genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.295.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  295  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27971664--27972006	158	2.2	157	81	5	390	22	31	27	18	1.97
27971980--27972030	26	2.0	26	92	7	86	27	19	25	27	1.99
27973034--27973086	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27973757--27973809	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27973033--27974543	724	2.1	724	98	0	2904	26	22	23	26	2.00
27974481--27974531	26	2.0	26	92	7	86	31	19	21	27	1.97
27974556--27975065	157	3.2	158	77	5	485	22	30	26	20	1.98
27975114--27975166	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
27975598--27975657	26	2.4	26	86	5	79	26	16	26	30	1.97
27975630--27975997	170	2.2	170	79	4	393	24	30	25	20	1.99
27975971--27976022	26	2.0	26	85	7	70	30	17	25	26	1.97
27976130--27976182	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
27976863--27976915	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27977601--27977999	158	2.5	159	83	4	457	23	29	28	18	1.98
27977441--27978007	159	3.6	159	77	6	542	23	30	28	17	1.97
27977441--27978104	159	4.2	158	76	8	390	22	30	27	19	1.98
27978075--27978127	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
27976888--27979007	869	2.4	870	81	3	2440	22	28	27	20	1.99
27978589--27978886	159	1.9	159	83	4	386	23	27	28	19	1.99
27978478--27978888	159	2.6	159	79	4	384	24	26	28	20	1.99
27979300--27979352	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
27980022--27980074	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27980020--27980674	342	1.9	344	80	3	766	24	28	26	21	1.99
27980400--27980752	159	2.2	158	82	2	413	25	29	25	20	1.99
27980866--27980918	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
27981062--27981114	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27981245--27981297	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
27982114--27982165	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
27982831--27982883	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
27984091--27984688	158	3.8	157	75	4	572	22	30	27	18	1.97
27984080--27984690	317	1.9	316	83	1	792	22	30	28	18	1.97
27984236--27985203	515	1.9	513	83	2	1269	23	30	27	19	1.98
27984749--27985168	159	2.6	156	77	6	439	24	29	27	18	1.98
27985937--27985989	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
27986130--27986425	159	1.9	158	84	3	398	24	32	26	15	1.96
27986616--27987148	159	3.4	154	75	8	432	23	30	26	20	1.98
27985962--27987606	684	2.4	681	89	1	2446	23	29	27	20	1.99
27987298--27988235	475	2.0	475	79	4	1021	23	29	26	20	1.99
27987298--27988244	159	6.0	157	73	7	567	23	29	26	20	1.99
27988282--27988332	26	2.0	26	84	0	66	29	19	23	27	1.98
27989018--27989457	159	2.8	158	76	3	438	22	29	27	19	1.98
27992485--27992537	26	2.0	26	92	7	90	30	18	24	26	1.98
27993367--27993419	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
27993344--27993697	195	1.8	197	84	3	491	24	27	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27994430--27994482	26	2.0	26	92	7	90	28	22	22	26	1.99
27993405--27995913	868	2.9	864	84	2	3150	23	29	25	21	1.99
27994456--27994819	158	2.3	158	77	7	378	22	29	27	20	1.99
27994931--27994986	26	2.2	26	90	0	85	25	17	25	32	1.97
27995796--27995848	26	2.0	26	88	0	79	30	20	20	28	1.98
27996531--27996583	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
27996768--27997196	159	2.7	159	77	4	443	23	31	27	17	1.97
27997463--27997842	158	2.4	158	79	3	415	22	29	28	19	1.98
27996731--27998019	696	1.8	698	84	2	1768	23	29	27	20	1.98
27997938--27997990	26	2.0	26	82	7	63	30	18	22	28	1.98
27998660--27998711	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
27999001--27999053	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
27999921--28000420	159	3.2	156	79	5	549	23	30	26	19	1.98
28000394--28000446	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28001116--28001168	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
28002062--28002509	159	2.8	157	78	7	458	22	28	28	19	1.98
