genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  136  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16347193--16347685	157	3.1	156	76	8	451	21	29	28	20	1.98
16348718--16349048	171	1.9	171	81	4	400	21	31	27	19	1.97
16348718--16349086	171	2.2	171	79	5	397	21	30	27	20	1.98
16349563--16349615	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
16350287--16350338	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
16350311--16350811	158	3.2	156	74	8	442	24	28	25	21	1.99
16350785--16350837	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
16350626--16350991	184	2.0	184	85	2	493	24	28	25	21	1.99
16350810--16351312	158	3.2	158	76	5	505	23	29	27	19	1.98
16350287--16351401	501	2.2	499	84	4	1401	24	28	26	20	1.99
16351286--16351338	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
16352111--16352163	26	2.0	26	85	0	70	30	16	22	30	1.96
16351194--16352818	825	2.0	825	90	0	2590	26	23	24	26	2.00
16352832--16352884	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
16353175--16353227	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16353373--16353423	26	2.0	26	84	7	68	27	15	27	29	1.96
16353873--16353923	26	2.0	26	88	0	75	29	11	25	33	1.91
16354252--16354304	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
16354754--16354806	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
16363676--16364177	158	3.2	157	75	4	479	19	25	30	24	1.98
16364210--16364532	171	1.9	170	82	1	405	20	26	30	21	1.98
16364520--16364570	26	2.0	26	92	0	84	33	25	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16365019--16365071	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
16365738--16365790	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
16365922--16365974	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16365665--16366073	184	2.2	183	83	2	505	21	27	27	23	1.99
16365666--16366120	184	2.5	182	80	3	471	22	26	26	23	2.00
16366264--16366315	25	2.0	26	92	3	88	28	26	19	25	1.98
16366448--16366500	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
16366645--16366697	26	2.0	26	100	0	106	26	30	20	22	1.98
16367527--16367579	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
16367428--16368668	184	6.7	184	73	12	813	21	26	28	23	1.99
16367785--16367816	12	2.7	12	95	0	55	34	31	31	3	1.73
16368079--16368129	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
16367185--16368472	551	2.3	550	83	2	1548	21	26	28	23	1.99
16368458--16368510	26	2.0	26	89	7	81	32	26	15	26	1.95
16368915--16368967	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16369007--16369482	184	2.6	182	82	4	598	19	27	28	23	1.99
16369554--16369866	170	1.8	170	80	5	382	20	26	28	24	1.99
16370162--16370214	26	2.0	26	82	7	63	30	24	15	30	1.95
16369960--16370570	184	3.3	182	76	9	564	21	25	28	24	1.99
16370055--16370413	197	1.8	196	82	4	463	22	27	27	23	1.99
16370701--16370753	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
16370263--16371070	342	2.4	342	82	3	944	20	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16370849--16371212	158	2.3	158	81	1	408	20	28	27	23	1.99
16371386--16371464	26	3.0	26	94	3	133	26	22	20	30	1.98
16371783--16371833	26	2.0	26	92	0	84	27	31	13	27	1.94
16372462--16372514	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
16372819--16372869	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
16372188--16373370	355	3.4	354	76	6	951	21	26	28	23	1.99
16373159--16373211	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
16373552--16373604	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
16374239--16374288	26	1.9	26	91	0	82	24	26	20	30	1.98
16374265--16374774	158	3.2	158	78	7	497	21	27	29	22	1.99
16373412--16374759	684	2.0	672	81	6	1532	20	26	29	23	1.99
16374750--16374800	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
16375679--16375731	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16376181--16376233	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16376022--16376392	183	2.0	185	84	2	478	22	26	27	23	1.99
16376129--16376767	353	1.8	352	82	4	838	20	27	28	23	1.99
16377624--16377676	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
16377746--16377778	11	3.0	11	90	0	57	18	24	36	21	1.95
16378542--16378594	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16377467--16379922	925	2.7	925	94	1	4135	22	24	26	26	2.00
16379467--16379519	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16380217--16380708	159	3.1	157	75	5	463	20	27	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16380691--16380760	26	2.7	26	97	0	131	24	22	20	32	1.97
16381084--16381162	26	3.0	26	92	0	131	26	26	20	26	1.99
16380615--16381347	393	1.9	381	81	7	877	20	27	28	24	1.99
16381487--16381820	159	2.1	158	81	7	390	17	26	32	24	1.96
16381954--16382004	26	2.0	26	84	0	66	27	25	17	29	1.98
16382440--16382464	13	1.9	13	100	0	50	12	48	16	24	1.79
16382504--16382556	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16382530--16383051	158	3.3	158	76	2	490	21	27	28	22	1.99
16384402--16384457	26	2.1	27	90	3	87	32	23	16	28	1.96
16384440--16384853	159	2.6	158	77	5	424	19	26	31	23	1.98
16384570--16384934	159	2.3	160	78	6	359	19	25	30	25	1.98
16384906--16384958	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16384729--16385636	480	1.9	484	82	4	1161	21	25	29	23	1.99
16385766--16385818	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
16386084--16386458	184	2.0	184	84	0	480	22	27	27	22	1.99
16386286--16386676	159	2.5	159	78	7	409	22	24	29	23	1.99
16386761--16386813	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16387141--16387193	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16387167--16387668	158	3.2	156	75	6	463	20	27	29	22	1.99
16386099--16388022	881	2.2	854	77	8	2007	21	26	28	23	1.99
16388352--16388404	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
16389376--16389877	158	3.2	157	76	5	501	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16389851--16389903	26	2.0	26	86	13	74	28	22	18	30	1.98
16389748--16390106	196	1.8	196	84	3	499	22	28	27	22	1.99
16390047--16390099	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
16390580--16390627	24	2.0	24	84	12	62	33	27	14	25	1.94
16391444--16391496	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16392435--16392487	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
16392802--16392854	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
16393701--16393753	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
16393011--16393774	399	1.9	399	82	2	971	22	25	28	23	1.99
16394068--16394120	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16393639--16394318	355	1.9	355	82	4	851	21	27	28	22	1.99
16394569--16394621	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16394950--16395000	26	2.0	26	84	7	68	27	23	17	31	1.97
16398163--16398211	23	2.1	23	96	0	89	22	32	18	26	1.97
16401756--16401808	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16401782--16402283	158	3.2	157	76	4	488	19	26	30	23	1.98
16402257--16402309	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
16402629--16402682	26	2.1	26	89	6	83	24	24	24	27	2.00
16403313--16403365	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
16403373--16403767	159	2.5	158	76	3	348	18	28	31	22	1.97
16404226--16404534	159	2.0	156	80	4	352	17	26	32	23	1.97
16404400--16404696	159	1.9	162	82	3	377	21	26	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16405412--16405910	159	3.2	157	80	5	576	19	28	30	22	1.98
16405962--16406250	156	1.8	157	83	6	379	20	28	28	23	1.99
16405631--16406268	341	1.9	342	86	2	926	19	27	28	24	1.99
16406936--16407011	25	3.0	25	90	3	125	25	28	19	26	1.99
16406936--16407011	26	3.0	26	92	1	127	25	28	19	26	1.99
16408975--16409027	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
16409855--16410371	159	3.3	160	79	4	519	19	25	30	23	1.98
16411095--16411593	159	3.2	157	80	5	576	19	28	30	22	1.98
16411645--16411933	156	1.8	157	83	6	379	19	28	29	23	1.98
16411314--16411951	341	1.9	342	87	1	940	19	27	28	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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