genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  270  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26126994--26127046	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26127350--26127402	26	2.0	26	92	7	90	22	20	26	30	1.98
26126407--26127453	356	2.9	355	82	3	1266	22	29	27	20	1.98
26128890--26128945	26	2.2	26	93	0	94	25	19	25	30	1.98
26130469--26130521	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
26129952--26130931	368	2.7	368	85	2	1249	22	28	27	20	1.99
26131584--26132084	158	3.2	158	78	7	502	22	28	27	20	1.99
26132059--26132110	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
26133183--26133235	26	2.0	26	88	0	79	20	20	32	26	1.98
26133932--26134433	158	3.2	158	74	3	461	23	30	27	18	1.98
26134407--26134458	25	2.0	26	88	3	79	26	23	23	26	2.00
26135631--26137482	353	5.3	353	82	3	2015	23	29	26	20	1.99
26136302--26136353	26	2.0	26	88	0	77	25	15	28	30	1.96
26136652--26136704	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
26137358--26137410	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
26138081--26138133	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
26138106--26138542	159	2.8	158	75	5	405	24	32	26	17	1.97
26138582--26138634	26	2.0	26	85	0	70	24	15	28	32	1.95
26139487--26139539	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
26140117--26140143	11	2.5	11	100	0	54	7	33	33	25	1.84
26140675--26140727	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26141425--26141850	159	2.7	158	78	3	399	22	30	28	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26141425--26141923	158	3.1	156	75	4	478	22	29	28	20	1.98
26142266--26142318	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
26143027--26143079	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26144787--26144839	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26145142--26145194	26	2.0	26	85	0	70	24	20	26	28	1.99
26145510--26145562	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
26144754--26145596	368	2.3	355	82	4	992	24	29	25	20	1.99
26146521--26146570	21	2.4	21	93	0	82	8	50	26	16	1.72
26148806--26149306	158	3.2	157	75	7	476	23	32	26	17	1.97
26149973--26150025	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
26151352--26151404	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26151988--26152036	11	4.5	11	89	0	71	16	30	30	22	1.96
26152974--26153026	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
26153695--26153747	26	2.0	26	89	7	81	26	16	26	30	1.97
26154538--26154590	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
26155259--26155311	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
26155599--26156560	356	2.7	361	81	5	1080	23	29	27	19	1.98
26156206--26156231	13	2.0	13	100	0	52	23	23	46	7	1.78
26156477--26156529	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26157225--26157656	159	2.7	159	75	3	422	23	28	28	18	1.98
26157702--26157753	25	2.0	26	85	3	70	26	17	25	30	1.97
26157504--26158529	367	2.8	367	84	3	1314	22	29	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26158436--26158491	26	2.2	26	90	6	87	25	21	25	28	1.99
26159158--26159210	26	2.0	26	82	7	63	28	18	24	28	1.98
26159660--26159712	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
26159962--26160014	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26160002--26160177	97	1.8	97	81	4	221	27	25	28	18	1.98
26160912--26160967	26	2.2	26	93	0	94	25	17	26	30	1.97
26160378--26161016	352	1.8	355	83	2	847	22	28	28	20	1.98
26162144--26162196	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
26163272--26163653	159	2.4	157	78	3	390	25	30	26	17	1.98
26163706--26163758	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26164074--26164124	26	2.0	26	88	0	75	29	17	25	27	1.98
26164991--26165325	159	2.1	159	77	4	343	25	29	26	18	1.98
26166216--26166550	159	2.1	159	77	4	343	25	29	26	18	1.98
26167733--26167785	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
26168088--26168140	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
26167539--26168903	368	3.8	361	81	4	1504	22	28	27	21	1.99
26168456--26168508	26	2.0	26	85	0	70	24	20	26	28	1.99
26168822--26168874	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
26170002--26170054	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
26170370--26170422	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26171092--26171141	26	1.9	26	88	8	75	28	16	26	30	1.96
26171282--26171329	25	1.9	25	95	0	87	22	20	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26171644--26171696	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
26172565--26172612	25	1.9	25	91	0	78	22	18	31	27	1.97
26172928--26172980	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
26173686--26174020	159	2.1	159	83	3	415	25	30	23	20	1.99
26173994--26174046	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26174982--26175034	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26174784--26175811	368	2.8	366	82	4	1214	21	28	28	21	1.99
26176318--26176369	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
26176123--26177104	355	2.8	342	81	4	993	24	28	26	20	1.99
26176672--26176724	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
26176265--26177107	343	2.4	346	81	4	942	24	28	25	21	1.99
26177015--26177064	26	1.9	26	87	0	73	28	16	28	28	1.97
26178770--26178822	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
26180348--26180400	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
26179800--26180452	354	1.8	354	80	3	796	24	28	26	21	1.99
26181071--26181122	25	2.0	26	85	10	72	26	21	25	26	1.99
26182522--26182573	26	2.0	26	88	7	79	26	17	23	32	1.96
26183272--26183676	159	2.5	159	80	3	413	25	30	26	18	1.98
26183715--26183767	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26184615--26184643	12	2.4	12	100	0	58	41	20	24	13	1.89
26185318--26185370	26	2.0	26	85	7	72	26	13	28	32	1.93
26185686--26185743	26	2.2	27	84	9	75	27	20	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26186740--26186790	26	2.0	26	92	0	84	25	13	29	31	1.94
26188258--26188310	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26188627--26188676	25	2.0	25	92	0	82	28	16	28	28	1.97
26189459--26189758	158	1.9	158	79	4	336	24	31	25	19	1.98
26190285--26190337	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26190644--26190693	26	1.9	26	91	0	82	28	16	28	28	1.97
26191280--26191327	11	4.4	11	81	0	60	16	31	33	18	1.94
26191280--26191329	22	2.3	22	92	0	82	16	30	34	20	1.94
26192264--26192316	26	2.0	26	88	0	79	24	18	30	26	1.98
26191845--26192614	368	2.1	368	81	2	886	23	30	26	19	1.98
26192596--26192652	25	2.2	26	90	3	89	19	36	17	26	1.94
26193413--26193915	158	3.2	157	78	6	516	23	30	27	19	1.98
26193703--26194569	368	2.4	366	82	3	1051	23	30	26	19	1.98
26195245--26195747	158	3.2	157	74	6	431	23	29	26	19	1.98
26195721--26195773	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26196089--26196141	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26195544--26196910	367	3.7	367	87	2	1884	22	29	27	20	1.99
26196455--26196507	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26196822--26196874	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26197555--26197607	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
26197580--26197961	159	2.4	160	77	2	394	24	30	27	17	1.97
26198057--26198109	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26198082--26198425	159	2.2	158	80	8	403	25	30	25	18	1.98
26198401--26198451	26	2.0	26	88	0	75	27	17	25	29	1.98
26199675--26199724	26	1.9	26	88	8	75	28	20	26	26	1.99
26199700--26200135	158	2.8	157	73	9	409	22	29	28	19	1.98
26201126--26201178	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
26201687--26202017	157	2.1	158	81	6	377	24	28	25	21	1.99
26203019--26203071	26	2.0	26	85	0	70	26	22	24	26	2.00
26204120--26204172	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26202841--26204554	738	2.4	708	78	7	1669	24	28	26	21	1.99
26202841--26204553	356	4.7	356	78	5	1463	23	28	26	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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