genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.381.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34655297--34655665	184	2.0	183	86	1	506	22	27	29	21	1.99
34655481--34655888	159	2.6	157	78	4	419	24	28	29	18	1.98
34656337--34656389	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
34656431--34656829	159	2.5	158	79	3	372	20	32	28	18	1.96
34654587--34656915	867	2.7	862	84	3	2914	22	29	27	20	1.98
34656838--34656890	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
34657459--34657511	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34659036--34659088	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34659061--34659562	159	3.2	156	78	8	498	22	30	28	19	1.98
34659536--34659588	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
34659738--34660095	186	1.9	184	81	2	430	22	29	25	21	1.99
34660388--34660440	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34661110--34661162	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34661135--34661598	159	2.9	158	75	8	352	21	31	29	18	1.97
34661136--34661637	158	3.2	157	73	8	451	21	30	28	19	1.98
34661611--34661663	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
34661955--34662007	26	2.0	26	88	0	79	28	15	26	30	1.96
34662677--34663142	159	2.9	158	75	4	375	24	29	27	19	1.98
34663521--34663573	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
34664021--34664073	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34670621--34670673	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34671121--34671173	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34671331--34671831	158	3.2	156	76	6	411	24	28	26	20	1.99
34671805--34671857	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
34670646--34672817	684	3.2	682	89	1	3014	24	29	26	20	1.99
34672015--34672515	158	3.2	156	78	7	492	24	29	26	19	1.98
34672489--34672541	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
34672872--34672924	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
34672898--34673392	158	3.1	157	78	6	489	22	29	27	20	1.98
34673372--34673425	26	2.0	27	89	3	83	25	18	27	27	1.98
34674093--34674145	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34674119--34674621	159	3.2	156	78	7	539	23	30	27	19	1.98
34674996--34675368	158	2.4	157	82	5	446	24	29	27	19	1.98
34674996--34675447	159	2.8	157	80	4	489	23	30	27	19	1.98
34675483--34675535	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34674768--34677098	514	4.6	508	74	11	1931	22	29	27	19	1.98
34675508--34675954	159	2.8	158	80	4	506	21	29	30	17	1.97
34675984--34676036	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
34676503--34677035	158	3.4	155	76	5	491	21	30	27	19	1.98
34676535--34676979	159	2.8	157	78	6	443	22	30	28	17	1.97
34677009--34677061	26	2.0	26	96	0	97	24	20	26	28	1.99
34677218--34677270	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34677719--34677769	26	2.0	26	88	0	75	29	17	23	29	1.97
34677402--34678149	342	2.2	343	83	3	898	24	28	27	19	1.98
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34677745--34679230	710	2.1	710	80	4	1679	24	28	26	20	1.99
34678980--34679032	26	2.0	26	82	7	63	32	18	20	28	1.97
34679447--34679499	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
34679657--34679709	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
34679829--34680354	158	3.3	159	74	7	383	23	30	26	19	1.98
34680328--34680380	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
34680169--34680502	184	1.8	184	81	2	420	23	29	27	19	1.98
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34680829--34680881	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
34681179--34681231	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
34681856--34681908	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
34682201--34682251	26	2.0	26	92	0	84	27	17	29	25	1.98
34682395--34682447	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
34682171--34682551	196	1.9	197	84	3	509	24	28	26	20	1.99
34682856--34682906	26	2.0	26	96	0	93	27	19	25	27	1.99
34683333--34683623	159	1.8	157	79	5	336	22	29	27	20	1.99
34683742--34683794	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
34684171--34684602	159	2.7	158	77	6	424	22	31	27	18	1.97
34684647--34684699	26	2.0	26	88	0	79	24	22	26	26	2.00
34685396--34685898	159	3.2	158	74	7	385	22	30	27	19	1.98
34685872--34685924	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34685898--34686625	341	2.1	342	81	2	845	23	28	26	20	1.99
34687632--34687684	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34687657--34688086	159	2.7	156	80	6	429	23	29	27	18	1.98
34689423--34689475	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34689448--34689887	159	2.8	157	78	5	404	25	31	25	17	1.97
34689083--34690409	511	2.6	509	83	4	1529	24	30	25	19	1.98
34689970--34690391	159	2.7	158	79	4	440	23	31	27	17	1.97
34690434--34690486	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
34690808--34690857	26	1.9	26	92	8	84	30	20	26	24	1.98
34691161--34691210	26	1.9	26	92	8	84	32	20	22	26	1.98
34690126--34691467	353	3.8	348	76	10	1090	22	30	27	18	1.98
34691186--34691603	159	2.6	158	80	2	469	24	30	28	16	1.96
34691676--34691726	26	2.0	26	88	7	77	27	21	23	27	1.99
34690834--34692296	515	2.9	499	79	7	1393	23	30	27	19	1.98
34691702--34692206	159	3.2	159	74	12	408	23	28	27	20	1.99
34692179--34692232	26	2.0	27	89	3	83	27	20	25	25	1.99
34693174--34694194	159	6.5	158	75	6	759	18	28	29	22	1.98
34693139--34694211	316	3.4	315	81	2	1218	19	28	29	22	1.98
34694730--34695161	158	2.7	157	79	4	476	19	27	30	22	1.98
34696054--34696106	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34696776--34696828	26	2.0	26	82	7	63	28	22	18	30	1.98
34697709--34697761	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34697799--34698245	159	2.8	158	79	6	501	18	27	30	23	1.98
34696193--34698061	933	2.0	931	88	1	2814	25	24	24	25	2.00
34698059--34698607	185	3.0	182	84	4	665	21	26	28	23	1.99
34698395--34698447	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34698777--34698829	26	2.0	26	92	0	88	26	24	22	26	2.00
34698803--34699173	159	2.3	158	83	4	435	19	26	31	23	1.98
34699295--34699347	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
34700515--34700567	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
34700897--34700947	26	2.0	26	92	0	84	29	25	17	27	1.98
34700923--34701283	158	2.3	157	76	8	358	21	26	29	23	1.99
34702142--34702641	160	3.2	155	76	3	489	18	26	31	23	1.98
34702142--34702641	157	3.2	156	76	3	500	18	26	31	23	1.98
34702615--34702667	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
34702807--34702862	26	2.2	26	90	6	87	30	23	17	28	1.97
34702579--34703031	195	2.3	195	84	3	599	20	25	28	24	1.99
34703301--34703701	158	2.5	158	77	5	371	19	25	29	25	1.98
34703797--34703847	26	2.0	26	88	7	77	31	17	21	29	1.96
34704652--34704704	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
34704052--34705110	355	2.9	352	80	7	996	23	28	26	21	1.99
34705033--34705085	26	2.0	26	92	0	88	28	18	22	30	1.98
34708222--34708336	59	1.9	59	83	0	149	34	22	26	15	1.94
34708448--34708500	26	2.0	26	86	13	74	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34708474--34708919	159	2.8	159	77	7	406	23	29	27	19	1.98
34709679--34710182	159	3.2	158	75	6	401	23	28	26	20	1.99
34710156--34710205	26	1.9	26	92	8	84	28	20	26	26	1.99
34709839--34711268	343	4.2	340	71	14	1042	23	28	27	20	1.99
34710705--34711206	157	3.2	158	77	6	433	22	30	27	19	1.98
34711180--34711232	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34711949--34712609	159	4.2	158	78	3	612	22	29	26	21	1.99
34711949--34712609	317	2.1	317	80	2	738	22	29	26	21	1.99
34712392--34713095	365	2.0	354	80	7	783	23	29	26	20	1.99
34713133--34713185	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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