genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.306.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  306  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28828050--28828101	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
28828782--28828834	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
28828807--28829150	158	2.2	158	79	3	370	24	28	26	20	1.99
28829927--28829979	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
28830148--28830647	158	3.2	157	70	8	399	23	27	27	21	1.99
28830621--28830673	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28831495--28831547	26	2.0	26	89	7	81	24	15	30	30	1.95
28831874--28831926	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
28831672--28832261	184	3.2	179	79	6	578	25	27	26	21	1.99
28832058--28832109	26	2.0	26	85	7	70	32	15	23	28	1.95
28832083--28832770	159	4.3	158	76	5	530	23	30	26	18	1.98
28832083--28832901	316	2.6	315	82	2	969	23	31	26	18	1.97
28832875--28832927	26	2.0	26	88	0	79	22	24	28	24	2.00
28834463--28834515	26	2.0	26	82	13	65	30	16	24	28	1.97
28834488--28834789	158	1.9	158	81	2	365	24	30	27	17	1.97
28834804--28834856	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28835187--28835239	26	2.0	26	82	7	63	28	20	26	24	1.99
28835373--28835424	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
28835840--28835892	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
28836024--28836076	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28835829--28836437	199	3.2	182	77	9	601	22	28	26	22	1.99
28836249--28836750	159	3.2	156	76	7	521	22	29	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28836724--28836776	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
28837094--28837144	26	2.0	26	84	7	68	31	13	23	31	1.93
28837949--28838001	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28838117--28838576	158	2.9	158	77	6	471	23	29	28	18	1.98
28838117--28838732	317	1.9	317	80	3	722	23	29	27	19	1.99
28839340--28839392	26	2.0	26	82	13	65	30	16	22	30	1.96
28839684--28839734	26	2.0	26	88	0	75	27	17	27	27	1.98
28840393--28840445	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28840433--28840745	171	1.8	170	81	0	383	23	31	24	20	1.98
28840794--28841286	158	3.1	156	75	4	477	22	30	26	20	1.98
28841260--28841312	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
28842326--28842378	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
28842747--28842799	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28842943--28842995	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
28842968--28843586	158	3.9	157	74	8	484	22	29	27	19	1.98
28844807--28844858	25	2.0	26	88	3	79	26	21	21	30	1.98
28845792--28845844	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28846528--28846955	159	2.7	155	78	5	466	24	28	27	19	1.99
28847003--28847054	25	2.0	26	92	3	88	25	21	26	26	1.99
28847371--28847423	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
28848034--28848059	12	2.2	12	100	0	52	15	53	15	15	1.73
28848838--28848890	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28849266--28849318	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
28850313--28850700	159	2.4	158	77	3	402	23	30	25	20	1.99
28850674--28850725	25	2.0	26	92	3	88	25	19	26	28	1.98
28850699--28851077	170	2.2	171	81	4	426	22	30	26	21	1.99
28852116--28852618	158	3.2	158	77	8	470	22	30	27	19	1.98
28852592--28852644	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
28852284--28853033	355	2.2	343	82	5	880	23	29	27	19	1.98
28852423--28853102	355	1.9	355	83	3	884	22	29	27	20	1.98
28853451--28853500	26	2.0	25	92	4	82	26	18	30	26	1.98
28853694--28853746	26	2.0	26	85	7	72	32	16	22	28	1.96
28854194--28854246	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28854574--28854626	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28855075--28855127	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28853692--28855979	879	2.6	877	82	3	2706	23	28	27	20	1.99
28855479--28856290	158	5.1	157	73	6	523	24	29	25	20	1.99
