genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  171  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18875618--18875668	26	2.0	26	88	7	77	33	15	23	27	1.95
18875299--18875683	170	2.2	170	83	4	468	27	28	24	20	1.99
18875299--18875739	175	2.6	169	79	6	467	27	27	25	19	1.99
18875909--18875961	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
18876084--18876392	158	1.9	159	81	4	374	22	27	27	21	1.99
18877669--18877721	26	2.0	26	85	7	72	28	16	28	26	1.97
18878170--18878222	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18878367--18878419	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
18877658--18878933	698	1.8	696	80	4	1512	24	27	25	21	2.00
18878868--18878920	26	2.0	26	85	0	70	24	15	28	32	1.95
18879578--18879630	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18879886--18879938	26	2.0	26	85	0	70	24	15	28	32	1.95
18880530--18880582	26	2.0	26	82	13	65	26	18	24	30	1.98
18881026--18881078	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18881260--18881780	159	3.3	159	76	3	438	23	29	26	20	1.99
18881867--18881916	26	1.9	26	84	8	66	26	18	26	30	1.98
18881962--18881988	13	2.1	13	100	0	54	22	18	44	14	1.86
18882090--18882142	26	2.0	26	85	7	72	32	15	24	28	1.95
18882115--18882617	158	3.2	159	78	4	469	22	30	27	19	1.98
18882591--18882643	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
18882972--18883024	26	2.0	26	89	7	81	30	16	24	28	1.97
18883473--18883525	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18883669--18883721	26	2.0	26	89	7	81	33	18	18	28	1.95
18882924--18884253	697	1.9	699	81	6	1595	24	26	26	22	2.00
18884886--18884938	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
18885228--18885280	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
18885912--18886416	158	3.2	157	77	5	514	23	30	25	20	1.98
18886387--18886439	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
18887797--18887849	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
18888004--18888056	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
18888032--18888460	159	2.7	158	80	3	468	22	29	29	18	1.97
18888506--18888558	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18888809--18889254	159	2.8	158	77	4	407	23	31	27	17	1.97
18889284--18889335	25	2.0	26	88	3	79	30	19	21	28	1.97
18889125--18889494	183	2.0	184	83	5	462	24	28	25	21	1.99
18889309--18889710	159	2.5	157	76	4	360	25	28	25	20	1.99
18888811--18889938	500	2.3	500	81	3	1225	24	29	25	20	1.99
18891993--18892045	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18892726--18892778	26	2.0	26	85	7	72	32	22	18	26	1.97
18892751--18893052	157	1.9	156	83	4	385	21	30	27	19	1.98
18892751--18893092	157	2.2	157	80	6	372	22	29	27	20	1.99
18893066--18893118	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18893262--18893314	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
18893060--18893422	196	1.9	196	84	1	494	23	26	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18893288--18893789	158	3.2	155	78	8	485	22	30	27	19	1.98
18893763--18893815	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
18893973--18894025	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18892752--18894183	711	2.0	694	82	4	1746	23	28	27	21	1.99
18893970--18894577	184	3.2	183	71	14	513	25	26	26	22	2.00
18893604--18894577	394	2.5	393	84	2	1247	23	27	27	21	1.99
18894367--18894419	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18894393--18894894	158	3.2	156	77	7	512	23	29	26	20	1.99
18894868--18894920	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
18895078--18895130	26	2.0	26	89	7	81	30	15	22	32	1.94
18893998--18896357	711	3.4	701	81	5	2554	23	28	26	20	1.99
18895103--18896280	158	7.2	157	69	12	522	23	29	27	19	1.98
18895579--18895634	26	2.2	26	93	0	94	23	19	28	28	1.98
18895744--18896216	159	3.0	158	76	2	500	22	30	27	18	1.97
18903421--18903473	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
18903446--18904127	317	2.2	317	82	2	796	23	30	27	18	1.98
18903446--18904264	158	5.2	158	76	4	724	23	30	27	18	1.98
18904619--18904671	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
18912076--18912128	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
18913791--18914241	159	2.9	159	74	4	383	22	29	28	19	1.98
18914223--18914278	26	2.2	26	90	0	85	26	17	25	30	1.97
18914934--18915332	158	2.5	157	77	6	383	23	29	28	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18915385--18915437	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18916049--18916101	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18916404--18916456	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
18916761--18916810	26	1.9	26	95	0	91	28	22	24	26	1.99
18916787--18917289	159	3.2	157	79	5	521	23	29	27	19	1.98
18917263--18917315	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
18917986--18918038	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
18918011--18918457	159	2.8	158	76	4	434	23	31	28	17	1.97
18918487--18918538	25	2.0	26	92	3	88	25	21	26	26	1.99
18919500--18919555	26	2.2	26	90	6	87	32	19	21	26	1.97
18919342--18919710	184	2.0	183	83	4	465	24	28	26	20	1.99
18920000--18920052	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
18920715--18920766	26	2.0	25	96	3	95	28	21	23	26	1.99
18921929--18921978	26	1.9	26	84	8	66	32	18	22	28	1.97
18923372--18923918	157	3.5	154	76	7	469	22	31	26	19	1.98
18923430--18923918	157	3.1	157	76	5	492	22	31	26	19	1.98
18923928--18923980	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
18924633--18924685	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
18925466--18925518	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
18935244--18935296	26	2.0	26	82	7	63	32	18	20	28	1.97
18936113--18936165	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
18934705--18936719	869	2.3	877	82	2	2444	23	29	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18936138--18936640	158	3.2	158	78	6	493	22	30	27	19	1.98
18937338--18937388	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
18937681--18937733	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
18938379--18938429	26	2.0	26	84	7	68	27	21	25	25	1.99
18938054--18939115	514	2.1	512	77	5	1068	23	29	26	20	1.99
18938888--18939243	196	1.8	196	79	3	421	26	26	25	21	1.99
18939113--18939522	158	2.6	158	80	4	468	25	30	26	17	1.97
18939588--18939638	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
18939994--18940420	159	2.7	158	81	4	500	23	30	27	17	1.97
18941138--18941190	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18941679--18941731	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18942205--18942257	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18941631--18942661	526	2.0	513	83	5	1302	23	30	25	20	1.98
18942230--18942670	159	2.8	158	81	3	492	23	30	27	18	1.98
18942718--18942784	26	2.6	26	100	0	134	26	16	25	31	1.96
18943807--18943859	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
18944331--18944383	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
18944687--18944739	26	2.0	26	96	0	97	28	20	22	28	1.99
18944331--18945056	343	2.1	353	80	5	814	23	30	26	19	1.98
18944712--18945214	158	3.2	158	80	5	566	23	32	27	17	1.97
18943649--18945269	857	1.9	867	81	5	1970	23	29	26	20	1.99
18945714--18945749	12	2.9	12	91	4	54	36	19	30	13	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18945918--18945970	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18945920--18946597	343	2.0	343	82	3	837	23	29	27	19	1.98
18946286--18946787	158	3.2	158	75	9	452	23	29	26	20	1.99
18952599--18953164	196	3.0	183	77	9	645	23	30	26	19	1.98
18952954--18953006	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
18952979--18953353	158	2.4	158	82	4	450	23	31	27	17	1.97
18953456--18953506	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
18953823--18953873	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
18953270--18953961	367	1.9	356	81	6	827	23	29	26	20	1.99
18952783--18954738	866	2.3	861	84	5	2462	23	29	26	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402