genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  102  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13937316--13938582	159	7.9	158	73	8	821	19	26	30	23	1.98
13937275--13938093	317	2.6	316	83	3	1033	20	26	29	23	1.99
13937642--13938581	488	1.9	487	81	2	1125	19	26	30	23	1.98
13939433--13939482	26	1.9	26	88	8	75	26	24	18	32	1.97
13940161--13940213	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13940187--13941031	318	2.7	318	80	3	939	20	26	29	22	1.98
13940250--13940839	159	3.7	159	72	9	461	19	28	29	22	1.98
13941165--13941217	26	2.0	26	85	0	70	30	30	16	22	1.96
13941191--13942000	317	2.5	317	82	1	969	19	26	29	24	1.99
13941198--13942000	159	5.1	158	74	5	641	19	26	29	24	1.99
13942353--13942405	26	2.0	26	85	0	70	30	30	16	22	1.96
13942379--13943194	316	2.6	316	83	2	1003	18	27	30	24	1.98
13942379--13943194	158	5.2	157	75	7	576	18	27	30	24	1.98
13943247--13943276	12	2.5	12	94	0	51	33	30	33	3	1.74
13943229--13943538	169	1.8	171	83	4	421	17	29	32	21	1.96
13943569--13944377	159	5.1	157	74	4	608	20	27	29	23	1.99
13943569--13944377	316	2.6	316	83	0	963	20	27	29	23	1.99
13944353--13944403	26	2.0	26	92	7	86	33	25	11	29	1.91
13944719--13944771	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
13950658--13951159	158	3.2	157	78	4	447	20	27	29	22	1.98
13951830--13951882	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13952810--13953106	159	1.9	158	83	4	393	19	25	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13953756--13953808	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13954463--13954515	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
13954627--13955021	158	2.5	156	79	7	415	18	25	32	23	1.97
13955134--13955186	26	2.0	26	88	0	79	26	22	20	30	1.98
13956640--13956691	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
13956750--13957354	159	3.8	158	73	9	409	18	26	30	24	1.98
13957725--13958323	158	3.7	158	76	7	479	20	27	28	23	1.99
13958297--13958349	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13959240--13959290	26	2.0	26	92	7	86	31	15	19	33	1.93
13959447--13959497	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
13959913--13959938	11	2.4	11	100	0	52	30	26	23	19	1.98
13960638--13960690	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
13960802--13961167	159	2.3	159	77	3	378	21	27	27	23	1.99
13961140--13961192	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13961348--13961400	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13963160--13963212	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13963186--13963687	158	3.2	156	75	5	490	19	29	29	22	1.98
13963661--13963730	26	2.7	26	95	0	131	24	24	21	30	1.99
13965556--13965608	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
13965471--13965899	197	2.2	196	82	1	500	21	26	26	25	1.99
13965977--13966271	159	1.9	159	79	2	342	20	25	29	24	1.99
13966250--13966306	26	2.2	26	78	6	62	29	17	17	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13967538--13967590	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
13967652--13968067	159	2.6	158	78	3	424	18	27	29	24	1.98
13968302--13969063	159	4.7	159	74	10	510	19	27	29	23	1.98
13968132--13968900	318	2.4	314	81	4	902	18	27	30	23	1.98
13969424--13969476	26	2.0	26	85	7	72	24	26	20	28	1.99
13969192--13969645	195	2.3	195	85	3	612	20	28	28	23	1.99
13970575--13970728	77	2.0	77	96	0	281	20	22	29	27	1.98
13970695--13970790	26	3.6	27	77	12	110	25	26	22	26	2.00
13970689--13970790	53	1.9	52	84	9	136	24	25	24	25	2.00
13971109--13971484	158	2.4	159	80	7	449	19	27	29	24	1.98
13971456--13971508	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
13972171--13972223	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
13972286--13973015	159	4.6	157	77	5	578	17	27	30	24	1.97
13972198--13973015	317	2.6	314	76	8	762	18	27	30	23	1.97
13972988--13973040	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13973698--13973750	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
