genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.313.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29333989--29334461	159	3.0	157	78	7	501	23	29	27	19	1.98
29333921--29334410	159	3.1	158	78	6	544	23	30	27	18	1.98
29334435--29334487	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29333274--29336115	685	4.2	670	77	8	2525	23	29	27	20	1.98
29335107--29335185	26	3.0	26	90	0	122	25	20	27	26	1.99
29334948--29335340	210	1.9	210	84	5	535	24	27	25	21	1.99
29335231--29335783	159	3.5	158	81	6	591	21	31	29	18	1.97
29335793--29335844	25	2.0	26	88	3	79	25	15	28	30	1.96
29336150--29336218	24	2.8	25	89	8	106	33	17	21	27	1.96
29336199--29336696	157	3.2	156	75	8	458	22	28	27	21	1.99
29336672--29336722	26	2.0	26	92	0	84	27	17	29	25	1.98
29343346--29343793	159	2.8	156	74	7	411	24	28	26	19	1.99
29344408--29344829	158	2.7	157	81	3	479	24	27	28	19	1.98
29344241--29344844	159	3.8	157	78	5	491	24	28	26	20	1.99
29345780--29346403	196	3.2	192	78	8	653	22	27	27	22	1.99
29346181--29346233	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
29345995--29346341	184	1.9	184	84	2	464	23	27	27	21	1.99
29345616--29346403	380	2.1	378	86	2	1078	23	27	26	22	1.99
29346336--29346635	159	1.9	159	82	5	374	24	29	28	18	1.98
29347843--29348338	159	3.1	158	79	6	556	23	29	27	19	1.98
29349201--29349253	26	2.0	26	85	0	70	24	16	26	32	1.97
29349643--29349695	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29350141--29350193	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
29350283--29350775	158	3.1	160	79	5	561	21	30	29	18	1.97
29350749--29350801	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
29351788--29351840	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
29351629--29352193	184	3.0	185	77	10	617	24	28	25	21	1.99
29352009--29352389	159	2.4	157	79	4	426	23	28	28	19	1.98
29352484--29352536	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
29359644--29359672	12	2.4	12	100	0	58	6	31	27	34	1.83
29359709--29359761	26	2.0	26	88	0	79	30	22	22	24	1.99
29360774--29360826	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
29360799--29361244	159	2.8	158	78	5	463	22	30	28	18	1.97
29361276--29361325	26	1.9	26	91	0	82	32	16	26	26	1.96
29361638--29362037	186	2.2	184	83	2	507	24	29	25	20	1.99
29361851--29362299	160	2.8	158	79	4	490	20	29	29	20	1.98
29362331--29362386	26	2.2	26	100	0	112	23	14	30	32	1.94
29363023--29363732	158	4.4	157	73	6	530	21	30	28	20	1.98
29363021--29363635	158	3.9	157	75	6	547	21	30	28	20	1.98
29363023--29363801	317	2.4	316	81	5	891	21	30	28	20	1.98
29363839--29363891	26	2.0	26	89	7	81	30	16	24	28	1.97
29363865--29364294	159	2.7	157	77	5	443	24	30	26	18	1.98
29364475--29364527	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
29364501--29364997	159	3.1	157	75	6	412	24	31	26	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29366455--29366926	158	3.0	156	76	6	482	22	29	27	20	1.98
29366908--29366960	26	2.0	26	85	0	70	26	13	26	33	1.93
29367118--29367612	158	3.1	155	75	8	392	24	29	26	19	1.99
29365734--29368230	685	3.6	675	79	6	2190	23	28	26	20	1.99
29367091--29367534	158	2.8	158	76	7	443	25	29	27	18	1.98
29367091--29367546	159	2.9	158	75	6	458	25	30	26	17	1.98
29367593--29367645	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
29368435--29368513	26	3.0	26	88	0	122	26	15	27	30	1.96
29368289--29368671	210	1.8	210	89	2	599	22	26	27	23	1.99
29367972--29368987	527	1.9	527	81	4	1217	23	29	27	20	1.99
29368499--29369107	317	1.9	317	78	4	665	22	30	28	17	1.97
29368486--29369148	159	4.2	159	80	5	614	22	29	28	19	1.98
29369121--29369173	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
29369485--29369537	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
29369510--29369880	158	2.4	158	78	6	396	22	30	27	19	1.98
29369986--29370036	26	2.0	26	84	7	68	27	15	31	25	1.96
29376639--29377093	159	2.9	158	76	5	346	23	29	27	20	1.99
29377116--29377166	26	2.0	26	96	0	93	27	19	25	27	1.99
