genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  220  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22499479--22500045	196	3.0	183	77	7	596	22	27	27	23	1.99
22499834--22499886	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22498423--22501101	698	3.9	692	79	5	2513	23	28	26	21	1.99
22500338--22500388	26	2.0	26	96	0	93	25	19	29	25	1.99
22500542--22501033	158	3.1	158	76	7	415	23	29	26	20	1.99
22499859--22501085	671	1.8	673	85	1	1737	23	29	25	20	1.99
22504638--22504690	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
22504418--22504853	195	2.2	195	82	5	499	23	25	27	24	2.00
22505017--22505067	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
22505516--22505568	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
22505899--22505951	26	2.0	26	82	13	65	28	26	18	26	1.98
22506959--22507009	26	2.0	26	88	0	75	31	23	17	27	1.97
22507312--22507363	26	2.0	26	96	0	95	30	28	15	25	1.96
22507344--22507781	159	2.8	158	74	10	401	19	27	30	22	1.98
22507811--22507863	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
22508020--22508071	26	2.0	26	88	3	79	28	23	19	28	1.98
22508673--22508725	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22508699--22509200	160	3.2	157	78	4	576	19	27	30	22	1.98
22509358--22509410	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22509633--22509685	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
22510173--22510225	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22511209--22511261	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22512742--22512794	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
22513808--22513858	26	2.0	26	88	0	75	29	25	15	29	1.96
22514665--22514714	26	1.9	26	84	8	66	28	22	20	30	1.98
22515327--22515379	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
22515827--22515879	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22515860--22516253	171	2.3	170	76	6	400	22	24	30	22	1.99
22516905--22516957	26	2.0	26	85	7	72	30	26	15	28	1.96
22517057--22517433	159	2.4	159	78	3	391	20	26	29	23	1.99
22517406--22517458	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22517601--22517679	26	3.0	26	96	0	140	29	26	18	25	1.98
22518693--22518745	26	2.0	26	88	0	79	32	30	13	24	1.93
22519755--22519806	26	2.0	26	92	0	86	32	25	17	25	1.97
22519898--22520281	158	2.4	159	78	5	427	18	25	31	25	1.98
22520254--22520306	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
22521287--22521339	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22522911--22522951	21	2.0	21	95	0	73	26	26	43	2	1.67
22523851--22523903	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22523877--22525181	158	8.2	158	71	10	686	20	26	29	23	1.99
22525155--22525207	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22525876--22525927	26	2.0	25	85	10	70	32	28	15	23	1.95
22525902--22526276	159	2.4	156	76	8	366	21	26	30	21	1.98
22532500--22533007	159	3.2	158	73	5	461	19	26	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22533111--22533163	26	2.0	26	89	7	81	30	24	18	26	1.98
22534032--22534524	159	3.1	158	75	5	442	20	25	29	24	1.99
22534124--22534564	158	2.8	159	75	5	417	19	25	29	24	1.99
22534669--22534719	26	2.0	26	88	7	77	27	27	17	27	1.98
22534734--22535198	158	2.9	159	77	4	380	19	26	30	24	1.98
22535170--22535222	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22535366--22535418	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22535392--22535892	159	3.2	155	77	8	465	20	26	29	23	1.99
22535866--22535918	26	2.0	26	88	0	79	30	22	16	30	1.96
22534619--22536116	696	2.2	698	83	2	1868	21	26	28	24	1.99
22536063--22536114	26	2.0	25	85	10	70	30	25	15	28	1.96
22536356--22537522	171	6.9	169	71	12	488	21	28	29	20	1.98
22536723--22536775	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
22536749--22537423	159	4.2	158	75	9	524	21	28	29	21	1.98
22537581--22537633	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22539823--22539875	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
22540359--22540411	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22541081--22541133	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
22541107--22541470	159	2.3	157	79	4	401	20	27	29	22	1.98
22541778--22541826	25	1.9	25	83	4	62	26	26	20	26	1.99
22541898--22542307	159	2.6	161	76	7	399	19	27	27	25	1.99
22542281--22542331	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22542488--22542540	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
22544712--22544764	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
22544909--22544958	26	1.9	26	91	0	82	24	30	20	26	1.98
22544609--22544964	197	1.8	196	85	3	500	22	26	26	24	2.00
22544935--22545298	159	2.3	158	76	7	362	20	26	29	23	1.99
22545541--22545593	26	2.0	26	85	0	70	26	22	22	28	1.99
22546010--22546062	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
22546350--22546402	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
22547574--22547626	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
22547904--22548455	158	3.5	158	76	4	466	19	25	30	24	1.98
22547952--22549564	695	2.3	696	80	6	1712	21	26	28	23	1.99
22549655--22549706	26	2.0	26	85	7	70	30	23	17	28	1.97
22550326--22550851	159	3.3	158	74	9	419	20	25	29	24	1.99
22550825--22550877	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
22551021--22551073	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
22551510--22551562	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22550351--22551720	683	2.0	692	82	3	1670	21	26	29	23	1.99
22550407--22551823	685	2.1	680	79	4	1567	20	26	29	23	1.99
22552346--22552395	26	1.9	26	84	8	66	32	18	16	34	1.92
22552998--22553050	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
22553024--22553526	159	3.2	156	77	8	496	20	26	30	23	1.98
22553500--22553552	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22554224--22554276	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
22554250--22554752	159	3.2	156	77	8	496	20	26	30	23	1.98
22554726--22554778	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22555375--22555825	159	2.8	157	75	7	428	18	27	31	22	1.97
22555948--22555998	26	2.0	26	88	7	77	25	27	17	29	1.98
22556449--22556501	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22556299--22558277	903	2.2	900	88	2	2948	24	23	24	27	2.00
22558100--22558600	159	3.2	159	76	5	476	19	25	29	25	1.99
22558421--22558811	183	2.1	184	83	1	489	22	24	26	26	2.00
22558754--22558809	26	2.2	26	93	0	94	30	21	19	28	1.98
22559688--22560064	159	2.4	157	76	3	369	20	26	29	23	1.98
22559816--22560192	160	2.4	160	77	5	352	18	27	29	24	1.98
22560166--22560218	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
22561752--22561804	26	2.1	24	86	13	72	26	24	18	30	1.98
22561840--22562441	159	3.8	159	78	6	600	17	27	31	23	1.97
22562414--22562466	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22562101--22562780	343	2.0	339	85	2	914	19	27	30	22	1.98
22562448--22562780	159	2.1	157	79	6	348	18	27	30	22	1.98
22562915--22562967	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
22563577--22563629	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
22564131--22564183	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22564228--22564822	159	3.7	158	76	7	579	20	28	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22564211--22565317	343	3.4	315	75	11	959	20	27	29	23	1.99
22564795--22564847	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
22564669--22565006	184	1.8	185	83	1	446	20	26	29	23	1.99
22570704--22570756	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
22570915--22571211	159	1.9	159	79	2	337	16	25	32	25	1.96
22571194--22571246	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
22572044--22572068	11	2.3	11	100	0	50	20	24	40	16	1.91
22572629--22572978	159	2.2	159	80	1	398	18	28	30	22	1.97
22574677--22574729	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22575033--22575085	26	2.0	26	88	0	79	33	28	13	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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