genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.332.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  332  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30674637--30674687	26	2.0	26	92	0	84	27	29	15	27	1.96
30674869--30674899	12	2.6	12	94	0	53	29	25	38	6	1.81
30674504--30675254	367	2.0	368	84	1	970	20	25	29	24	1.99
30676762--30676840	26	3.0	26	92	0	131	27	27	18	25	1.98
30677107--30677402	159	1.8	160	81	7	368	18	26	31	23	1.98
30677388--30677454	26	2.6	26	97	0	125	28	22	20	28	1.99
30677927--30677978	26	2.0	26	84	0	68	28	25	17	28	1.97
30678438--30678490	26	2.0	26	82	7	63	33	20	16	28	1.95
30678634--30678687	27	2.0	26	89	3	81	27	22	20	29	1.98
30678661--30679059	159	2.5	158	78	4	406	21	25	31	21	1.98
30678661--30679162	158	3.2	158	78	3	526	20	26	30	23	1.99
30679136--30679188	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
30679518--30679570	27	2.0	27	92	0	88	30	24	18	26	1.98
30679866--30679917	26	2.0	25	89	10	79	26	23	19	30	1.98
30680244--30680296	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
30680746--30680797	27	1.9	27	88	7	79	26	25	17	30	1.97
30680593--30680956	186	2.0	186	80	5	423	20	25	28	25	1.99
30680704--30681405	352	2.0	359	81	3	850	20	27	28	23	1.99
30681125--30681555	159	2.7	157	74	6	413	20	27	28	22	1.99
30685173--30685225	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
30685552--30685604	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
30685578--30685920	158	2.2	158	82	1	409	22	26	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30685896--30685945	26	2.0	25	92	4	82	30	20	18	32	1.96
30686423--30686475	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
30686830--30686882	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
30686995--30687357	159	2.3	158	81	5	419	19	25	30	24	1.98
30686856--30687357	158	3.2	155	74	9	453	20	25	30	23	1.99
30687333--30687383	26	2.0	26	88	7	77	29	21	19	29	1.98
30687168--30687785	196	3.3	186	76	11	530	22	25	27	23	2.00
30687710--30687762	26	2.0	26	82	13	65	32	26	15	26	1.95
30688421--30688473	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
30688604--30688656	26	2.0	26	82	7	63	24	24	22	28	2.00
30689326--30689377	25	2.0	26	92	3	88	32	26	15	25	1.95
30689425--30689854	159	2.7	158	78	2	441	18	27	29	23	1.98
30689827--30689879	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
30690035--30690111	26	3.0	26	94	1	129	28	28	18	24	1.98
30690403--30690454	26	2.0	25	92	3	86	25	23	21	30	1.99
30691122--30691174	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
30691148--30691640	158	3.1	155	76	6	499	19	27	30	23	1.98
30691623--30691675	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
30692479--30692531	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
30692688--30692740	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30692591--30693350	356	2.1	356	85	1	1040	18	29	29	22	1.98
30693045--30693095	26	2.0	26	88	0	75	31	31	13	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30693514--30693566	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
30693370--30693892	183	2.9	183	86	2	665	18	27	31	22	1.97
30693697--30693746	26	1.9	26	87	0	73	24	28	22	26	1.99
30694000--30694501	158	3.2	158	78	3	544	19	27	30	22	1.98
30694475--30694527	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
30695170--30695222	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
30695513--30695565	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
30696574--30696625	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
30697601--30697652	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
30697627--30698131	159	3.2	159	80	3	532	20	28	29	21	1.98
30698129--30698620	158	3.1	156	76	9	460	19	26	29	24	1.98
30698603--30698655	26	2.0	26	88	0	79	22	22	20	33	1.97
30698696--30699130	155	2.8	157	79	3	500	17	28	31	23	1.97
30699112--30699164	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30699870--30700371	158	3.2	157	77	3	522	19	27	30	21	1.98
30700345--30700397	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30700187--30700555	183	2.0	183	85	2	499	20	27	28	23	1.99
30700842--30700892	26	2.0	25	96	3	93	27	23	19	29	1.98
30702062--30702114	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30703734--30703785	26	2.0	26	96	0	95	26	25	19	28	1.98
30703900--30704299	157	2.5	156	73	7	369	21	24	29	24	1.99
30704403--30704455	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30704429--30704921	158	3.1	157	74	6	501	18	27	31	22	1.97
30705996--30706048	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30706022--30706841	158	5.2	158	71	11	442	20	26	28	24	1.99
30706023--30706840	316	2.6	315	81	4	878	20	26	28	24	1.99
30706813--30706865	26	2.0	26	85	7	72	32	20	18	28	1.97
30706655--30708558	184	10.0	183	75	12	1335	21	27	27	24	1.99
30706997--30707049	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
30707206--30707258	26	2.0	26	88	0	79	33	24	16	24	1.96
30707955--30708007	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
30706658--30708195	749	2.0	753	86	3	2119	21	26	27	24	1.99
30708142--30708191	26	1.9	26	92	8	84	24	26	20	30	1.98
30706772--30708559	393	4.6	388	77	7	1711	21	27	27	24	1.99
30709329--30709379	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
30711058--30711107	26	1.9	26	95	0	91	28	30	16	26	1.96
30712688--30712714	13	2.1	13	100	0	54	14	48	14	22	1.81
30712776--30713277	158	3.2	155	73	9	451	19	24	30	24	1.98
30713251--30713303	26	2.0	26	88	0	79	30	20	20	28	1.98
30714299--30714351	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
30715167--30715219	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
30715668--30715720	26	2.0	26	82	7	63	28	20	20	30	1.98
30715864--30715916	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
30715890--30716390	159	3.2	156	74	7	481	19	26	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30715142--30716461	696	1.9	697	82	3	1654	21	26	28	23	1.99
30717124--30717176	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
30717150--30717651	158	3.2	158	75	6	457	19	26	29	24	1.99
30717625--30717677	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
30718348--30718400	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
30718374--30718770	159	2.5	158	72	8	367	22	26	28	21	1.99
30718838--30718890	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
30719059--30719356	158	1.9	159	82	2	375	21	27	28	22	1.99
30718338--30719296	490	2.0	490	84	3	1268	21	26	28	22	1.99
30719336--30719389	26	2.1	26	92	0	90	27	22	20	29	1.98
30719890--30719942	26	2.0	26	86	13	74	26	24	20	28	1.99
30720606--30720658	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
30721487--30721539	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
30721867--30721919	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
30724237--30724272	18	2.0	18	100	0	72	33	27	22	16	1.95
30727997--30728049	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30728377--30728429	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
30728880--30728932	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30729405--30729457	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
30729470--30729934	159	2.9	158	79	4	488	19	27	30	23	1.98
30729629--30729923	158	1.9	159	83	0	385	18	26	30	23	1.98
30729906--30729958	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30730640--30730692	26	2.0	26	96	0	97	33	28	13	24	1.93
30730751--30731040	158	1.8	158	82	1	375	21	26	26	25	1.99
30731357--30731855	159	3.1	158	77	7	456	20	27	29	22	1.99
30731827--30731878	26	2.0	25	92	3	86	28	21	21	28	1.98
30732520--30733041	159	3.3	157	74	5	404	20	27	28	23	1.99
30733234--30733286	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
30734773--30734825	26	2.0	26	82	7	63	28	20	18	32	1.97
30735148--30735200	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
30740869--30740921	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
30740955--30741271	158	2.0	158	84	2	413	20	27	29	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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