29377523--29377968	158	2.8	156	81	4	518	24	29	27	18	1.98
29377997--29378049	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
29379120--29379172	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29378892--29379526	196	3.3	194	79	7	706	22	28	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29379304--29379356	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
29379118--29379464	184	1.9	184	84	2	473	23	28	27	20	1.99
29378739--29379526	380	2.1	378	87	2	1123	22	28	26	21	1.99
29379817--29379868	26	2.0	26	96	0	95	25	15	28	30	1.96
29380534--29380586	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
29380744--29380796	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
29381659--29381711	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
29382160--29382212	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29382527--29382579	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
29383052--29383104	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29383233--29383569	159	2.1	158	79	4	365	23	28	28	19	1.98
29383550--29383602	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
29383391--29384140	184	4.0	184	80	7	776	22	28	28	20	1.99
29383733--29383785	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29384462--29384513	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
29384815--29384867	26	2.0	26	89	7	81	26	18	28	26	1.98
29385538--29385590	26	2.0	26	85	7	72	30	22	22	24	1.99
29385878--29385929	26	2.0	26	88	7	79	28	15	21	34	1.94
29386590--29386642	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
29386085--29387081	501	2.0	501	79	3	1078	23	30	26	19	1.98
29386615--29387242	158	4.0	157	79	4	611	23	30	27	18	1.98
29386616--29387275	317	2.1	316	82	2	797	24	30	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29387969--29388046	26	3.0	26	94	3	131	30	15	23	30	1.95
29388338--29388390	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29388535--29388587	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
29388309--29388694	197	2.0	197	83	2	497	23	29	26	21	1.99
29389037--29389089	26	2.0	26	85	0	70	28	22	22	26	1.99
29389417--29389468	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
29389443--29390100	158	4.2	158	79	2	572	23	30	27	18	1.98
29390074--29390126	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
29390515--29390570	26	2.2	26	83	0	67	26	17	25	30	1.97
29392401--29392451	26	2.0	26	88	0	75	29	11	27	31	1.92
29392427--29393080	317	2.1	314	81	2	754	23	29	26	19	1.98
29394121--29394178	26	2.2	27	84	3	73	25	15	27	31	1.96
29394358--29395170	159	5.1	155	75	6	492	24	30	26	18	1.98
29394358--29395170	317	2.6	315	82	2	957	24	30	26	18	1.98
29396126--29396178	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
29396283--29396315	15	2.2	15	100	0	66	0	27	27	45	1.54
29396336--29396388	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
29396741--29397225	169	2.8	171	76	7	464	22	29	26	20	1.99
29397088--29397453	159	2.3	158	76	8	357	23	30	25	19	1.98
29397432--29397485	26	2.0	27	89	3	83	25	18	27	27	1.98
29398498--29398550	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
29398694--29398772	26	3.0	26	90	3	124	29	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29399218--29399270	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
29399060--29399799	184	4.0	185	80	4	744	22	28	27	21	1.99
29399588--29399640	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
29400078--29400130	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29400433--29400485	26	2.0	26	85	7	72	26	20	28	24	1.99
29400845--29400897	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
29401761--29402119	158	2.3	158	82	2	445	24	27	25	22	2.00
29401761--29402271	159	3.2	155	78	6	440	24	28	25	21	1.99
29402384--29402462	26	3.0	25	87	7	104	26	15	26	31	1.95
29404197--29404229	11	3.0	11	90	0	57	18	33	27	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402