genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.342.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  342  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31454846--31455348	158	3.2	159	78	3	442	22	29	27	20	1.99
31455322--31455374	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
31456283--31456338	26	2.2	26	90	0	85	28	19	23	28	1.98
31456251--31456635	197	2.0	196	80	6	431	22	28	26	22	1.99
31457566--31458068	158	3.2	158	75	5	397	24	28	26	20	1.99
31458042--31458094	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
31458398--31458450	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
31457798--31458654	356	2.4	356	89	0	1266	22	28	27	20	1.99
31458768--31458820	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
31459269--31459321	26	2.0	26	88	0	79	22	18	28	30	1.98
31460336--31460386	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
31460151--31460605	184	2.4	183	77	9	405	23	28	25	21	1.99
31460528--31460578	26	2.0	26	92	7	86	31	19	21	27	1.97
31460721--31461149	159	2.7	158	85	2	538	22	31	29	17	1.96
31461187--31461239	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
31461383--31461435	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31461861--31461912	26	2.0	26	88	7	79	25	19	26	28	1.98
31462047--31462531	159	3.1	157	78	4	510	23	30	27	18	1.98
31462545--31462597	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
31462902--31463511	158	3.9	158	78	5	552	22	30	27	19	1.98
31462902--31463582	316	2.2	315	84	0	869	22	30	27	19	1.98
31463556--31463608	26	2.0	26	82	7	63	28	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31465140--31465640	158	3.2	157	73	7	397	23	28	26	21	1.99
31465614--31465666	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
31466384--31466878	159	3.1	158	74	6	453	23	28	27	20	1.99
31466860--31466912	26	2.0	26	85	0	70	28	16	26	28	1.97
31467666--31467718	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31474710--31474765	26	2.2	26	93	0	94	25	17	26	30	1.97
31475097--31475507	158	2.6	157	75	5	382	24	25	29	20	1.99
31476380--31476429	21	2.4	21	82	0	64	2	46	28	24	1.64
31476616--31476668	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31478160--31478654	159	3.1	156	76	9	489	22	28	27	21	1.99
31478628--31478680	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
31479375--31479777	171	2.4	171	81	3	438	23	31	26	18	1.98
31479717--31480010	159	1.9	158	79	5	333	24	29	28	18	1.98
31481444--31481518	26	2.9	26	95	0	132	26	17	25	30	1.97
31486792--31487317	196	2.7	196	87	1	723	23	29	27	20	1.99
31487660--31487712	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
31488577--31488629	26	2.0	26	92	7	90	24	20	26	28	1.99
31488747--31489122	158	2.4	158	74	7	359	21	30	26	21	1.98
31489996--31490048	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
31488785--31490464	893	1.9	879	82	3	2087	23	28	26	21	1.99
31490376--31490428	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
31489802--31490859	380	2.8	380	83	3	1276	23	28	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31490757--31490809	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
31491915--31491967	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
31492659--31493257	157	3.8	158	78	6	534	23	30	28	17	1.97
31493288--31493340	26	2.0	26	92	0	88	22	16	30	30	1.96
31493625--31493677	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
31492994--31493932	337	2.8	339	84	5	1200	22	30	28	19	1.98
31493313--31494253	496	1.9	499	84	3	1279	23	29	27	19	1.98
31493650--31494092	159	2.8	159	84	3	511	22	31	28	17	1.97
31494127--31494179	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
31494384--31494436	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
31494410--31495227	158	5.2	158	76	5	774	19	26	30	22	1.98
31494410--31495228	317	2.6	316	85	2	1092	19	26	30	22	1.98
31495201--31495253	26	2.0	26	92	7	90	26	18	20	33	1.96
31495998--31496466	159	3.0	158	77	5	381	19	27	30	22	1.98
31497700--31497752	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
31498818--31498868	26	2.0	26	88	0	75	27	27	17	27	1.98
31498417--31499067	355	1.8	358	79	6	774	21	24	30	23	1.99
31499875--31499927	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31500443--31500492	26	1.9	26	91	0	82	28	28	18	26	1.98
31500536--31500968	159	2.7	158	76	9	405	19	27	29	23	1.98
31500940--31500992	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
31500791--31501151	184	2.0	183	89	1	553	19	26	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31501368--31501420	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
31501711--31501763	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
31502432--31502484	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
31502533--31502801	140	1.9	140	80	3	308	20	30	27	22	1.98
31502915--31502966	26	2.0	26	92	7	88	30	25	15	28	1.96
31503764--31503815	26	2.0	26	88	7	79	32	25	13	28	1.93
31502403--31504321	850	2.3	849	88	0	2829	21	26	28	24	1.99
31504132--31504184	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
31504606--31504658	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31511371--31511749	158	2.4	158	81	2	438	20	29	28	21	1.98
31511332--31511748	159	2.6	159	80	1	480	19	30	27	22	1.98
31512090--31512142	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
31512586--31512638	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
31512773--31512821	26	1.9	25	88	12	73	24	24	20	30	1.98
31513492--31513544	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
31515575--31515956	159	2.4	158	76	6	396	21	26	29	22	1.99
31517167--31517219	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
31517230--31517692	159	2.9	156	78	6	450	19	28	29	22	1.98
31517668--31517720	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
31517396--31518039	343	1.9	344	85	2	909	20	27	28	22	1.99
31517510--31517878	185	2.0	184	84	3	474	21	28	27	22	1.99
31518366--31518725	159	2.3	159	78	7	372	20	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31518849--31518900	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
31519190--31519242	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
31520825--31521070	123	2.0	123	95	0	438	21	25	23	30	1.99
31521656--31521708	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
31521997--31522365	185	2.0	184	81	3	429	21	25	27	25	1.99
31522524--31522576	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
31522645--31523048	159	2.5	160	76	3	397	18	26	28	26	1.98
31524555--31524607	26	2.0	26	85	7	72	30	28	15	26	1.96
31525411--31525463	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
31526314--31526366	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31526553--31526602	21	2.4	21	93	0	82	30	26	42	2	1.66
31528213--31528265	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31528239--31528741	159	3.2	158	78	7	509	19	26	29	23	1.98
31528715--31528767	26	2.0	26	85	7	72	26	20	18	33	1.96
31534921--31534972	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
31536142--31536639	159	3.1	160	75	4	398	20	27	28	23	1.99
31536611--31536663	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31536733--31536776	22	2.0	22	90	0	70	18	27	38	15	1.91
31536733--31536776	11	4.0	11	80	11	54	18	27	38	15	1.91
31537356--31537408	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
31538377--31538736	159	2.3	160	77	4	359	19	26	31	23	1.98
31538712--31538761	26	1.9	26	88	8	75	24	26	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31539442--31539494	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
31539468--31540149	158	4.3	156	76	4	535	20	26	29	22	1.99
31539468--31540147	316	2.2	316	83	1	835	21	26	29	22	1.99
31540515--31541011	157	3.2	157	79	3	550	19	26	30	23	1.98
31541137--31541188	26	2.0	26	96	0	95	30	23	17	28	1.97
31539784--31541663	682	2.7	680	81	4	2103	20	26	29	23	1.99
31541302--31541662	157	2.3	157	77	5	350	19	24	28	26	1.99
31541636--31541688	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31541832--31541882	26	2.0	26	84	0	66	29	29	13	27	1.94
31541930--31542520	159	3.7	159	79	3	539	17	27	31	23	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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