13974199--13974293	26	3.7	25	75	12	93	28	23	21	27	1.99
13975792--13976173	196	2.0	189	82	9	458	23	26	26	23	2.00
13976343--13976843	159	3.2	157	76	5	490	19	26	30	23	1.98
13976818--13976869	25	2.0	26	88	3	79	28	23	19	28	1.98
13977550--13977602	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
13978917--13978969	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13985194--13985244	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
13985218--13985707	157	3.1	152	77	6	462	20	27	29	22	1.98
13985689--13985741	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
13986066--13986118	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13986804--13986858	27	2.0	27	89	6	85	30	21	20	27	1.98
13986656--13987016	185	2.0	182	81	6	422	21	25	27	25	1.99
13987206--13987703	160	3.1	156	74	9	470	20	27	28	23	1.99
13987679--13987729	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
13987526--13987889	185	2.0	184	84	4	475	20	26	27	24	1.99
13987703--13988203	157	3.2	158	78	4	528	19	27	29	23	1.98
13988177--13988229	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
13987121--13988249	503	2.3	505	84	3	1467	20	27	28	23	1.99
13988558--13988610	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13988584--13988928	160	2.2	159	80	5	367	20	25	28	26	1.99
13989492--13989544	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13990037--13990086	25	2.0	26	88	4	75	32	24	16	28	1.96
13990317--13990892	158	3.6	156	75	8	439	19	28	28	24	1.98
13990060--13990891	318	2.6	321	79	8	888	20	27	28	23	1.99
13990864--13990916	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
13991422--13991470	25	1.9	26	91	4	82	26	28	18	26	1.98
13992256--13992307	25	2.0	26	88	3	79	28	25	19	26	1.98
13992757--13992809	26	2.0	26	82	7	63	30	20	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13991531--13994491	837	3.4	863	77	8	2771	20	26	29	24	1.99
13993598--13993650	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13994128--13994528	157	2.5	158	77	5	425	18	26	30	24	1.98
13995360--13995468	55	2.0	55	90	0	173	24	34	23	16	1.95
13997518--13997572	24	2.3	24	78	6	58	29	34	18	18	1.94
13998715--13998823	55	2.0	55	87	0	155	23	32	24	19	1.98
14000217--14000312	27	3.6	26	75	19	92	29	23	18	28	1.98
14000220--14000324	54	2.0	53	85	9	142	29	24	17	28	1.97
14000217--14000324	27	4.0	25	70	19	67	29	25	17	27	1.97
14000757--14000837	28	3.0	26	81	15	87	28	24	17	29	1.97
14000757--14000837	26	3.0	25	83	15	85	28	24	17	29	1.97
14000988--14001040	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
14001370--14001408	12	3.2	12	88	0	60	30	17	35	15	1.91
14001410--14001498	26	3.4	26	80	0	115	29	26	16	26	1.97
14002395--14002446	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
14002773--14002825	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
14002799--14003299	159	3.2	157	76	5	506	21	27	28	22	1.99
14002833--14003338	158	3.2	157	75	5	464	21	28	28	21	1.98
14003820--14003879	26	2.3	26	82	8	68	26	28	20	25	1.99
14003115--14004047	356	2.6	358	81	4	979	20	27	28	23	1.99
14003223--14004117	356	2.5	354	81	5	1006	19	28	29	23	1.98
14005238--14005741	159	3.2	155	77	9	466	20	26	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14006493--14006783	159	1.8	159	81	4	363	20	24	28	26	1.99
14007067--14007119	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
14007567--14007619	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
14009205--14009257	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
14009287--14009730	157	2.8	159	77	5	447	18	27	31	22	1.97
14009702--14009754	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14010421--14010473	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
14010946--14011401	159	2.9	157	80	5	515	17	27	31	22	1.97
14011373--14011425	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14014045--14014096	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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