28855478--28856158	316	2.2	316	84	3	843	25	29	25	20	1.99
28855478--28856288	316	2.6	315	79	6	832	24	28	25	20	1.99
28856270--28856348	26	3.0	26	85	3	97	27	20	25	26	1.99
28857028--28857529	158	3.2	156	73	5	432	24	28	25	21	1.99
28857871--28857923	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28857317--28858118	368	2.2	368	84	2	1013	23	29	26	20	1.99
28857317--28858353	368	2.8	365	80	6	965	23	28	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28858288--28858660	157	2.4	157	85	0	485	24	29	25	20	1.99
28858946--28858998	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
28858775--28859256	196	2.5	196	81	1	572	26	26	25	21	2.00
28859286--28859635	159	2.2	158	79	1	360	21	31	26	20	1.98
28861196--28861247	26	2.0	26	88	7	79	30	21	21	26	1.98
28861379--28861431	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
28861732--28861784	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
28861376--28862024	353	1.8	353	80	4	765	25	27	26	20	1.99
28863424--28863476	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
28863755--28863807	26	2.0	26	85	7	72	32	22	20	24	1.98
28863780--28864209	159	2.7	158	74	6	422	26	29	26	17	1.98
28864255--28864307	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28864620--28865061	159	2.8	154	77	7	413	22	28	28	20	1.99
28865793--28865845	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
28867917--28867967	26	2.0	26	88	0	75	29	17	23	29	1.97
28868648--28868700	26	2.0	26	89	7	81	28	18	22	30	1.98
28869152--28869201	26	1.9	26	84	8	66	26	16	28	30	1.96
28869884--28869936	26	2.0	26	85	7	72	32	16	22	28	1.96
28869919--28870409	158	3.1	158	78	4	497	22	29	27	19	1.98
28870383--28870434	25	2.1	25	89	7	79	28	17	23	30	1.97
28870594--28871094	158	3.2	158	74	4	407	25	30	24	19	1.98
28870531--28871251	317	2.3	315	81	2	797	24	30	24	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28871293--28871642	159	2.2	158	78	5	350	24	29	28	17	1.98
28872056--28872108	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
28871884--28872404	201	2.6	198	84	3	643	25	28	26	19	1.99
28872258--28872308	26	2.0	26	88	7	77	33	15	27	23	1.95
28872737--28872789	26	2.0	26	85	0	70	22	18	28	30	1.98
28873801--28873853	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28873835--28873988	84	1.8	84	85	2	220	31	26	27	14	1.95
28874094--28874454	183	2.0	183	84	4	469	24	30	24	19	1.98
28874752--28874801	26	1.9	26	92	8	84	28	20	26	26	1.99
28875158--28875461	159	1.9	159	81	4	362	25	30	26	18	1.98
28873980--28875628	867	1.9	855	79	5	1772	24	29	26	20	1.99
28876384--28876878	158	3.1	157	74	3	472	23	29	26	21	1.99
28877045--28877452	157	2.6	157	79	5	446	25	29	25	19	1.98
28877069--28877568	158	3.2	155	74	9	456	24	29	25	21	1.99
28878279--28878332	21	2.6	21	96	0	99	16	44	18	20	1.87
28878846--28878898	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
28878156--28879319	353	3.3	352	81	3	1206	23	29	26	20	1.99
28878871--28879179	171	1.8	171	81	5	392	22	29	28	19	1.98
28879202--28879254	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
28879042--28879405	185	2.0	185	86	0	503	24	27	26	21	1.99
28879228--28879644	158	2.6	158	80	5	484	23	27	28	19	1.99
28888046--28888095	26	1.9	26	91	0	82	26	18	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28888134--28888172	13	3.0	13	92	0	60	30	23	38	7	1.83
28888343--28888395	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
28888747--28888799	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
28889128--28889179	26	2.0	26	85	7	70	32	21	21	25	1.98
28889152--28889648	159	3.1	159	77	6	400	24	29	27	18	1.98
28888564--28890659	869	2.4	869	82	3	2460	23	28	26	20	1.99
28890361--28890708	185	1.9	185	80	3	414	22	27	28	20	1.99
28889655--28893093	502	6.7	503	73	11	1932	23	29	26	20	1.99
28891011--28891063	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28890978--28892277	685	1.9	685	82	2	1662	24	29	26	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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