genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.327.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  327  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30341599--30342118	158	3.3	158	76	6	496	20	27	29	23	1.99
30342103--30342154	26	2.0	25	88	3	77	30	21	19	28	1.97
30342675--30342727	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
30343164--30343188	13	1.9	13	100	0	50	8	40	20	32	1.81
30343227--30343279	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
30343567--30343619	26	2.0	26	88	0	79	26	22	20	30	1.98
30344593--30344645	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30345675--30345727	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
30346018--30346070	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
30346740--30346792	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
30346766--30347268	158	3.2	157	77	7	462	19	26	31	23	1.98
30347240--30347292	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
30347619--30347671	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
30347785--30348128	158	2.2	158	79	6	374	19	25	29	25	1.98
30348100--30348152	26	2.0	26	85	7	72	24	22	20	32	1.98
30354987--30355278	158	1.8	158	83	2	381	19	28	29	22	1.98
30355390--30355440	26	2.0	26	88	0	75	31	27	13	27	1.94
30355537--30355744	110	1.9	110	92	0	353	15	27	33	23	1.95
30357070--30357411	158	2.2	157	79	4	366	20	25	30	23	1.99
30357227--30357596	184	2.0	184	80	3	413	21	26	27	24	1.99
30357755--30357805	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
30357878--30358366	159	3.1	156	75	6	471	20	26	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30357878--30358425	159	3.5	157	75	5	456	19	26	29	24	1.99
30357855--30358598	318	2.3	316	79	1	774	20	27	28	23	1.99
30358927--30358979	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
30358486--30359979	342	4.3	343	83	4	1574	20	28	29	22	1.98
30359269--30359321	26	2.0	26	92	0	88	24	30	20	24	1.99
30358488--30359979	684	2.2	686	83	4	1852	20	28	29	22	1.98
30359643--30360137	158	3.1	157	77	5	498	20	29	28	21	1.98
30360909--30361372	158	2.9	159	77	6	431	19	28	29	22	1.98
30362048--30362423	158	2.4	158	79	6	393	19	28	29	23	1.98
30362394--30362447	27	2.0	27	86	10	76	24	25	20	29	1.99
30362750--30362802	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
30362839--30363279	159	2.8	159	81	4	503	18	28	30	22	1.97
30363251--30363303	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
30363448--30363500	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
30363147--30363529	197	1.9	196	84	2	500	21	27	27	22	1.99
30362718--30364003	698	1.8	697	86	1	1860	20	27	29	22	1.99
30363474--30363975	158	3.2	157	79	6	564	19	27	31	22	1.97
30363949--30364001	26	2.0	26	82	7	63	28	22	20	28	1.99
30364811--30365184	158	2.4	158	81	2	428	18	28	30	22	1.98
30365527--30365576	26	1.9	26	91	0	82	26	28	18	28	1.98
30365611--30366053	159	2.8	158	80	7	477	18	26	30	24	1.97
30366025--30366077	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30366739--30366791	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30366850--30367268	159	2.6	159	76	6	393	18	27	29	24	1.98
30366765--30367266	158	3.2	157	74	8	455	19	26	30	23	1.98
30367966--30368467	158	3.2	158	78	3	526	19	26	30	23	1.98
30368441--30368493	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
30368931--30368983	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30370342--30370878	159	3.3	160	78	7	388	19	24	30	25	1.98
30370504--30370878	171	2.3	163	82	7	438	19	25	30	25	1.98
30370574--30370977	171	2.4	169	80	6	422	20	26	30	22	1.98
30371028--30371099	26	2.8	26	93	0	117	29	29	18	23	1.97
30371242--30371294	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
30371668--30372164	159	3.1	158	76	11	394	20	26	28	24	1.99
30371860--30372162	158	1.9	159	83	6	391	20	25	28	25	1.99
30372136--30372188	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
30372514--30372566	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
30372584--30373218	158	3.9	158	73	7	508	21	26	28	22	1.99
30373191--30373243	26	2.0	26	92	7	90	28	26	20	24	1.99
30373681--30373732	26	2.0	26	88	7	79	26	25	17	30	1.97
30373880--30373929	26	1.9	26	91	0	82	28	24	18	30	1.97
30374986--30375511	159	3.3	157	77	7	535	21	27	29	22	1.99
30375350--30375682	170	2.0	169	80	5	377	19	25	30	24	1.98
30375891--30376177	159	1.8	157	81	4	362	18	28	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30376298--30376350	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
30376789--30376841	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
30376920--30376972	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
30377115--30377167	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
30377149--30377539	159	2.5	157	74	9	353	21	27	28	22	1.99
30378116--30378168	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30379191--30379269	26	3.0	26	90	0	131	26	29	20	24	1.99
30379243--30379764	157	3.3	157	79	7	574	20	27	29	21	1.98
30379900--30379952	26	2.0	26	86	13	74	28	26	16	28	1.97
30380981--30381353	159	2.4	158	76	9	375	19	25	31	23	1.98
30381457--30381509	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
30381622--30382152	159	3.3	158	77	6	387	19	27	29	23	1.98
30380926--30381857	504	1.9	501	83	5	1243	20	26	28	24	1.99
30381491--30382562	318	3.4	315	75	5	974	19	27	29	23	1.98
30381732--30382991	159	7.9	158	74	6	645	19	26	29	23	1.98
30383083--30383135	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
30383148--30383452	159	1.9	158	85	0	412	18	27	31	22	1.97
30383548--30383584	11	3.4	11	96	0	65	18	27	32	21	1.97
30384172--30384224	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
30384775--30384948	88	2.0	88	87	0	249	12	29	24	32	1.92
30385094--30385146	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
30391631--30391681	26	2.0	26	92	7	86	29	25	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30391473--30391840	185	2.0	184	85	1	504	21	27	28	22	1.99
30391999--30392049	26	2.0	26	92	7	86	25	27	19	27	1.99
30392025--30392684	158	4.2	158	77	5	607	19	26	29	24	1.98
30392658--30392710	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
30393444--30393945	159	3.2	159	76	6	498	20	28	29	21	1.98
30396203--30396255	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
30396361--30396731	158	2.4	157	76	5	363	20	26	29	23	1.99
30397085--30397137	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
30397111--30397612	158	3.2	157	80	5	573	18	27	31	22	1.97
30398808--30398860	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
30398391--30399375	512	1.9	512	85	1	1346	19	26	29	24	1.99
30399323--30399374	26	2.0	26	92	7	88	30	21	19	28	1.97
30400045--30400097	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
30401412--30401461	26	1.9	26	88	8	75	26	32	16	26	1.96
30402966--30403454	158	3.1	159	76	4	477	20	27	29	22	1.98
30403634--30403686	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
30403412--30403856	196	2.3	195	84	2	554	21	26	28	24	1.99
30404151--30404514	157	2.3	159	78	7	384	17	26	31	24	1.97
30405587--30405639	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
30405903--30405927	13	1.9	13	100	0	50	0	56	28	16	1.41
30405967--30406019	26	2.0	26	92	0	88	28	26	16	28	1.97
30407023--30407075	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30407128--30407196	36	1.9	36	93	0	120	36	15	23	24	1.94
30408092--30408142	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
30408813--30408865	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
30409143--30409195	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
30408792--30409438	343	1.9	330	83	5	821	21	27	28	22	1.99
30411257--30411309	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
30412491--30412543	26	2.0	26	88	0	79	24	22	22	30	1.99
30412618--30413179	159	3.5	157	77	6	542	19	27	29	22	1.98
30413152--30413204	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
30413348--30413400	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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