28003327--28003614	157	1.8	157	81	3	355	20	30	29	19	1.97
28003821--28004108	159	1.8	157	82	0	333	25	29	27	17	1.97
28004321--28004376	28	2.0	27	86	3	76	30	17	23	28	1.97
28005388--28005440	26	2.0	26	88	0	79	24	22	30	22	1.99
28005766--28005818	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
28005792--28006396	158	3.8	157	76	6	495	23	28	28	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28006449--28006811	171	2.1	171	80	6	403	22	31	26	18	1.97
28007998--28008051	26	2.1	26	89	6	83	29	20	22	27	1.98
28008024--28008492	159	3.0	157	79	5	516	23	30	26	20	1.99
28008500--28008552	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
28014325--28014377	26	2.0	26	85	7	72	33	20	20	24	1.97
28014351--28014757	160	2.6	159	77	7	357	24	28	28	18	1.98
28014810--28014861	26	2.0	26	88	7	79	26	17	26	28	1.97
28015176--28015228	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
28015674--28015734	27	2.4	26	86	8	81	21	24	26	27	1.99
28017615--28017667	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
28018381--28018433	26	2.0	26	82	7	63	26	16	24	32	1.97
28019047--28019098	26	2.0	26	84	0	68	26	13	28	30	1.94
28019780--28019830	26	2.0	25	96	3	93	31	19	21	27	1.97
28020131--28020182	26	2.0	25	88	3	77	28	19	21	30	1.97
28020631--28020683	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28021236--28021287	26	2.0	26	88	0	77	28	17	26	26	1.97
28021868--28021896	11	2.6	11	100	0	58	13	31	27	27	1.94
28021970--28022022	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28022314--28022364	26	2.0	26	88	0	75	25	15	27	31	1.96
28022522--28022577	26	2.2	26	90	6	87	28	17	23	30	1.97
28023024--28023076	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
28023430--28023499	20	3.2	20	72	27	70	32	18	20	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28023404--28023499	46	2.1	46	100	0	192	32	17	20	29	1.96
28023404--28023495	26	3.8	26	76	24	110	32	17	21	28	1.96
28024357--28024409	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28024382--28024726	159	2.2	158	81	3	399	22	32	27	17	1.96
28024700--28024752	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28025767--28025819	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28026490--28026542	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28026566--28027072	157	3.2	157	76	6	479	21	31	27	19	1.97
28027122--28027174	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28027623--28027675	26	2.0	26	85	0	70	28	16	26	28	1.97
28027990--28028042	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
28028503--28028830	175	1.9	175	80	1	388	26	25	26	21	1.99
28028971--28029022	26	2.0	26	88	0	77	25	17	26	30	1.97
28029140--28029192	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
28029865--28030279	158	2.6	157	73	6	399	23	27	28	19	1.99
28030340--28030392	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28030740--28031203	159	2.9	158	81	6	564	23	31	27	18	1.97
28031216--28031268	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28030668--28031990	693	1.9	700	81	4	1637	23	28	26	21	1.99
28031909--28031961	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
28032643--28032695	26	2.0	26	89	7	81	30	16	24	28	1.97
28033221--28033534	170	1.9	168	80	6	366	22	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28033560--28033638	26	3.0	26	92	3	133	29	18	24	27	1.98
28033611--28034055	159	2.8	158	77	6	459	23	29	28	19	1.98
28034087--28034139	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
28038166--28038218	26	2.0	26	86	13	74	28	20	24	26	1.99
28038970--28039020	26	2.0	26	88	7	77	35	15	21	27	1.94
28038996--28039337	157	2.2	159	80	7	376	25	30	24	19	1.98
28039311--28039363	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28039545--28040046	159	3.2	158	73	8	410	24	28	27	20	1.99
28039417--28040977	866	1.8	868	81	1	1995	23	27	26	21	1.99
28041631--28041937	159	1.9	158	81	7	363	23	32	27	16	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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