28	25	21	1.99
26229166--26229218	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
26229012--26229970	359	2.6	359	81	4	1027	24	28	26	19	1.98
26229893--26229945	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
26230518--26231014	157	3.2	157	75	6	493	25	29	26	18	1.98
26230990--26231040	26	2.0	26	88	0	75	27	17	27	27	1.98
26231334--26231384	26	2.0	26	92	0	84	27	17	29	25	1.98
26231691--26231743	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
26232312--26232775	159	2.9	159	76	7	395	24	31	25	18	1.98
26232789--26232841	26	2.0	26	88	0	79	26	15	28	30	1.96
26232902--26233488	311	1.9	311	84	3	788	21	29	26	21	1.99
26235267--26235610	159	2.2	157	76	5	332	21	27	29	22	1.99
26235584--26235636	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26235330--26236262	355	2.6	355	81	4	969	22	29	28	19	1.98
26237173--26237228	26	2.2	26	93	0	94	25	21	26	26	1.99
26237772--26237824	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26238118--26238170	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26237611--26238578	346	2.7	352	83	6	1188	22	28	29	19	1.98
26238486--26238538	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
26239232--26239733	159	3.2	158	76	6	410	21	29	28	20	1.98
26239707--26239759	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26239391--26240144	354	2.2	343	81	6	858	22	28	28	20	1.99
26240062--26240114	26	2.0	26	88	0	79	30	16	24	28	1.97
26241280--26241332	26	2.0	26	92	0	88	22	16	30	30	1.96
26241623--26241675	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
26240964--26241726	343	2.2	342	85	2	1021	24	29	26	19	1.98
26241718--26241752	13	2.7	13	100	0	70	17	22	54	5	1.64
26242002--26242053	26	2.0	26	85	7	70	28	17	25	28	1.97
26242358--26242410	26	2.0	26	89	7	81	26	18	28	26	1.98
26241027--26244542	356	10.0	356	71	14	1545	23	28	27	20	1.99
26243401--26243452	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
26242565--26244606	689	2.9	685	82	4	2297	24	26	27	21	1.99
26244093--26244145	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
26244449--26244501	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26245196--26245633	158	2.8	158	76	5	427	25	30	25	18	1.98
26245672--26245751	26	3.1	26	90	0	124	25	21	26	27	1.99
26249676--26249728	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
26250177--26250229	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
26250351--26250748	157	2.5	157	73	7	349	23	29	25	20	1.99
26250861--26250911	26	2.0	26	92	0	84	27	15	27	29	1.96
26251687--26251739	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
26251713--26252209	157	3.2	155	73	7	455	24	29	27	18	1.98
26252184--26252235	26	2.0	26	88	3	79	25	19	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26253261--26253313	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
26253751--26253803	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
26254120--26254172	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
26257737--26257789	26	2.0	26	82	7	63	28	18	24	28	1.98
26257763--26258265	159	3.2	157	72	8	437	23	28	27	21	1.99
26258239--26258291	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
26259322--26259372	26	2.0	26	88	7	77	27	15	27	29	1.96
26259348--26259796	159	2.8	158	76	6	419	23	28	28	19	1.98
26260947--26261314	158	2.3	158	81	6	440	23	30	27	17	1.97
26260947--26261366	159	2.6	158	78	5	436	24	30	27	17	1.97
26261779--26261831	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
26262529--26263184	158	4.2	155	74	8	527	24	27	27	20	1.99
26263158--26263210	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
26263526--26263578	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
26263156--26263985	356	2.3	360	83	4	1019	24	28	26	19	1.99
26263882--26263931	26	1.9	26	88	8	75	32	20	24	24	1.98
26265473--26265525	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26264919--26265909	354	2.8	353	82	4	1121	23	28	27	20	1.99
26265827--26265879	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26266144--26266197	27	2.0	26	86	10	74	27	22	24	25	2.00
26266774--26266798	11	2.3	11	100	0	50	16	40	24	20	1.91
26266901--26267333	159	2.7	159	79	4	487	23	30	28	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26267367--26267428	26	2.4	26	94	0	115	20	20	29	29	1.98
26267744--26267796	26	2.0	26	85	7	72	28	15	26	30	1.96
26267196--26268236	355	2.9	351	79	6	1006	23	29	26	20	1.99
26267964--26268312	184	1.9	184	86	1	493	23	28	27	20	1.99
26268600--26268652	26	2.0	26	85	0	70	26	20	24	28	1.99
26268969--26269019	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
26268459--26269416	367	2.6	367	82	2	1071	23	28	26	21	1.99
26269334--26269386	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
26270908--26270960	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
26270652--26271337	366	1.9	367	81	2	833	23	27	25	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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